Archivio della categoria: Research Blogging

Alle radici importa poco della gravità

1 anno fa

arabidopsis-nasa

Sebbene la crescita delle radici di una pianta sia diretta principalmente dalle informazioni codificate nel DNA, essa viene influenzata in modo sensibile anche da alcuni fattori esterni.
Uno di quelli considerati di maggiore importanza è la gravità, che guiderebbe le radici verso il basso (gravitropismo) e determinerebbe due comportamenti caratteristici chiamati waving e skewing.
Il primo consiste in una serie di ondulazioni delle estremità delle radici, il secondo in una deviazione rispetto alla direzione verticale di crescita; il loro effetto combinato permette alle radici di “esplorare” un volume maggiore di terreno in cerca di acqua e nutrienti.

I risultati di uno studio ([1]) condotto nel 2011 sulla Stazione Spaziale Internazionale con piante di Arabidopsis Thaliana hanno tuttavia mostrato come tali meccanismi si verifichino anche in condizioni di assenza quasi totale di gravità (microgravità), con dinamiche simili a quelle riscontrate con le piante di controllo cresciute sulla Terra.
Lo sviluppo è stata monitorato fotografando le piante ogni 6 ore, per un periodo di 15 giorni [video].

La scoperta che non è la gravità la forza motrice della crescita radicale delle piante è di grande utilità nell’ottica della loro coltivazione nello spazio, soprattutto nell’ambito di missioni umane di lunga durata sulla Luna o su Marte.

Si dovrà ora cercare di comprendere quali tra gli altri fattori in gioco – allontanamento dalla luce (fototropismo negativo), stimoli tattili (aptotropismo), distribuzione differenziale di auxina, disponibilità di acqua o nutrienti – siano davvero determinanti nello sviluppo della morfologia radicale delle piante.

Fonti:
1
Paul, A., Amalfitano, C., & Ferl, R. (2012). Plant growth strategies are remodeled by spaceflight BMC Plant Biology, 12 (1) DOI: 10.1186/1471-2229-12-232
2
Image courtesy of NASA

Scienza, nuovi media e pubblico. Un nuovo mondo

2 anni fa

Un mondo in cui una persona su sette usa attivamente Facebook, e più di 340 milioni di tweet sono pubblicati ogni giorno, non è più il futuro della comunicazione della scienza. È la realtà di oggi.

Realtà che impone, secondo un recente articolo pubblicato sulla rivista Science ([1]), una nuova analisi dei rapporti tra scienziati, media e pubblico.

Dall’analisi di dati relativi alla situazione statunitense, si nota infatti come una elevata percentuale (60%) di coloro che cercano informazioni su temi scientifici indichi Internet come la prima fonte a cui rivolgersi.
Alcune ricerche ipotizzano che uno dei motivi di questa scelta sarebbe l’eterogeneità dell’offerta informativa, che riuscirebbe a soddisfare anche le necessità di quella fascia di lettori che non possiede la preparazione richiesta per la comprensione del materiale proposto da media tradizionali come quotidiani e televisione (a parte le note eccezioni :-).

A questa tendenza sarebbero associati alcuni problemi, già presenti in altri settori della comunicazione ma relativamente nuovi in quella scientifica:

  • i media tradizionali sono forzati con sempre maggiore frequenza a ridurre gli spazi dedicati alla divulgazione, anche sui rispettivi siti web (che coprono solo il 12% della richiesta di notizie scientifiche on-line da parte del pubblico statunitense), a vantaggio di fonti non sempre attendibili come i blog.
  • gli algoritmi dei motori di ricerca filtrano le informazioni, favorendo i temi più cliccati, condivisi o remunerativi. Con il rischio di trascurare notizie di vero interesse, diffuse per fortuna da blog indipendenti o appartenenti ai network di riviste scientifiche (Research Blogging, Scienceblogging).
  • i social network o i commenti di altri lettori sono in grado di plasmare la percezione delle informazioni. Influenzando così non solo la conoscenza, ma anche le opinioni. Conseguenza trascurabile quando si tratta delle discutibili abitudini riproduttive dei serpenti Thamnophis, tuttavia di grande importanza di fronte a temi come cellule staminali, energia nucleare, biotecnologie, ecc.

La comunicazione della scienza vive quindi in un mondo nuovo, in cui inedite forme di interazione hanno reso i flussi di informazioni più turbolenti e complessi rispetto al passato.
Secondo l’autore dell’articolo si rende necessaria una nuova ecologia dell’informazione scientifica, per garantire che in futuro la diffusione della conoscenza sia ancora guidata dai contenuti e non dalle dinamiche dei sistemi di comunicazione.

PS: per restare in tema, tanti auguri a Radio3 Scienza per i 10 anni di trasmissioni!

PPS: ora il blog ha un nome ed un nuovo tema (ed è raggiungibile anche all’indirizzo microbiomi.com)

Fonti:
1
Brossard, D., & Scheufele, D. (2013). Science, New Media, and the Public Science, 339 (6115), 40-41 DOI: 10.1126/science.1232329

Ancora su vaccini, autismo e dati inventati…

2 anni fa

Le vaccinazioni sono uno strumento preventivo insostituibile per la tutela della salute, ma a quanto pare ci sono ancora troppe persone che non vogliono accettare questo fatto, preferendo basare le proprie opinioni su dati falsi o fonti inattendibili presenti in grande numero su internet.

Negli ultimi giorni sta facendo discutere una sentenza del Tribunale di Rimini che condanna il Ministero della Salute a risarcire la famiglia di un bimbo affetto da una forma di autismo, riconoscendo la causalità tra la somministrazione del vaccino obbligatorio MMR (morbillo, parotite, rosolia) e la comparsa della patologia.

Questa correlazione non è mai stata dimostrata in studi scientifici, tranne in unico caso, rivelatosi in seguito un vero e proprio “falso scientifico“.
A quanto pare la sentenza di Rimini è stata basata proprio sulle conclusioni di questa ricerca.

Lo studio di Wakefield

Nel 1998 fu pubblicato sulla rivista scientifica The Lancet un articolo ([1]) in cui il medico/chirurgo Andrew Wakefield (insieme ad altri 12 autori) affermava di aver trovato un nesso di causalità tra la somministrazione del vaccino MMR e l’insorgenza di casi di autismo in un campione di bambini.

Sebbene fin da subito le conclusioni della ricerca fossero state messe fortemente in discussione e non confermate sperimentalmente in studi successivi (ad es. [2], [3], [4], [5]), è stato necessario attendere fino al 2010 per la ritrattazione ufficiale dell’articolo da parte di The Lancet.

In alcuni articoli pubblicati sul British Medical Journal ([6]) nel 2011, il giornalista Brian Deer ha documentato l’attività fraudolenta di Wakefield, portando alla luce una condotta disonesta sia dal punto di vista scientifico che etico, che ne ha inoltre motivato la radiazione dall’albo dei medici britannici.

Le conseguenze più evidenti della pubblicazione dei risultati di questo studio sono state una sensibile diminuzione del numero di vaccinazioni ed un aumento dei casi di infezione.
Nel solo Regno Unito il tasso di vaccinazione è sceso in media dal 92 al 73 percento, mentre i casi di morbillo sono passati dai 56 nel 1998 ai 971 del 2007.

Meno evidente è stato l’effetto sull’opinione pubblica, che ha mostrato una lenta ma progressiva diffidenza verso le vaccinazioni, grazie anche alla disinformazione dei media e di siti/forum su internet.
Un esempio abbastanza divertente è quello di uno studio della Wake Forest University, molto citato dai gruppi antivaccinazioni come prova certa del nesso tra vaccino MMR ed autismo.
Il commento di uno degli autori è stato “Non è quello che la nostra ricerca sta mostrando“.

Triste ma vero, un recente sondaggio dell’Università del Michigan ha mostrato come il 24% dei genitori intervistati tenga conto (anche se “solo” il 2% in modo assoluto) delle informazioni sui vaccini diffuse da celebrità come l’ex playmate Jenny McCarthy (una delle paladine del movimento antivaccinazioni americano).

Tra le argomentazioni principali di chi è contrario all’utilità dei vaccini, o addirittura ne ritiene pericoloso l’utilizzo, ci sono le cosiddette “storie vere”, sempre efficaci nel conferire un messaggio, soprattutto quando ci sono di mezzo i bambini.
Ce ne sono però anche di persone per cui la vaccinazione sarebbe stata la scelta giusta, come queste otto raccolte dal CDC.
Un altro esempio è l’esperienza di un anziano medico inglese, o quella di una mamma giornalista.

Perchè è importante vaccinarsi?

Per comprendere meglio l’importanza delle vaccinazioni ho raccolto alcune informazioni utili (ma ce ne sarebbero molte altre):

  • le vaccinazioni hanno ridotto, ed in alcuni casi eliminato, i contagi di alcune malattie infettive che in passato hanno causato numerosi morti e gravi problemi sanitari.
    Rinunciare alle vaccinazioni significa dare ai virus e batteri responsabili di queste malattie una nuova possibilità di diffondersi su larga scala.
    Nel 1974, circa l’80% dei bambini giapponesi era vaccinato contro la pertosse, e si verificarono solo 393 casi, nessuno dei quali letale.
    Purtroppo in quell’anno cominciarono a circolare voci (false) che sostenevano come la vaccinazione non fosse ormai più necessaria, ed anzi potesse creare problemi di salute.
    In soli due anni, il tasso di vaccinazione scese al 10%.
    Nel 1979 si è verificata una enorme epidemia di pertosse, con più di 13000 casi, di cui 41 letali.
  • immunizzare i bambini significa anche diminuire il rischio di contagio per soggetti a rischio, come quelli che non possono essere vaccinati per ragioni mediche o di età.
  • virus della polio. La vaccinazione obbligatoria a partire dal 1966 ha praticamente annullato i contagi in Italia (l’ultimo caso, isolato, risale al 1988).
    In assenza della vaccinazione, la malattia può portare a danni neurologici e disabilità permanenti molto gravi.
  • virus del morbillo. Sebbene la vaccinazione non sia obbligatoria (ma raccomandata grazie alla combinazione con quelle per rosolia e parotite), il morbillo è una malattia molto contagiosa, con complicanze come diarrea (1 caso ogni 6), otite (1 ogni 20), polmonite/bronchite (1 ogni 25), convulsioni (1 ogni 200), encefalite (1 ogni 1000), morte (3-10 ogni 10000).
    Se il numero di casi con complicazioni sembra troppo basso per giustificare l’immunizzazione, basta pensare che prima della disponibilità del vaccino praticamente chiunque si ammalava di morbillo.
  • virus dell’epatite B. Un solo dato a giustificare l’obbligo di vaccinazione: circa il 25% dei bambini che si ammalano della forma cronica della malattia muore di patologie legate al fegato in età adulta.
  • analoghe considerazioni possono essere fatte per il vaccino per difterite, tetano e pertosse.
  • i bambini nascono con un sistema immunitario già molto potente, ottenuto dalla madre, in grado di fronteggiare molte malattie. La necessità della vaccinazione non è quella di sovvenzionare le aziende farmaceutiche per farmaci che esercitano un’azione terapeutica che l’organismo è già da solo in grado di svolgere in modo eccezionale.
    Ma è quella di evitare le complicazioni legate alle malattie.
  • in altri casi (Haemophilus influenzae b, Pneumococco, Meningococco) il sistema immunitario dei bambini è ancora inadeguato, rendendo quindi la vaccinazione fortemente raccomandabile.
  • per quanto riguarda il numero di vaccinazioni che possono essere somministrate contemporaneamente, in linea teorica il sistema immunitario di un bambino può gestirne senza problemi intorno alle 10000!
  • lo sviluppo tecnologico ha ridotto il numero di antigeni (sostanze in grado di suscitare una risposta immunitaria) presente nei vaccini.
    Nel 1980, il solo vaccino DPTP (difterite, pertosse, tetano, polio) conteneva 3017 antigeni.
    Oggi, per 4 vaccini, il numero di antigeni complessivo è ridotto a 34.
  • i vaccini non indeboliscono il sistema immunitario dei bambini, ma al contrario lo “allenano”, favorendo la protezione anche da altre patologie.
    Inoltre alcune malattie, come quella pneumococcica o la varicella, possono predisporre l’organismo a successive infezioni da parte di altri agenti.
  • per il Thimerosal, un composto utilizzato come conservante per vaccini, è stata ipotizzata una presunta correlazione con casi di autismo, mai confermata da numerosi studi scientifici.
    Nell’Unione Europea e negli Stati Uniti il suo utilizzo è stato progressivamente eliminato nei vaccini ad uso pediatrico (eccetto in quello per l’influenza) per ridurre l’assunzione di mercurio nei bambini.
    Azione prevalentemente precauzionale, in quanto il mercurio era presente in forma (etilmercurio) e concentrazione tali da non rappresentare un potenziale pericolo per la salute.
  • altri componenti presenti nei vaccini (alluminio, formaldeide, gelatine), circa i quali sono state diffuse molte informazioni scorrette, sono invece del tutto sicuri, almeno alle dosi somministrate.
  • il mese scorso si è verificato un importante focolaio di morbillo nella contea inglese Merseyside, con più di un centinaio di casi confermati; di questi, 28 hanno richiesto un trattamento ospedaliero, tre (due adulti ed un bambino) in condizioni molto gravi.

Ovviamente anche i vaccini possono avere effetti collaterali ([7]), in alcuni (rarissimi) casi anche gravi, ma sono ben noti in letteratura, e nella maggior parte dei casi legati a patologie già presenti nel soggetto o a particolari situazioni contingenti (gravidanze, deficit immunitari, allergie).

Perchè si associano i vaccini all’autismo?

Alcune vaccinazioni vengono somministrate nella fascia d’età in cui i bambini cominciano ad interagire in modo attivo con le persone ed il mondo, che coincide spesso col il momento in cui i genitori cominciano a riconoscere i primi sintomi di un disturbo del comportamento.
È probabilmente questa coincidenza a suggerire che ci possa essere una correlazione tra la vaccinazione e l’insorgenza di una patologia neurologica come l’autismo.

Per questi motivi è meglio che i genitori si rivolgano sempre al medico per qualunque informazione in merito a vaccini (e salute in generale, omeopatia inclusa), dubitando di tutto quello che si sente dire in giro o si legge in internet.

Compreso questo post, ovviamente :-)

Fonti:
1
Wakefield, A., Murch, S., Anthony, A., Linnell, J., Casson, D., Malik, M., Berelowitz, M., Dhillon, A., Thomson, M., Harvey, P., Valentine, A., Davies, S., & Walker-Smith, J. (1998). RETRACTED: Ileal-lymphoid-nodular hyperplasia, non-specific colitis, and pervasive developmental disorder in children The Lancet, 351 (9103), 637-641 DOI: 10.1016/S0140-6736(97)11096-0
2
Madsen, K., Hviid, A., Vestergaard, M., Schendel, D., Wohlfahrt, J., Thorsen, P., Olsen, J., & Melbye, M. (2002). A Population-Based Study of Measles, Mumps, and Rubella Vaccination and Autism New England Journal of Medicine, 347 (19), 1477-1482 DOI: 10.1056/NEJMoa021134
3
Hornig M, Briese T, Buie T, Bauman ML, Lauwers G, Siemetzki U, Hummel K, Rota PA, Bellini WJ, O’Leary JJ, Sheils O, Alden E, Pickering L, & Lipkin WI (2008). Lack of association between measles virus vaccine and autism with enteropathy: a case-control study. PloS one, 3 (9) PMID: 18769550
4
Richler, J., Luyster, R., Risi, S., Hsu, W., Dawson, G., Bernier, R., Dunn, M., Hepburn, S., Hyman, S., McMahon, W., Goudie-Nice, J., Minshew, N., Rogers, S., Sigman, M., Spence, M., Goldberg, W., Tager-Flusberg, H., Volkmar, F., & Lord, C. (2006). Is There a ‘Regressive Phenotype’ of Autism Spectrum Disorder Associated with the Measles-Mumps-Rubella Vaccine? A CPEA Study Journal of Autism and Developmental Disorders, 36 (3), 299-316 DOI: 10.1007/s10803-005-0070-1
5
Fombonne, E. (2006). Pervasive Developmental Disorders in Montreal, Quebec, Canada: Prevalence and Links With Immunizations PEDIATRICS, 118 (1) DOI: 10.1542/peds.2005-2993
6
Godlee F, Smith J, & Marcovitch H (2011). Wakefield’s article linking MMR vaccine and autism was fraudulent. BMJ (Clinical research ed.), 342 PMID: 21209060
7
CDC

Dinosauri, meteoriti ed omochiralità…

2 anni fa

Solo un numero limitato di studi scientifici riesce ad ottenere una visibilità sui media e raggiungere un pubblico più ampio di quello accademico.
Uno dei modi per far sì che il contenuto di un articolo scientifico sia appetibile per un lettore qualsiasi è quello di sfruttarlo come punto di partenza per il racconto di una storia o di un fatto che generi curiosità.
E talvolta sono proprio gli scienziati stessi che “suggeriscono” ai giornalisti le giuste chiavi di lettura per scrivere un pezzo, in alcuni casi per tutelare il rigore del proprio lavoro, in altri per farsi solo un po’ di pubblicità.

Un esempio recente è quello di uno studio pubblicato su JACS ([1]) dal titolo “Prove a favore della probabile origine dell’omochiralità in amminoacidi, zuccheri e nucleosidi sul pianeta Terra prebiotico”, scritto da Ronald Breslow.
Ad una prima occhiata, ben pochi al di fuori di un ristretto gruppo di specialisti troverebbero interessante un articolo sull’origine dell’omochiralità delle molecole della vita.
Tuttavia alcune delle conclusioni in esso presenti sono finite sul quotidiano britannico Daily Mail.

Come è stato possibile?
Grazie ai Dinosauri.

Piccola premessa. Un oggetto è detto chirale quando non è sovrapponibile alla sua immagine speculare. L’esempio più comune è quello della mano.
Nel caso delle molecole di interesse biochimico, le due entità molecolari (chiamate enantiomeri) sono identificate con le lettere D (right-handed) ed L (left-handed).

Nella maggior parte dei casi gli organismi producono o metabolizzano solo uno degli enantiomeri della coppia.
La quasi totalità delle proteine ad esempio è sintetizzata a partire da amminoacidi L, la maggior parte degli zuccheri sono molecole D.
Questa prevalenza di un enantiomero sull’altro è definita omochiralità.

L’articolo di Breslow valuta le prove a favore dell’ipotesi che essa sia stata causata dalla tipologia di amminoacidi presenti in alcune classi di meteoriti, che avrebbero quindi costituito il requisiti per la nascita delle specie viventi sulla Terra primordiale.
L’analisi chimica di alcune meteoriti ha infatti riscontrato la presenza di numerose specie amminoacidiche, alcune delle quali in proporzioni identiche di forme L e D, altre con lieve prevalenza della forma L.
Queste ultime avrebbero in qualche modo influenzato la predominanza di una forma sull’altra sulla Terra.

L’autore conclude l’articolo con un’affermazione abbastanza curiosa:

Un’implicazione di questo lavoro è che da qualche parte nell’universo potrebbero esserci forme di vita basate su amminoacidi D e zuccheri L, forme determinate dal senso della luce polarizzata circolare in quel settore dell’universo o da qualunque altro processo che ha operato a favore degli amminoacidi L(-α-methyl) nelle meteoriti cadute sulla Terra.
Queste forme di vita potrebbero benissimo essere delle versioni evolute dei dinosauri, ammesso che i mammiferi non abbiano avuto la gran fortuna di averli visti sterminare da una collisione con un asteroide come accaduto sulla Terra.
Faremmo meglio a non incontrarli.

Se l’ipotesi di una vita a chiralità diverse da quelle che caratterizzano le nostre molecole è plausibile, ci si chiede in base a quale passaggio logico Breslow (chimico che gode di ottima reputazione) sia arrivato a citare proprio i dinosauri (anche se in versione evoluta), possibilità che tra l’altro non ha basi solide neppure dal punto di vista evoluzionistico.

Il problema è che di tutto ciò che di interessante è scritto nell’articolo, nella press release diffusa da JACS viene posta una “leggera” enfasi proprio sul riferimento ai dinosauri (vedi immagine sotto).

Da qui a raggiungere le pagine del Daily mail, in forma di un (pessimo) post corredato da una sobria immagine di un dinosauro delle dimensioni di 634×769 pixel il passo è stato breve…

A parte l’aspetto umoristico della vicenda, l’articolo non è male e merita una lettura…

P.S. lo sapevate che l’intervallo di tempo che separa la nostra presenza sulla Terra da quella del Tyrannosaurus Rex è minore di quella che lo separa dallo Stegosauro?

Fonti:
1
Breslow, R. (2012). Evidence for the Likely Origin of Homochirality in Amino Acids, Sugars, and Nucleosides on Prebiotic Earth Journal of the American Chemical Society DOI: 10.1021/ja3012897

Il problema del bombo viaggiatore…

2 anni fa

Insetti davvero interessanti i bombi. La loro attività di impollinatori li rende un elemento indispensabile per ecosistemi naturali ed agricoltura, e per lungo tempo la loro capacità di volare è stata considerata un mistero dell’aerodinamica, a causa delle (apparentemente) insufficienti ampiezza e frequenza di battito delle ali ([2]).
Più recentemente, uno studio ([1]) realizzato da ricercatori del Queen Mary College di Londra ha evidenziato come i bombi siano in grado di identificare il percorso più breve che unisce i fiori disposti secondo un certo schema, anche quando li raggiungono partendo da un diverso punto iniziale.
In altre parole riescono a risolvere quello che viene definito il Problema del commesso viaggiatore (Travelman Sales Problem, TSP), in cui si ricerca il tragitto più breve possibile che consente di visitare tutte le città di una rete, passando una sola volta per ciascuna di esse.
Gli algoritmi matematici risolvono il problema calcolando e confrontando tutti i possibili cammini, operazione lunga ed onerosa dal punto di vista computazionale; nel 2001 la risoluzione del TSP applicato a 15112 città tedesche ha richiesto l’equivalente di 22.6 anni di computer time (500 MHz).

Per il cervello dei bombi, delle dimensioni di una capocchia di spillo, sembrerebbe quindi un problema impossibile da affrontare.
Nella ricerca di risorse distribuite in modo casuale, la maggior parte degli animali utilizza l’approccio più semplice, seguendo percorsi (sub-)ottimali muovendosi verso i punti più vicini non ancora visitati.
I bombi viceversa adottano, nei loro voli di impollinazione, una strategia più elaborata.

Per studiarla, i ricercatori hanno costruito un’apparato sperimentale contenente sei fiori artificiali, disposti in modo che i movimenti verso il successivo più vicino conducessero i bombi a seguire un percorso non ottimale.

Nel corso degli 80 tentativi, migliorando la conoscenza della disposizione dei fiori, gli insetti hanno ridotto progressivamente la distanza volata.
E, aspetto ancora più sorprendente, non hanno quasi mai adottato la strategia di seguire il fiore più vicino a quello appena visitato, privilegiando cammini alla lunga più vantaggiosi dal punto di vista del consumo energetico.

La conclusione dello studio è che i bombi sono in grado di risolvere complessi problemi di routing basandosi sull’esperienza precedente e non su una sofisticata rappresentazione cognitiva dello spazio.

Questo è il codice R per ottenere i percorsi mediante l’algoritmo 2-opt ed i grafici corrispondenti (con ggplot2):

library(TSP)
library(ggplot2)
bumblebee <- data.frame(c(310,130,30,310,620,680,440),c(220,220,850,600,620,70,200))
names(bumblebee) <- c("x","y")
attach(bumblebee)
bumblebeeDistancematrix <- dist(bumblebee)
bumblebeeDistancematrix.tsp <- TSP(bumblebeeDistancematrix)
# calculate shortest path with 2-opt method
bumblebeeDistancematrix.path <- solve_TSP(bumblebeeDistancematrix.tsp, method="2-opt", control=list(tour=c(1,2,3,4,5,6,7)))
bumblebeeDistancematrix.tour <- as.vector(bumblebeeDistancematrix.path)
# lenght of the tour
as.integer(bumblebeeDistancematrix.tour)
bumblebeeN <- data.frame(bumblebee[as.integer(bumblebeeDistancematrix.tour),], ID=c(1:6,"N"))
base_size <- 9
# shortest path graph
p <- ggplot(bumblebee[as.integer(bumblebeeDistancematrix.tour),], aes(x,y))
p + geom_path() + geom_segment(aes(xend=310, x=440,yend=220, y=200), arrow=arrow(length = unit(0.25, "cm"))) + geom_point(aes(x+25,y+35, shape=bumblebeeN$ID), size=3) + scale_shape_manual(values = as.character(bumblebeeN$ID)) + opts(legend.position = "none", axis.ticks = theme_blank(), axis.text.x = theme_blank(), axis.text.y = theme_blank(), plot.title = theme_blank()) + xlab("") + ylab("")
# longest path
bumblebeeDistancematrix.long.tour <- c(1,2,4,5,6,3,7)
bumblebeeL <- data.frame(bumblebee[as.integer(bumblebeeDistancematrix.long.tour),], ID=c(1,2,4,5,6,3,"N"))
# longest path graph
g <- ggplot(bumblebee[as.integer(bumblebeeDistancematrix.long.tour),], aes(x,y))
g + geom_path() + geom_segment(aes(xend=310, x=440,yend=220, y=200), arrow=arrow(length = unit(0.25, "cm"))) + geom_point(aes(x+25,y+35, shape=as.character(c(1,2,3,4,5,6,"N"))), size=3) + scale_shape_manual(values = as.character(c(1,2,4,5,6,3,"N"))) + opts(legend.position = "none", axis.ticks = theme_blank(), axis.text.x = theme_blank(), axis.text.y = theme_blank(), plot.title = theme_blank()) + xlab("") + ylab("")

Il pacchetto TSP mette a disposizione diversi algoritmi per l’identificazione dei percorsi ottimali, utilizzabili specificandone il nome nella funzione solve_TSP.
È disponibile inoltre un’interfaccia per l’integrazione con Concorde (da installare separatamente), il software più veloce per la soluzione di TSP.

Fonti:
1
Lihoreau M, Chittka L, Le Comber SC, & Raine NE (2012). Bees do not use nearest-neighbour rules for optimization of multi-location routes. Biology letters, 8 (1), 13-6 PMID: 21849311
2
Jane Wang, Z. (2000). Two Dimensional Mechanism for Insect Hovering Physical Review Letters, 85 (10), 2216-2219 DOI: 10.1103/PhysRevLett.85.2216
3
National Geographic Italia
4
Bumblebee image courtesy of Wikipedia

Moratoria di 60 giorni sulle ricerche sui ceppi mutati del virus H5N1…

3 anni fa

Come era prevedibile, gli autori dei due studi sui ceppi mutati del virus dell’influenza aviaria H5N1 hanno aderito alla proposta di una moratoria temporanea degli esperimenti.
Come illustrato in un comunicato ([1]) co-firmato da altri 36 ricercatori del settore, si ritiene che un forum internazionale sia la circostanza più adatta per una discussione sui benefici di questo tipo di ricerche e sulle misure necessarie per garantire che vengano condotte in assoluta sicurezza.

We recognize that we and the rest of the scientific community need to clearly explain the benefits of this important research and the measures taken to minimize its possible risks. We propose to do so in an international forum in which the scientific community comes together to discuss and debate these issues.

We realize that organizations and governments around the world need time to find the best solutions for opportunities and challenges that stem from the work. To provide time for these discussions, we have agreed on a voluntary pause of 60 days on any research involving highly pathogenic avian influenza H5N1 viruses leading to the generation of viruses that are more transmissible in mammals.

In addition, no experiments with live H5N1 or H5 HA reassortant viruses already shown to be transmissible in ferrets will be conducted during this time. We will continue to assess the transmissibility of H5N1 influenza viruses that emerge in nature and pose a continuing threat to human health.

Resta ora da vedere se saranno sufficienti 60 giorni per l’ideazione ed applicazione di una nuova regolamentazione del settore.

Fonti:
1
Fouchier, R., García-Sastre, A., & Kawaoka, Y. (2012). Pause on avian flu transmission studies Nature DOI: 10.1038/481443a