Archivio della categoria: Chimica

BioCoder: una newsletter per biohacker

9 mesi fa

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Per quanto la comunità dei biohackers sia ampia ed attiva, è tuttavia scarsamente connessa. I suoi membri ignorano chi altro ne faccia parte e quali attività vengano svolte. È sintomatico che uno dei maggiori raduni di “DIY (Do It Yourself) Biology” 1 sia stato organizzato dall’FBI. Gli agenti sono stati amichevoli, ma non è questo il problema: se è necessario l’intervento dell’FBI per avvicinarci, non stiamo comunicando abbastanza tra di noi.

Questo è il problema che vogliamo affrontare con BioCoder.

BioCoder è una newsletter trimestrale rivolta a chiunque sia interessato a conoscere o ad approfondire i diversi aspetti della DIY Biology.
Il fatto che sia curata da una casa editrice e non da un gruppo di biohacker indipendenti non dovrebbe costituire un problema, a giudicare dalla tipologia e contenuto degli articoli presenti nel primo numero (disponibile nei formati html, epub e mobi): evoluzione dell’ecosistema biotech, rapporti con l’FBI, legalità degli esperimenti, una stampante per materiali biologici da 150 dollari ed altro.

Per chi volesse altre informazioni, un buon punto di partenza è il sito diybio.org.

Note:
1 Come al solito evito di tradurre con “Biologia Fai Da Te” perchè è davvero terribile :-)

Dinosauri, meteoriti ed omochiralità…

2 anni fa

Solo un numero limitato di studi scientifici riesce ad ottenere una visibilità sui media e raggiungere un pubblico più ampio di quello accademico.
Uno dei modi per far sì che il contenuto di un articolo scientifico sia appetibile per un lettore qualsiasi è quello di sfruttarlo come punto di partenza per il racconto di una storia o di un fatto che generi curiosità.
E talvolta sono proprio gli scienziati stessi che “suggeriscono” ai giornalisti le giuste chiavi di lettura per scrivere un pezzo, in alcuni casi per tutelare il rigore del proprio lavoro, in altri per farsi solo un po’ di pubblicità.

Un esempio recente è quello di uno studio pubblicato su JACS ([1]) dal titolo “Prove a favore della probabile origine dell’omochiralità in amminoacidi, zuccheri e nucleosidi sul pianeta Terra prebiotico”, scritto da Ronald Breslow.
Ad una prima occhiata, ben pochi al di fuori di un ristretto gruppo di specialisti troverebbero interessante un articolo sull’origine dell’omochiralità delle molecole della vita.
Tuttavia alcune delle conclusioni in esso presenti sono finite sul quotidiano britannico Daily Mail.

Come è stato possibile?
Grazie ai Dinosauri.

Piccola premessa. Un oggetto è detto chirale quando non è sovrapponibile alla sua immagine speculare. L’esempio più comune è quello della mano.
Nel caso delle molecole di interesse biochimico, le due entità molecolari (chiamate enantiomeri) sono identificate con le lettere D (right-handed) ed L (left-handed).

Nella maggior parte dei casi gli organismi producono o metabolizzano solo uno degli enantiomeri della coppia.
La quasi totalità delle proteine ad esempio è sintetizzata a partire da amminoacidi L, la maggior parte degli zuccheri sono molecole D.
Questa prevalenza di un enantiomero sull’altro è definita omochiralità.

L’articolo di Breslow valuta le prove a favore dell’ipotesi che essa sia stata causata dalla tipologia di amminoacidi presenti in alcune classi di meteoriti, che avrebbero quindi costituito il requisiti per la nascita delle specie viventi sulla Terra primordiale.
L’analisi chimica di alcune meteoriti ha infatti riscontrato la presenza di numerose specie amminoacidiche, alcune delle quali in proporzioni identiche di forme L e D, altre con lieve prevalenza della forma L.
Queste ultime avrebbero in qualche modo influenzato la predominanza di una forma sull’altra sulla Terra.

L’autore conclude l’articolo con un’affermazione abbastanza curiosa:

Un’implicazione di questo lavoro è che da qualche parte nell’universo potrebbero esserci forme di vita basate su amminoacidi D e zuccheri L, forme determinate dal senso della luce polarizzata circolare in quel settore dell’universo o da qualunque altro processo che ha operato a favore degli amminoacidi L(-α-methyl) nelle meteoriti cadute sulla Terra.
Queste forme di vita potrebbero benissimo essere delle versioni evolute dei dinosauri, ammesso che i mammiferi non abbiano avuto la gran fortuna di averli visti sterminare da una collisione con un asteroide come accaduto sulla Terra.
Faremmo meglio a non incontrarli.

Se l’ipotesi di una vita a chiralità diverse da quelle che caratterizzano le nostre molecole è plausibile, ci si chiede in base a quale passaggio logico Breslow (chimico che gode di ottima reputazione) sia arrivato a citare proprio i dinosauri (anche se in versione evoluta), possibilità che tra l’altro non ha basi solide neppure dal punto di vista evoluzionistico.

Il problema è che di tutto ciò che di interessante è scritto nell’articolo, nella press release diffusa da JACS viene posta una “leggera” enfasi proprio sul riferimento ai dinosauri (vedi immagine sotto).

Da qui a raggiungere le pagine del Daily mail, in forma di un (pessimo) post corredato da una sobria immagine di un dinosauro delle dimensioni di 634×769 pixel il passo è stato breve…

A parte l’aspetto umoristico della vicenda, l’articolo non è male e merita una lettura…

P.S. lo sapevate che l’intervallo di tempo che separa la nostra presenza sulla Terra da quella del Tyrannosaurus Rex è minore di quella che lo separa dallo Stegosauro?

Fonti:
1
Breslow, R. (2012). Evidence for the Likely Origin of Homochirality in Amino Acids, Sugars, and Nucleosides on Prebiotic Earth Journal of the American Chemical Society DOI: 10.1021/ja3012897

Una piccola dose di tossicologia…

2 anni fa

A Small Dose of Toxicology è un testo introduttivo di tossicologia nel quale l’autore Steven Gilbert esamina quali sono gli effetti sulla salute derivanti dalla esposizione ad agenti chimici di uso comune.
Ricordo di aver letto alcuni capitoli della prima edizione (cartacea) in biblioteca qualche anno fa e di averli trovati utili ed interessanti, oltre che accessibili ad un pubblico di non specialisti.

Grazie a questo post su Download The Universe ho appena scoperto che la seconda edizione del testo è disponibile gratuitamente in diversi formati (web, pdf, epub, mobi).
Se vi è piaciuto il libro potete comunque ringraziare l’autore con una donazione alla casa editrice od alla organizzazione no profit che lui stesso ha istituito con l’obiettivo di accrescere la conoscenza sui rischi legati composti chimici a cui siamo costantemente esposti, inclusi alcol, caffeina e nicotina.

Dategli un’occhiata, anche solo per imparare alcuni dei principi essenziali di tossicologia che possono aiutarvi sia a migliorare la qualità della vostra vita che ad acquisire un certo senso critico di fronte a notizie relative ad ambiente e medicina.

Ig Nobel 2011…

3 anni fa

Ecco come ogni anno i vincitori degli Ig Nobel, premi conferiti agli autori di ricerche scientifiche od iniziative inusuali e (talvolta) apparentemente inutili, ma di certo divertenti (anche se a mio parere un po’ meno rispetto alle passate edizioni).

Psicologia: Anna Wilkinson, Natalie Sebanz, Isabella Mandl e Ludwig Huber per uno studio sulla contagiosità degli sbadigli, condotto osservando i comportamenti di sette tartarughe a zampe rosse, animali notoriamente poco empatici.

Chimica: Makoto Imai, Naoki Urushihata, Hideki Tanemura, Yukinobu Tajima, Hideaki Goto, Koichiro Mizoguchi e Junichi Murakami, per aver determinato l’esatto valore di densità nell’aria del wasabi (ravanello giapponese piccante) in grado di svegliare delle persone in caso di incendio od altre emergenze, e per aver applicato questa scoperta all’invenzione dell’allarme a wasabi.

Medicina: Mirjam Tuk, Debra Trampe, Luk Warlop, Matthew Lewis, Peter Snyder, Robert Feldman, Robert Pietrzak, David Darby e Paul Maruff per aver dimostrato che le persone prendono decisioni migliori in alcuni casi, e peggiori in altri, quando hanno un desiderio impellente di urinare.

Psicologia: Karl Halvor Teigen per aver cercato di comprendere perchè, nella vita di tutti i giorni, le persone sospirano.

Letteratura: John Perry per la sua teoria della “Procrastinazione strutturata”, secondo la quale per raggiungere obiettivi elevati, bisogna lavorare sempre su un compito importante, concentrandosi su di esso in modo da evitare di fare qualcosa che sia persino più importante.

Biologia: Darryl Gwynne e David Rentz per aver scoperto che gli individui maschi di un certo tipo di coleotteri cercano di accoppiarsi con le bottiglie di birra di una specifica marca australiana.

Fisica: Philippe Perrin, Cyril Perrot, Dominique Deviterne, Bruno Ragaru e Herman Kingma per aver determinato perchè, dopo il lancio, i lanciatori del disco avvertono dei capogiri, mentre questo non accade ai lanciatori del martello.

Matematica: Dorothy Martin (che ha predetto che la fine del mondo sarebbe avvenuta nel 1954), Pat Robertson (che ha predetto che la fine del mondo sarebbe avvenuta nel 1982), Elizabeth Clare Prophet (che ha predetto che la fine del mondo sarebbe avvenuta nel 1990), Lee Jang Rim (che ha predetto che la fine del mondo sarebbe avvenuta nel 1992), Credonia Mwerinde (che ha predetto che la fine del mondo sarebbe avvenuta nel 1999) e Harold Camping (che ha predetto che la fine del mondo sarebbe avvenuta il 6 Settembre 1994, e successivamente il 21 Ottobre 2011), per aver insegnato al mondo di essere molto cauti quando in matematica si fanno certe assunzioni e calcoli.

Pace: Arturas Zuokas (sindaco di Vilnius, Lituania), per aver dimostrato che il problema del parcheggio abusivo delle macchine di lusso può essere risolto schiacciandole passandoci sopra con un carro armato.

Pubblica sicurezza: John Senders per aver condotto una serie di esperimenti sulla sicurezza in cui una persona guida un’automobile su un’autostrada mentre un’aletta parasole gli sbatte ripetutamente sul viso, accecandolo.

Fonti:
‘No Evidence Of Contagious Yawning in the Red-Footed Tortoise Geochelone carbonaria,” Anna Wilkinson, Natalie Sebanz, Isabella Mandl, Ludwig Huber, Current Zoology, vol. 57, no. 4, 2011. pp. 477-84

Tuk MA, Trampe D, & Warlop L (2011). Inhibitory spillover: increased urination urgency facilitates impulse control in unrelated domains. Psychological science, 22 (5), 627-33 PMID: 21467548

Lewis MS, Snyder PJ, Pietrzak RH, Darby D, Feldman RA, & Maruff P (2011). The effect of acute increase in urge to void on cognitive function in healthy adults. Neurourology and urodynamics, 30 (1), 183-7 PMID: 21058363

Teigen KH (2008). Is a sigh “just a sigh”? Sighs as emotional signals and responses to a difficult task. Scandinavian journal of psychology, 49 (1), 49-57 PMID: 18190402

“How to Procrastinate and Still Get Things Done,” John Perry, Chronicle of Higher Education, February 23, 1996. Later republished elsewhere under the title “Structured Procrastination

Gwynne, D., & Rentz, D. (1983). BEETLES ON THE BOTTLE: MALE BUPRESTIDS MISTAKE STUBBIES FOR FEMALES (COLEOPTERA) Australian Journal of Entomology, 22 (1), 79-80 DOI: 10.1111/j.1440-6055.1983.tb01846.x

Philippe Perrin, Cyril Perrot, Domi, . (2000). Dizziness in Discus Throwers is Related to Motion Sickness Generated While Spinning Acta Oto-laryngologica, 120 (3), 390-395 DOI: 10.1080/000164800750000621

“The Attentional Demand of Automobile Driving,” John W. Senders, et al., Highway Research Record, vol. 195, 1967, pp. 15-33

Un bidone (pieno di arsenico) dalla NASA? [updated]

4 anni fa

Ultimo update: 17-12-2010

Dopo l’entusiasmo iniziale (condiviso anche da me) derivato dalla lettura dell’articolo A Bacterium That Can Grow by Using Arsenic Instead of Phosphorus, nel quale gli autori concludono che l’arsenico possa sostituire il fosforo nelle biomolecole di un batterio esposto ad alte concentrazioni ambientali del semimetallo, qualcuno ha già cominciato a presentare delle forti perplessità sui risultati della ricerca.

Come Rosie di Rrresearch, che in questo post spiega in modo chiaro quali sono secondo la sua opinione di microbiologa le argomentazioni meno solide dell’articolo, concludendo con:

Lots of flim-flam, but very little reliable information. The mass spec measurements may be very well done (I lack expertise here), but their value is severely compromised by the poor quality of the inputs.  If this data was presented by a PhD student at their committee meeting, I’d send them back to the bench to do more cleanup and controls. [...]

I don’t know whether the authors are just bad scientists or whether they’re unscrupulously pushing NASA’s ‘There’s life in outer space!’ agenda. I hesitate to blame the reviewers, as their objections are likely to have been overruled by Science’s editors in their eagerness to score such a high-impact publication.

Consigliata la lettura dell’intero post (anche ai redattori di alcuni quotidiani/tg che hanno riportato la notizia in modo impreciso e banale), nell’attesa che ci sia una replica da parte degli autori della ricerca e della redazione di Science…

[update 1 - 05/12/2010] ed anche su We, Beasties non ci vanno tanto per il sottile…

[update 2 - 07/12/2010] a quanto pare la NASA non vuole ancora replicare alle critiche dal momento che sono state presentate su un blog e non su una rivista scientifica.
Politica criticabile ma decisamente condivisibile, considerando che situazioni di “peer-review casalinga” come questa sono complesse da gestire al di fuori di un numero limitato di ambiti (es. riviste scientifiche e relativi siti web).
Bisognerà aspettare che l’editore di Science riceva la lettera di spiegazioni inviatagli da Rosie Redfield…

Altri commenti interessanti qui e qui.

[update 3 - 10-12-2010] qui la risposta ufficiale dell’autrice Wolfe-Simon, nella quale non entra nel merito della ricerca ma spiega come lei ed i suoi collaboratori (e Science) intendono procedere per spiegare le loro ragioni.
Per chi non avesse potuto ancora leggere l’articolo in questione, Science ha aperto l’accesso al paper per due settimane.

[update 4 - 17-12-2010] ecco la risposta ufficiale di Wolfe-Simon