Microbiomi

Casio

Wed, 26 Apr 2023 21:00:37 +0200

Casio GBD-200UU

Il mio primo orologio è stato un Casio di inizio anni 80 ¹ . E da allora — a parte un breve periodo di infatuazione per i primi Swatch con cassa trasparente — ho sempre indossato un orologio della casa nipponica. I miei preferiti sono stati un indistruttibile G-Shock dalla classica forma quadrata e l’economico muletto W800H-1BV.

Il modello che uso attualmente — il GBD-200UU — possiede quasi tutte le caratteristiche² che cerco in un orologio: resistenza agli urti, comodità al polso, contapassi, modalità allenamento e un bellissimo display negativo leggibile anche in scarsità di luce.

L’unica mancanza è quella del segnale orario, funzione che trovo utile e a cui sopperisco impostando un timer di allenamento che avvio al mattino allo scoccare di un’ora e che spengo quando vado a dormire.

Per il controllo via smartphone uso l’app Gadgetbridge per Android, più rispettosa della privacy rispetto a quella ufficiale Casio.

Lo uso da poche settimane, e non potrei essere più contento dell’acquisto.

il modello dovrebbe essere l’A151^
è presente anche un sistema di notifiche sincronizzabile con lo smartphone, non molto pratico a dire il vero. Io non ne faccio uso e tengo l’orologio in modalità aereo, che considero quella ottimale per un dispositivo che non è uno smartwatch, e nemmeno vuole esserlo^

Genart 2

Fri, 31 Mar 2023 00:26:17 +0200

Il test di Rorschach — basato sulla descrizione soggettiva di macchie di inchiostro — viene usato in psicologia e psichiatria per valutare la personalità di un individuo. Le due immagini seguenti sono state prodotte da un sistema generativo programmato¹ per la creazione di disegni astratti casuali caratterizzati — analogamente alle 10 tavole di Rorschach a cui si ispira — da un certo grado di ambiguità.

in linguaggio R ^

Adelle

Fri, 24 Feb 2023 10:31:39 +0100

Il tipo di carattere del testo che state leggendo si chiama Adelle ed è stato creato dai designer Veronika Burian e José Scaglione della fonderia tipografica TypeTogether . I motivi per cui sto usando Adelle sono due. Il primo è estetico — me ne sono innamorato appena l’ho visto sul sito di Om Malik . Il secondo è legale — Type Together mi ha “invitato” ad acquistare una licenza d’uso del relativo font a causa di una “Potential font licensing issue”.

Per contrastare la pirateria, le fonderie si appoggiano a dei servizi online che scansionano la rete e identificano usi illeciti dei font¹ del loro catalogo. Quando si ha un riscontro positivo viene inviata una notifica della violazione.

Nel mio caso avevo scaricato il font da un sito non autorizzato, senza verificare che l’indicazione “free to download” fosse associata a quella “free to use”. Errore da principiante. Il fatto che io abbia rimosso il font dal sito dopo pochi giorni — il tempo necessario per accorgemi che il font era proprietario — non è stata ritenuta una ragione sufficiente per risolvere la questione senza accettare una delle due alternative: causa legale o acquisto di una licenza. Inutile dire che sono stato ben felice di scegliere la seconda.

mediante algoritmi in grado di riconoscere font proprietari anche se sono stati alterati nel nome, nei metadati o nella tabella dei caratteri^

GenArt 1

Mon, 20 Feb 2023 14:19:44 +0100

L’arte generativa è il risultato di una serie di operazioni definite da un artista ed eseguite — con un certo grado di casualità — da un sistema autonomo. Nella maggior parte dei casi le operazioni sono di tipo matematico, ma si possono usare anche sistemi di tipo meccanico, biologico o chimico.
I primi esempi di questa forma artistica risalgono agli anni 60, con le opere di Georg Nees , Vera Molnár , Frieder Nake , Lillian F. Schwartz e A. Michael Noll .

Chiunque voglia cimentarsi oggi nell’arte generativa ha bisogno solamente di un personal computer, qualche nozione di matematica e la conoscenza delle basi di un qualsiasi linguaggio di programmazione. Io preferisco usare R , ma consiglio Processing per chi vuole ottenere risultati interessanti senza troppa fatica.

Qui sotto ci sono alcuni esempi creati da una collaborazione tra me e il mio laptop.

I primi due (progetto spiralz) sono basati su una coppia di equazioni parametriche che definiscono un grafico a forma di spirale. L’algoritmo, modificando autonomamente alcuni parametri, definisce curve di aspetto diverso e dispone su di esse dei simboli geometrici in modo casuale. La presenza di due spirali in ciascuna immagine consente — grazie a valori leggermente alterati delle coordinate dei rispettivi punti — una visione pseudo-tridimensionale secondo il principio della libera visione stereoscopica incrociata (cross eyed).

I quattro successivi (progetto wirez) sono basati su un singolo algoritmo progettato per ottenere strutture simili a rocchetti di filo, la cui forma ed il grado di arrotolamento variano in base ai valori assegnati casualmente ad alcuni dei parametri.

Exxonknew

Fri, 13 Jan 2023 14:39:39 +0100

Foto: Supran, et al, 2023, Assessing ExxonMobil's global warming projections

Gli scienziati che lavoravano per la compagnia petrolifera Exxon avevano previsto — già a partire dagli anni 70 — i rischi legati all’uso di combustibili fossili. E questo fatto è noto già da tempo. Quello che non si sapeva, almeno fino ad oggi, era il grado di accuratezza di queste previsioni.

Un recente studio¹ ha stimato che le proiezioni a lungo termine di Exxon relative agli andamenti atmosferici di temperatura e concentrazione di anidride carbonica sono consistenti con quelli previsti dai modelli indipendenti — accademici e governativi — usati tra il 1977 ed il 2003. Ciò rappresenta una evidente contraddizione con la narrativa condotta dalla compagnia negli ultimi decenni, volta a sminuire il ruolo umano e l’impatto dei combustibili fossili nei cambiamenti climatici.

Tra le previsioni, rivelatesi poi corrette, ci sono anche: il rifiuto della vecchia ipotesi dell’arrivo di una imminente era glaciale — a favore di una super-glaciale² — indotta dagli effetti dell’anidride carbonica in atmosfera; il periodo — anno 2000 ± 5 — in cui il riscaldamento globale indotto dall’uomo sarebbe stato rilevabile per la prima volta; la concentrazione minima di anidride carbonica in atmosfera che avrebbe portato ad un riscaldamento pericoloso.

Che conseguenze avranno queste novità sulla politica attuale di Exxon? Immagino nessuna, al più l’unico disturbo sarà quello di rilasciare qualche dichiarazione in cui le analisi dei suoi scienziati verranno descritte come un mero esercizio accademico o qualcosa del genere…

G. Supran and S. Rahmstorf and N. Oreskes (2023). Assessing ExxonMobil’s global warming projections. Science, 10.1126/science.abk0063(https://www.science.org/doi/abs/10.1126/science.abk0063 )^
Il termine super-glaciale viene usato per descrivere dei periodi di tempo del passato che sembrano essere stati carattterizzati da condizioni estremamente calde^

Aaron Swartz

Wed, 11 Jan 2023 14:23:47 +0100

L’informazione è potere. Ma come ogni tipo di potere, ci sono persone che vogliono tenerselo per sé. L’intero patrimonio scientifico e culturale, pubblicato nel corso dei secoli in libri e riviste, è sempre più digitalizzato e tenuto sotto chiave da un gruppo ristretto di società private. Vuoi leggere gli articoli che ospitano i più famosi risultati scientifici? Dovrai pagare enormi somme di denaro ad editori come Reed Elsevier.

C’è chi lotta per cambiare tutto questo. Il movimento Open Access ha combattuto valorosamente per fare in modo che i ricercatori non cedano i loro diritti d’autore e che pubblichino invece i risultati delle loro ricerche su Internet, a condizione che ne consentano l’accesso a tutti. Ma anche nella migliore delle ipotesi, ciò sarà valido solo per i testi pubblicati in futuro. Tutto ciò che è stato pubblicato finora andrà perduto.

Questo è un prezzo troppo alto da pagare. Costringere i ricercatori a pagare per leggere il lavoro dei colleghi? Scansionare intere biblioteche, ma consentire solo alla gente che lavora per Google di leggerne i libri? Fornire articoli scientifici alle università d’élite del Primo Mondo, ma non ai bambini del Sud del mondo? Tutto ciò è oltraggioso e inaccettabile.

«Sono d’accordo,», dicono in molti, ma cosa possiamo fare? Sono le aziende che detengono i diritti d’autore, a guadagnare somme enormi facendo pagare l’accesso [alle pubblicazioni], ed è tutto perfettamente legale — non possiamo fare nulla per fermarli». Ma qualcosa che possiamo fare c’è, qualcosa che è già stato fatto: possiamo contrattaccare.

Tutti voi che avete accesso a queste risorse — studenti, bibliotecari o scienziati — avete ricevuto un privilegio: potete nutrirvi a questo banchetto della conoscenza mentre il resto del mondo rimane chiuso fuori. Ma non dovete — anzi, moralmente, non potete — conservare questo privilegio solo per voi. Avete il dovere di condividerlo con il mondo. Avete il dovere di scambiare le password con i colleghi e di scaricare gli articoli per gli amici.

Nel frattempo, tutti voi che siete stati chiusi fuori, non starete fermi a guardare. Vi intrufolerete attraverso i buchi, scavalcherete le recinzioni e libererete le informazioni dai lucchetti degli editori per poi condividerle con i vostri amici.

Tutte queste azioni vengono però condotte nell’oscurità, nascoste nella clandestinità. Sono definite “furto” o “pirateria”, come se la condivisione della conoscenza fosse l’equivalente morale di saccheggiare una nave e assassinarne l’equipaggio. Ma condividere non è immorale — è un imperativo morale. Solo chi fosse accecato dall’avidità rifiuterebbe di concedere la copia di un testo qualsiasi ad un amico.

E le grandi multinazionali, ovviamente, sono accecate dall’avidità. Le stesse leggi a cui sono sottoposte richiedono che esse lo siano — se così non fosse i loro azionisti si rivolterebbero. E i politici sostengono le grandi aziende che li hanno corrotti, approvando leggi che concedono ad esse il potere esclusivo di decidere chi può fare o non fare delle copie.

Non c’è giustizia nel rispettare leggi ingiuste. È tempo di uscire allo scoperto e, nella grande tradizione della disobbedienza civile, dichiarare la nostra opposizione a questo furto privato della cultura pubblica.

Dobbiamo acquisire le informazioni, ovunque siano archiviate, farne copie e condividerle con il mondo. Dobbiamo prendere ciò che non è più coperto dal diritto d’autore e archiviarlo. Dobbiamo rilevare banche dati segrete e metterle sul web. Dobbiamo scaricare riviste scientifiche e caricarle sulle reti di condivisione. Dobbiamo lottare per la Guerrilla Open Access.

Se in tutto il mondo saremo in numero sufficiente, non ci limiteremo a mandare un forte messaggio contro la privatizzazione della conoscenza — la renderemo un ricordo del passato.

Vuoi essere dei nostri?

(“Guerrilla Open Access Manifesto”, Aaron Swartz, luglio 2008, Eremo, Italia)

10 anni fa moriva Aaron Swartz .

Un anello per domarli

Thu, 15 Apr 2021 18:05:29 +0200

Da sinistra: Obiettivo Vivitar 28mm 1:2.8 Grandangolo - Adattatore K per obiettivi con attacco a vite M42 - Obiettivo Cosinon 50mm f/1.8 Auto

Un obiettivo con lunghezza focale fissa di 50mm¹ . Questa è la mia prima scelta — e negli ultimi anni molto spesso l’unica — per scattare fotografie. Il campo visivo simile a quello dell’occhio umano, le minori distrazioni rispetto ad un obiettivo 35mm, la qualità dell’immagine, un indefinito fattore estetico delle fotografie che ottengo. I motivi sono diversi.

Di certo c’è un fattore affettivo, dato che i primi scatti con una macchina fotografica reflex — non digitale — li ho fatti proprio con l’obiettivo 50mm di mio papà. Obiettivo che è stato per troppo tempo inutilizzato e che ho deciso di far tornare in vita, insieme agli altri del corredo che lui si è costruito negli anni.

Poiché sono tutti dotati di un attacco M42, diverso da quello K della mia reflex digitale Pentax , ho dovuto acquistare un adattatore opportuno. La scelta è caduta sull’anello originale Pentax, costoso ma di qualità maggiore rispetto ai cloni cinesi.

Fotografare con questi obiettivi è davvero divertente, nonostante la procedura richieda una certa pazienza ed alcuni accorgimenti supplementari² — che in realtà sono più una piacevole sfida che un fastidio.

la mia reflex ha un sensore di formato APS-C, quindi per ottenere una distanza focale — equivalente — prossima ai 50mm uso un obiettivo 35mm^
in modalità a priorità di apertura, bisogna mettere a fuoco alla massima apertura prima di selezionare il rapporto focale desiderato^

Giappone 2015

Thu, 07 Dec 2017 23:18:06 +0100

Devo testare il mio nuovo script per la creazione di gallerie di immagini per Hugo. Queste sono alcune fotografie del viaggio fatto in Giappone nel 2015 con Alessandra.

Foto 1

Fri, 10 Nov 2017 18:18:42 +0100

Il mio ZX Spectrum+, ancora funzionante dopo 33 anni!

B. B. Mandelbrot, La Formula Della Bellezza - Un Estratto

Wed, 25 Oct 2017 12:03:33 +0200

Nella sua caratteristica essenziale, la formula di Zipf-Mandelbrot era un’eredità della termodinamica statistica: cercava di prendere la «temperatura del discorso». Poteva misurare le differenze da un testo all’altro, da un interlocutore all’altro. Assegnava un voto numerico alla ricchezza del vocabolario di una persona. Bassa temperatura, vocabolario limitato. Alta temperatura, vocabolario ricco. La formula originale di Zipf era una buona approssimazione, ma induceva in errore. A Zipf piaceva l’Ulisse di Joyce perché era lungo, ma anche perché era atipico. La temperatura del discorso poteva diventare un potente strumento di misura sociale: con un numero si registrava il livello di erudizione.

(Benoît B. Mandelbrot , La formula della bellezza )

Blade Runner 2049 - Prologo

Sat, 07 Oct 2017 17:10:23 +0200

L’attesa è stata lunga, ma finalmente arriva nelle sale il seguito del film che più di altri ha influenzato la mia concezione di fantascienza. Blade Runner 2049 riprende la narrazione dopo 30 anni dalle vicende del primo film. Per chiarire gli avvenimenti accaduti in questo intervallo di tempo sono stati realizzati tre cortometraggi, che al contrario dei trailer ufficiali –fin troppo rivelatori– forniscono solo informazioni utili alla migliore comprensione di Blade Runner 2049.

2036: Nexus Dawn

Niander Wallace (Jared Leto), CEO della Wallace Corporation, si trova di fronte ad una commissione per chiedere l’annullamento del divieto alla produzione di replicanti, introdotta dopo gli eventi descritti nel terzo cortometraggio. Egli ritiene che la nuova serie di replicanti (Nexus 9) sia l’unico strumento per consentire alla razza umana di sopravvivere al collasso dell’ecosfera.

2036: Nexus Dawn

2048: Nowhere to Run

Sapper Morton (Dave Bautista) è un replicante che cerca di nascondere la sua natura sintetica tenendo un basso profilo e sopprimendo gli istinti più violenti. Sarà tuttavia un sentimento umano come l’empatia a rappresentare la minaccia maggiore per la sua sicurezza.

2048: Nowhere to Run

Black Out 2022

Il terzo cortometraggio è un gioiello di animazione diretto da Shinichiro Watanabe (Cowboy Bebop). Ambientato tre anni dopo gli eventi di Blade Runner, rivela il destino della Tyrell Corporation e la causa del divieto alla produzione di replicanti.

Black Out 2022

Da WordPress a Hugo

Wed, 27 Sep 2017 12:16:54 +0200

La prima versione del mio sito personale era formata da pagine statiche, qualche immagine, nessun sistema di commenti. Oggi, dopo più di quindici anni, due software di gestione ed un numero imprecisato di plugin, ho rimosso parte della complessità accumulata nel tempo e sono tornato alla vecchia struttura minimale. Per farlo ho sostituito WordPress — diventato ormai un ibrido tra un kaijū ed una teenager da proteggere dalle minacce del web — con un generatore di siti statici chiamato Hugo .

Alcuni dei vantaggi di questo nuovo approccio sono:

non è necessaria alcuna manutenzione o backup dei file remoti
i rischi legati alla sicurezza sono notevolmente ridotti
scrittura dei post in Markdown
le shortcode , comandi che una volta inseriti in un post verranno trasformati da Hugo in un contenuto basato su uno specifico modello; in questo modo è possibile superare le limitazioni di Markdown senza alterare la semplicità della sua sintassi
il server incluso in Hugo, che consente di osservare in tempo reale nel browser le modifiche apportate ai contenuti del sito quando vengono salvate nell’editor di testi

Il cambiamento maggiore rispetto al passato è nel flusso di lavoro, che avviene interamente in Vim e prevede il lancio di due script in bash . Il primo chiama il comando di Hugo per la creazione di un nuovo post e genera dei file in vimscript per la selezione di categorie e tag mediante liste a cascata.

Liste a cascata per categorie e tag in Vim

Il secondo script provvede alla compressione delle nuove immagini, dei fogli di stile ed al caricamento dei file sul server mediante scp.

Infine, per rendere il processo di scrittura ancora più fluido uso i plugin Vim Markdown , SnipMate (per inserire immagini singole e gallerie), Goyo e Limelight .

Dopo aver passato gli ultimi anni a scrivere altrove, ho voglia di tornare a farlo anche qui.

Fillotassi di Pi greco

Tue, 30 May 2017 21:00:10 +0100

3001 cifre di π

Questa immagine è stata generata da un codice R¹ che avevo scritto per un progetto qualche tempo fa. L’idea era di rappresentare le cifre di Pi greco in una forma che non esprimesse necessariamente qualche proprietà matematica ma che fosse gradevole alla vista; alcuni esempi ben riusciti sono quelli realizzati da Martin Krzywinski , Visual Cinnamon e Alexis Engelke .

Le cifre di Pi greco vengono organizzate sul piano, in forma di cerchi colorati, usando il modello che determina la disposizione dei fiori del disco di un girasole (fillotassi)² . Il colore viene assegnato a ciascun cerchio in base alla corrispondenza definita nella tavolozza (“Paired” del pacchetto “RColorBrewer”).

L’assetto risultante nasconde in realtà alcuni concetti matematici abbastanza familiari. Se si osserva con attenzione un girasole si può notare infatti come i fiori del disco si sviluppino secondo uno schema a spirali. Si riconoscono due serie di curve, distinte dal senso (orario e antiorario) e dal loro numero. Se si conta il numero di spirali si ottengono quasi sempre le stesse coppie di valori: 21 e 34, 34 e 55, 55 e 89, 89 e 144. Tali numeri appartengono alla successione nota come Successione di Fibonacci , in cui ciascuno di essi è ottenuto dalla somma dei due che lo precedono nella sequenza (1,1,2,3,5,8,…).

Sebbene tali osservazioni avessero portato i matematici a studiare la Fillotassi di Fibonacci fin dal 1700, fu necessario un altro secolo per comprendere quale fosse il fattore di regolaritá piú importante per modellare l’accrescimento di una pianta. I matematici Auguste e Louis Bravais osservarono come un singolo elemento botanico (ramo, foglia, seme) divergesse rispetto al precedente secondo un angolo ben definito e ricorrente, il cui valore nella maggior parte dei casi³ era prossimo a quello dell’angolo aureo (137,5 gradi).

Tale valore sembra essere stato scelto dalla natura per consentire alla pianta di ottimizzare la gestione dello spazio, nel caso del girasole riducendo al minimo la presenza di vuoti nell’impaccamento dei semi. Modificando l’angolo (variabile theta nel codice) si possono ottenere diverse configurazioni non ottimizzate, anche se visivamente belle, tutte caratterizzate dalla presenza di una sola delle due famiglie di spirali.

lo trovate in questo repo su GitHub^
Fowler, D., Hanan, J., & Prusinkiewicz, P. (1989). Modelling spiral phyllotaxis Computers & Graphics, 13 (3), 291-296 DOI: 10.1016/0097-8493(89)90076-9 ^
Swinton J, Ochu E, & MSI Turing’s Sunflower Consortium. (2016). Novel Fibonacci and non-Fibonacci structure in the sunflower: results of a citizen science experiment. Royal Society open science, 3 (5) PMID: 27293788 ^

Cookie law

Fri, 29 May 2015 12:46:22 +0100

Il 2 giugno 2015 scadrà il periodo transitorio che l’Autorità Garante per la Protezione dei Dati Personali ha concesso ai gestori di siti web per conformare la gestione dei cookie alle nuove normative europee. L’Autorità Garante definisce i cookie come:

“stringhe di testo di piccole dimensioni che i siti visitati dall’utente inviano al suo terminale, dove vengono memorizzati per essere poi ritrasmessi agli stessi siti alla successiva visita del medesimo utente”.

Ogni sito, anche il singolo blog, dovrà quindi informare in modo cristallino il visitatore sulle modalità di creazione e trattamento dei cookie, con modalità differenti a seconda della tipologia di servizio a cui si riferiscono:

cookie tecnici: necessari per la normale navigazione e fruizione del sito web, non vengono utilizzati per scopi ulteriori
cookie di profilazione: utilizzati per tracciare la navigazione dell’utente e creare profili sui suoi gusti e abitudini, sia da parte del sito visitato (“di prima parte”) che da parte di altri servizi (“di terza parte”)

Inutile dire che tale operazione non è semplice, soprattutto per chi non ha dimestichezza con certi argomenti o non dispone delle competenze tecniche per apportare le necessarie modifiche al codice del sito. Immagino che molti chiuderanno.

Per quanto riguarda i siti non complessi (es. blog) gestiti su un proprio spazio, la strategia più semplice da adottare è quella di rimuovere tutti i servizi che generano cookie diversi da quelli strettamente tecnici.

Nel mio caso, con blog su WordPress, ho adottato le seguenti misure:

ho modificato gli indirizzi dei video di YouTube incorporati nei post, sostituendo il dominio “youtube.com” con quello “youtube-nocookie.com” (quest’ultimo è un sito ufficiale di Google, quindi affidabile :-)
di tutti i plugin installati, solo uno generava dei cookie, disabilitati grazie all’apposita opzione
ho disabilitato il servizio Gravatar
per quanto riguarda i link di condivisione dei post su Twitter, Facebook e Google+, li ho lasciati così come sono; non essendo costituiti da iframe ma da semplici link testuali in html, non generano dei cookie quando l’utente accede alla pagina o clicca su di essi
~~sto scrivendo l’informativa estesa~~ l’informazione estesa con la politica di gestione dei cookies sul blog Microbiomi è disponibile su questa pagina; quella breve (mediante banner da cliccare) non è richiesta perchè il mio blog non genera i cookie (di profilazione) che richiedono il consenso esplicito del visitatore
[aggiornato il 01/06/2015] gli unici cookie relativi alle funzionalità della piattaforma utilizzata (Wordpress) disponibili in precedenza sul sito sono stati disabilitati mediante il comando:
```
remove_action( ‘set_comment_cookies’, ‘wp_set_comment_cookies’ );
```
inserito nel file functions.php del tema del blog.

Nessun plugin aggiuntivo quindi, solo qualche accorgimento ed alcune verifiche con firebug e qualche servizio online. A meno di nuove interpretazioni della normativa, dovrebbe bastare così.

Desktop Settembre 2014

Fri, 12 Sep 2014 07:26:06 +0100

Tra gli ultimi arrivati nell’affollato mondo dei window manager per Linux ce n’è uno che da subito ha attirato la mia attenzione e che ormai ha definitivamente sostituito Xmonad sul mio laptop. Basato sulla partizione binaria dello spazio, Bspwm è un gestore di finestre di tipo tiling , veloce, stabile e configurabile senza eccessive difficoltà.

Per ulteriori informazioni, questa discussione sul forum ufficiale di Archlinux è un buon punto di partenza.

Ecco il mio attuale desktop con Bspwm.

Bspwm

The Challenger Disaster (il film)

Fri, 16 May 2014 09:10:37 +0100

73 secondi. Questa fu la durata del volo dello Space Shuttle Challenger prima della sua esplosione nel cielo della Florida, la mattina del 28 gennaio 1986. Per investigare sulle cause del disastro fu istituita una commissione presidenziale, costituita da rappresentanti di tutti gli enti ed agenzie coinvolti nella missione dello Space Shuttle. L’unico membro indipendente era il fisico Richard Feynman , che decise di accettare l’incarico pur con qualche remora iniziale dovuta alla sua repulsione nei confronti dei burocrati che infestavano il mondo della politica. Dopo aver letto diversi libri sulla sua vita, ho il sospetto che il motivo principale della sua scelta non sia stato tanto il senso del dovere quanto la sua irresistibile curiosità scientifica. Tanto per farsi un’idea dell’entità della sfida che lo attendeva, è sufficiente ricordare che lo Space Shuttle era costituito da più di due milioni e mezzo di componenti, molti dei quali potevano essere la causa alla base dell’incidente!

Il ruolo di Feynman nella vicenda, già ben raccontato nel libro autobiografico “Che t’importa di ciò che dice la gente?”, è stato anche trasposto in forma cinematografica nel film drammatico The Challenger Disaster , con il bravo William Hurt nel ruolo di protagonista (chi ha visto i video del vero Feynman non faticherà a riconoscere alcuni tratti tipici delle sue espressioni e gestualità).

A parte qualche inevitabile licenza cinematografica (“mmmh, quello non mi sembra proprio il deck dello Shuttle!” :-) il film è davvero ben fatto, soprattutto considerando che è stato realizzato per la tv dal canale Science Channel. Consigliato!

Un cuore in funzione per San Valentino

Sat, 15 Feb 2014 10:07:10 +0100

Incuriosito dal commento sulle cardioidi in un post di .mau. , ho fatto qualche ricerca per scoprire quali sono le curve che meglio approssimano la forma simbolica che associamo al cuore (studiosi di anatomia esclusi ).

A giudicare da un articolo trovato su MathWorld, le possibilità sono molteplici.

Ed ispirato dal mio romanticismo da nerd, ho scritto il codice R¹ per tracciare alcune di queste curve e realizzare dei grafici d’auguri per Alessandra (che è così ~~disperata~~ favolosa da apprezzare anche questo genere di cose :-).

Cardioide in R

lo trovate in questo repo su GitHub^

Cambio hosting

Thu, 02 Jan 2014 10:06:05 +0100

Dopo l’acquisizione da parte del colosso EIG, Hostgator ha sensibilmente peggiorato la qualità dei suoi servizi, sia in termini di stabilità che di assistenza ai clienti, molti dei quali hanno deciso di migrare altrove. Io ho scelto di trasferire il blog presso un server gestito da 040 Hosting , di cui ho letto ottime recensioni un po’ dappertutto.

Dal momento della richiesta, la migrazione è durata meno di cinque ore (al netto della propagazione dei DNS); considerando che era il primo di Gennaio non posso che essere estremamente soddisfatto. Soprattutto dopo aver letto l’ultima mail inviata dal proprietario Patrick Sanders:

sorry for the slow response but officially our sales is still closed due to the holidays and new accounts are part of the sales team not our support team.

BioCoder: una newsletter per biohacker

Sat, 09 Nov 2013 15:03:10 +0100

Per quanto la comunità dei biohacker sia ampia ed attiva, è tuttavia scarsamente connessa. I suoi membri ignorano chi altro ne faccia parte e quali attività vengano svolte. È sintomatico che uno dei maggiori raduni di “DIY (Do It Yourself) Biology"¹ sia stato organizzato dall’FBI. Gli agenti sono stati amichevoli, ma non è questo il problema: se è necessario l’intervento dell’FBI per avvicinarci, non stiamo comunicando abbastanza tra di noi.

Questo è il problema che vogliamo affrontare con BioCoder.

BioCoder è una newsletter trimestrale rivolta a chiunque sia interessato a conoscere o ad approfondire i diversi aspetti della DIY Biology. Il fatto che sia curata da una casa editrice e non da un gruppo di biohacker indipendenti non dovrebbe costituire un problema, a giudicare dalla tipologia e contenuto degli articoli presenti nel primo numero (disponibile nei formati html, epub e mobi): evoluzione dell’ecosistema biotech, rapporti con l’FBI, legalità degli esperimenti, una stampante per materiali biologici da 150 dollari ed altro.

Per chi volesse altre informazioni, un buon punto di partenza è il sito diybio.org .

Come al solito evito di tradurre con ‘Biologia Fai Da Te’ perchè è davvero terribile :-)^

CERN Open Days 2013

Sat, 05 Oct 2013 13:32:46 +0100

Sono un grande appassionato delle iniziative “Porte Aperte”, occasioni spesso uniche per vedere luoghi interessanti ed incontrare persone con molte cose da insegnare. Sotto entrambi gli aspetti, la giornata passata al CERN di Ginevra in occasione degli Open Days non ha tradito le mie attese, soprattutto durante la visita alla zona sperimentale sotterranea dell’esperimento CMS (alcune foto del sito, ufficiali e non ). Un grosso grazie va alla volontaria (italiana) che ha riorganizzato la nostra discesa nella caverna sebbene fossimo in indecente ritardo rispetto all’orario definito in fase di prenotazione.

Purtroppo gli spostamenti ci hanno fatto perdere troppo tempo prezioso e siamo stati costretti a fare una selezione delle attività da visitare (tra le quali giocare con i Lego insieme a Marco Delmastro :-). Sarà per la prossima volta, che secondo alcuni potrebbe già essere nel 2014 in occasione del sessantesimo compleanno del CERN.

Nell’attesa, ci accontentiano di fare una passeggiata virtuale grazie a quei benefattori di Google Street View .

Distribuzione paranormale

Thu, 02 May 2013 14:56:17 +0100

Marco: “Carina questa vignetta¹ pubblicata su The Journal of Epidemiology and Community Health.”

Alessandra: “Certo, proprio esilarante. Meno male che non l’hai pensata tu.”

Marco: “No, io l’ho solo riprodotta in R!” [github]

Alessandra: “. " (scuotendo la testa)

A visual comparison of normal and paranormal distributions (J Epidemiol Community Health. 2006 January; 60(1): 6)^

Letture della settimana (17-03-2013)

Sun, 17 Mar 2013 21:55:22 +0100

Scienza

La pericolosa fissazione dell’azoto.

Per la prima volta sono stati rinvenuti batteri all’interno della crosta oceanica . Che diventa così il più ampio habitat terrestre.

La scienza delle fumate papali .

Alcune piante “correggono ” il loro nettare con delle sostanze che generano negli insetti una dipendenza che li costringe a ritornare per un’altra impollinazione.

Carriera scientifica e famiglia. Binomio difficile .

Sembra che i giapponesi siano riusciti ad estrarre per primi il metano dai clarati oceanici.

Puoi determinare il valore di π con un pendolo?

Che fine ha fatto la SARS ?

Ritalin & Co.: diamo i numeri ?

Il DNA spiegato dalla BBC . Ed il Ciclo di Krebs in rap.

Chef Watson . Il supercomputer della I.B.M. si sposta in cucina per creare nuove ricette.

Il Viagra non funziona come sostanza dopante nello sport. Ginnastica da materasso esclusa.

Gli animali rotolanti dei corti d’animazione Rollin’ Safari .

C. elegans Harlem Shake .

Ed il premio per l’articolo scientifico più osceno va a.

Panda p*rn .

Varie

Quello che mi ha insegnato mio nonno sulla felicità. Un post che avrei potuto scrivere io su mio nonno Vittorio.

L’aurora boreale ed il rischio della terza guerra mondiale .

Letture della settimana (10-03-2013)

Sun, 10 Mar 2013 17:48:22 +0100

Scienza

Quanto è facile creare un virus mortale?

Sei scienziate di cui forse non avete mai sentito parlare. Ed uno speciale di Nature sulle donne nella scienza.

A giudicare da questi dati , la situazione sanitaria dei cittadini del Regno Unito è in netto peggioramento. Tra il 1990 ed il 2010, i casi di cirrosi epatica (la maggior parte dei quali sono legati all’abuso di alcol) sono aumentati del 65%, quelli di morte per droga del 577% e per il Morbo d’Alzheimer del 137%.

La scienza ci consente di rigenerare specie estinte. Ma quanto è giusto farlo ?

Un pratico sistema per monitorare i paperi su PubMed .

Più di 8000 specie molecolari e più di 7000 reazioni. Questa mappa del metabolismo umano pubblicata da un ampio consorzio di scienziati farà la felicità di tutti i ricercatori in biologia dei sistemi.

Alcuni insetti hanno ali che sono in grado di “grattuggiare ” i batteri.

Un altro passo verso l’uso dei bio-denti come alternativa agli impianti dentali.

Rane autoctone contro rospi invasivi.

Degli astronomi amatoriali di San Antonio sono riusciti ad illuminare la stazione spaziale con un raggio laser.

I farmaci più venduti del 2012.

Il New York Times ha ridotto a colpi d’ascia la sezione dedicata all’informazione ambientale, incluso il blog “Green Blog”.

The Daily Dish 2013 .

Post che meritano un’occhiata: “The “Nightmare Bacteria”: An Explainer ” “Da cervello a cervello ” “The ten commandments of student science blogging ” “Why it’s hard to explain drug discovery to physicists ” “Gluten Sensitivity: What Does It Really Mean? ” “Teaching Square Roots to a Five Year Old ” “CDC’s “Resistance Nightmare:” A View from the Trenches ” “Synthetic Biology Comes Down to Earth ” “Mississippi Baby Might Have Been Cured of HIV ” “Algae Get Help to Go to Extremes ”

Varie

Who locks a pdf file and forgets the password should be condemned to the chinese hell of being cut to pieces

Dopo aver scritto questo tweet sono riuscito a decrittare il pdf in questione con il software pdfcrack . Anche se ci sono volute solo tre ore e rotti :@.

Una modella pneumatica, un fisico delle particelle ed una borsa misteriosa .

La Charm School del MIT di Boston compie vent’anni .

Hai seguito un MOOC e vuoi segnalarlo nel tuo curriculum vitae?

Perchè la vendita di uova americane sarebbe illegale in supermercato britannico. E viceversa.

Viaggiate nel tempo con le foto del sito Retronaut.

I complottisti nel Parlamento italiano.

Da dove prendono i soldi i siti che offrono servizi gratuiti?

Gli elefanti non erano il problema

Mon, 04 Mar 2013 22:18:37 +0100

Per chi mastica un po’ di ecologia, Allan Savory è noto per aver ideato il sistema Holistic management per la tutela delle praterie africane. In una presentazione TED tenuta recentemente in California, Savory ha illustrato la sua esperienza in Africa, ponendo l’accento sui temi dell’ecologia delle praterie, della desertificazione e della capacità di imparare dai propri errori. Nel suo caso, l’aver formulato una ipotesi sbagliata che ha comportato l’uccisione di 40 mila elefanti. Merita la visione.

P.S se poi voleste approfondire la vostra cultura in ambito ecologico, provate a dare un’occhiata al libro “A Primer of Ecology with R”.

Letture della settimana (02-02-2013)

Mon, 04 Mar 2013 22:18:37 +0100

Scienza

Negli hamburger di manzo venduti in alcuni supermarket del Regno Unito è stata riscontrata la presenza di DNA di cavallo e maiale. Rendendo il prodotto contemporaneamente immangiabile da parte di indiani, musulmani ed ebrei.

Quando baciate qualcuno, il suo DNA resta nella vostra bocca per almeno un’ora. Per ora il test è in grado di riconoscere solo il DNA di un maschio, in quanto basato sul rilevamento del cromosoma Y. Attenzione quindi alle scappatelle se avete un partner che fa il biologo molecolare :-)

Solo tre candidati (Bersani, Giannino e Ingroia) hanno risposto alle domande proposte da Dibattito Scienza. Mi stupisco della mancata risposta di Monti (degli altri due ero quasi sicuro :-). Qui il duro (e condivisibile) commento di Marco Cattaneo .

Fatevi una passeggiata tra geni e proteine.

Vi ritenete bravi in geografia? Questo giochino basato sulla Proiezione di Mercatore (ovvero: distorsioni maggiori andando verso latitudini crescenti) probabilmente vi farà cambiare idea :-)

In una dieta, quando e cosa mangi possono essere altrettanto importanti nella diminuzione di peso.

Pinto, occhio nero o stufati. Che tipo di fagioli provoca più flatulenza?

Participants consumed ½ cup of pinto beans, black-eyed peas, and canned carrots as control (n = 17) in Study 1 for three randomized 8-week phases. For Study 2, participants ate ½ cup baked beans or canned carrots as control (n = 29) for two randomized 8-week phases. Study 3 was a parallel arm trial with 40 subjects receiving ½ cup pinto beans and 40 consuming a control soup for 12 weeks. Changes in the **frequency of perceived flatulence**, **stool characteristics**, and **bloating** were the primary outcome measures.

Le migrazioni delle grandi chiazze oceaniche di immondizia.

A quanto pare bere caffè facilita il riconoscimento di parole associate a pensieri positivi.

Varie

Alcuni post dalla settimana: “Vi Racconto Come Nacque L’Aspirina ”, “Carnevale della Fisica #39: I paradossi della fisica ”, “Alcuni esperimenti di scienze per grandi e piccoli ”, “I guai della democrazia diretta ”, “Hilary: the most poisoned baby name in US history ”, “The risks and benefits of influenza H5N1 research ”.

La lettera annuale di Bill Gates per il 2013.

Darth Vader e l’educazione di suo figlio Luke.

Un breve post introduttivo sulla grammatica di Vim . Ed un tweet che mi ha fatto decisamente sorridere:

Q. How do you generate a random string? A. Put a first year CS student in front of VIM and tell him to save and exit ([@codechef](https://twitter.com/codechef/status/288227602689310720))

Dieci punti di partenza per chi vuole iniziare a programmare.

“When you learn to read, you can then read to learn. And it’s the same thing with coding: If you learn to code, you can code to learn” (Mitch Resnick)

Una linea di codice e il browser diventa un blocco note.

Se volete che le icone sul vostro sito appaiono ben definite su qualsiasi dispositivo, una delle scelte migliori è usare un set di icon fonts . Io uso Font Awesome , ma ce ne sono molti altri.

Come far atterrare un aereo pur non essendo un pilota.

Letture della settimana (03-03-2013)

Sun, 03 Mar 2013 21:34:58 +0100

Scienza

Le conseguenze dell’incidente di Fukushima sulla popolazione giapponese sono state meno gravi del previsto. Ma solo per una questione di venti favorevoli che hanno soffiato verso il Pacifico e non nell’entroterra.

La scienza del cibo spazzatura .

Un bestiario degli RNA .

The ‘omes puzzle .

Meglio il burro o la margarina ?

L’alzabandiera dell’alligatore.

Alone together in Antarctica .

C’è chi viene a visitare l’Italia per l’arte. Chi per il cibo. Chi per le catacombe .

Qualche blog dove la scienza viene raccontata in immagini: Fresh Photons , Medical School , It’s a small world!

Quando si dice un museo del ca**o .

Science in action . Un podcast su argomenti scientifici realizzato dalla BBC.

Post: “Neurons Could Outlive the Bodies That Contain Them ” “The Virus That Learns ” “Are climate change models becoming more accurate and less reliable? ” “Why Julius Robert von Mayer was one of the unluckiest men in science ” “Bacterial Evolution – The Movie ” “Whatever happened to swine flu? ” “Bedeviled by Dengue ”

Varie

Dieci anni fa il Rwanda ha intrapreso delle politiche aggressive contro malattie e povertà. I risultati sono impressionanti:

Le morti per HIV, TB, e malaria sono diminuite dell'80%, le morti per parto del 60%, l'aspettativa di vita è raddoppiata -- il tutto per una spesa annuale pro capite di 55 dollari.

Un’infografica sulle malattie rare .

“Two body interactions: a longitudinal study”. Una proposta di matrimonio tra fisici.

Qual è la vostra battuta preferita sui programmatori? Roba vecchia, ma fa sempre sorridere :-)

Habit breaking, habit making . Un modo un po’ brutale, ma efficace, per migliorare le proprie capacità di movimento in Vim.

Diagnosi mediche con IBM Watson

Sat, 02 Mar 2013 12:53:38 +0100

Watson è un sistema di intelligenza artificiale sviluppato dalla IBM, la cui caratteristica più nota è quella di rispondere a domande poste in un linguaggio naturale.

Un settore in cui si sta sperimentando l’applicazione delle capacità analitiche di Watson è quello medico. L’obiettivo è quello di fornire ai dottori una valutazione sintetica di tutti i dati disponibili in letteratura e nei database medici, velocizzando e facilitando la formulazione di diagnosi.

(se non riesci a visualizzare il video, clicca qui )

Letture della settimana (18-02-2013)

Mon, 18 Feb 2013 22:59:38 +0100

Scienza

Alcuni ricercatori dell’University College London hanno realizzato il prototipo di un computer immune da crash. Sarei curioso di farlo testare da alcune persone di mia conoscenza , veri e propri poeti del BSoD (per fortuna nessuno nella mia famiglia :-)

Questo video sull’attenzione selettiva è un classico (se nessun campanello suona nella vostra testa, dategli un’occhiata e poi ritornate qui a leggere). Qualcuno ha condotto un esperimento simile con alcuni radiologi . E il risultato è abbastanza sorprendente.

Ten Hundred Words of Science . Un blog dove concetti scientifici complessi vengono spiegati usando esclusivamente le 1000 parole inglesi più utilizzate.

La FDA ha approvato il primo impianto di retina artificiale.

The Notorious P.I.G.

In Estonia si apprestano ad adottare il sistema computerbasedmath.org per l’insegnamento di probabilità e statistica nelle scuole.

computerbasedmath.org is a project to build a completely new math curriculum with computer-based computation at its heart—alongside a campaign to refocus math education away from historical hand-calculating techniques and toward relevant and conceptually interesting topics.

L’hashtag più divertente degli ultimi tempi, #overlyhonestmethods .

La bellezza della natura sotto forma di gif animate.

The Paper Bay è un sito di scambio per paperi scientifici, creato in onore di Aaron Swartz .

Deep inside . Uno studio sulle carriere di 10000 star del cinema hard (leggermente nsfw).

Il virus dell’influenza ha fatto fare un po’ di confusione agli algoritmi di tracciamento di Google.

Dieci domande, cinque stelle, un casino .

Se ve li siete persi la settimana scorsa: “Il chimico, il gas esilarante e la poesia ” “VIII Carnevale della biodiversità ” “Pioggia di meteoriti su Giacobbo, e anche su di me. L’astronomia del rischio ” “10 Reasons Why Dolphins Are A**holes ” “Why Does a Meteor Explode in the Air? ” “Antibiotics hit your gut microbes hard ” “Peace ”

Varie

Sexercise .

Questa ragazza mi fa concorrenza per le iniziative più strane organizzate per festeggiare San Valentino. E per restare in tema, qualche consiglio per conquistare uno/a scienziato/a.

L’automobile si guasta ed un tizio francese guida per un’ora a 200 Km/h fino all’esaurimento della benzina. Senza freni.

10 utili pacchetti per chi inizia con R.

Arc diagrams e hive plots .

I vostri grafici con R sono troppo seri? Che ne dite di farli assomigliare a quelli di xkcd ?

Letture della settimana (11-02-2013)

Mon, 11 Feb 2013 11:27:34 +0100

Scienza

Qualche post da segnalare: “Adattarsi a vivere in un freddo isolamento ” “Ergodicità ” “Gli zuccheri, i dolcificanti e la Cannabis dei golosi: la Stevia Rebaudiana ” “Scientists and their emotions: the highs . and the lows ” “How Owls Twist Their Heads Almost 360 Degrees ” “You Have 46 Chromosomes. This Pond Creature Has 15,600 ” “Why scientists should play games ”

Un po’ di dati sull’industria farmaceutica.

L’ozono stratosferico si sente un po’ meglio .

Quanto è grande l’universo?

La psicologia delle liste “da fare”.

Una delle mie letture preferite degli ultimi tempi è l’edizione spagnola di Scientific American. Grazie alla quale ho scoperto che questa settimana cade (di già?) il venticinquesimo anniversario della morte di Richard Feynman.

Lo scheletro di Riccardo III ("Un cavallo, un cavallo, il mio regno per un cavallo!") è stato ritrovato al di sotto di un’area di parcheggio nella città di Leicester.

PLOS ha stretto un accordo con il sito di condivisione figshare per la pubblicazione dei dati supplementari (figure, data sets, video) presenti negli articoli delle sue sette riviste.

Se abitate nei dintorni di Milano avete ancora una settimana per visitare la mostra scientifica Body Worlds . Dopo aver visto le opere in esposizione, la frase “Mi piaci per come sei fatta dentro” avrà tutto un altro sapore :-)

In seguito alla pubblicazione di alcuni (discussi) report in cui si indicano tre specifici insetticidi (clothianidin, imidacloprid e thiamethoxam) come una delle possibili cause del declino delle popolazioni di api, la Commissione Europea ha proposto di sospenderne per due anni l’utilizzo.

Come ridurre le morti da overdose di Paracetamolo di quasi la metà? Diminuendo il numero di pastiglie nelle confezioni.

Varie

A regular crossword . Genio.

Il prezzo di un mattoncino LEGO®.

ShareLaTeX è un sito che consente l’elaborazione collaborativa di documenti in LaTex direttamente online.

Workflow e Perl Problems (xkcd).

“You Probably Don’t Know Janet”. Un esempio di campagna mirata durante le recenti elezioni presidenziali negli Stati Uniti.

Il discorso di Gabrielle Giffords sulle armi. E l’opinione di Stephen KIng sulla necessità di introdurre delle regolamentazioni sul loro possesso.

YouCompleteMe è un pratico ed efficace plugin di completamento automatico per Vim.

Qualche aneddoto sui film di Bud Spencer e Terence Hill.

Mai dimenticare di rinnovare un dominio. Chiedete alla guida Michelin :-)

Dipendenze

Sat, 09 Feb 2013 09:02:54 +0100

Cassie Rodenberg scrive di dipendenze e di altri problemi sociali. Sul suo blog ospitato su Scientific American ha iniziato una collaborazione narrativa con il fotografo Chris Arnade, in cui viene raccontata in parole ed immagini la difficile vita nel quartiere Hunts Point , nel Bronx di New York City. Per quanto alcune foto siano abbastanza “forti” (siete avvisati), posso assicurarvi che alcune storie ascoltate e vissute durante l’anno in cui ho lavorato in un centro di recupero per tossicodipendenti possono essere anche più terrificanti.

Alcune per fortuna mi hanno fatto anche sorridere, come nei casi del ricercatore che si faceva di ritalin e del perito chimico che sintetizzava LSD. Entrambi conosciuti però al di fuori del centro, in sedi decisamente insospettabili :-)

La vendetta del sikh

Wed, 06 Feb 2013 14:00:45 +0100

Sebbene siano sottoposti a procedure di revisione, accade talvolta che gli articoli scientifici vengano ritrattati dopo la loro pubblicazione, in forma di parziale correzione o completa eliminazione dalla letteratura. I motivi per cui ciò si verifica non sono necessariamente legati a frodi deliberate da parte degli autori (anche se sono quelli che si leggono più di frequente), in quanto è il metodo scientifico stesso che implica una rivalutazione continua dei risultati ed il riconoscimento successivo di errori, siano essi di natura tecnica o teorica.

Poichè gli studi ritrattati non ottengono un’adeguata copertura sulle pubblicazioni scientifiche, e non esiste ancora un database che li raccolga in modo ordinato, Ivan Oransky (Reuters Health) ed Adam Marcus (Anesthesiology News) hanno deciso di creare un blog specifico sull’argomento, chiamato Retraction Watch .

Uno dei casi trattati con maggior interesse dal blog è quello del ricercatore indiano Anil Potti , attualmente sotto indagine per la falsificazione di dati relativi alle sue ricerche in oncogenomica presso la Duke University. Leggo stamattina che dieci dei post relativi alla vicenda sono stati eliminati da parte di Wordpress (che ospita il blog) in risposta ad una richiesta di rimozione dei contenuti in base al Digital Millennium Copyright Act (DCMA). Retraction Watch avrebbe copiato i post pubblicati su un sito indiano di notizie e ne avrebbe quindi violato il copyright.

In realtà è avvenuto proprio il contrario, con il sito indiano (in realtà anch’esso replica di un vero sito dal nome simile!) che ha copiato il materiale, lo ha spacciato come proprio, e ha chiesto (con credenziali probabilmente false) la rimozione di quello originale presente su Retraction Watch!

Ovviamente la situazione si risolverà quanto prima con la ripubblicazione dei post rimossi, ma finchè le norme del DCMA non verranno modificate ci sarà sempre qualcuno pronto a richiedere - ed ad ottenere fin troppo facilmente - una takedown notice sulla base di accuse decisamente poco solide o lontane dal buonsenso .

Letture della settimana (27-01-2013)

Sun, 27 Jan 2013 22:58:26 +0100

Scienza

L’Università di Harvard ha deciso che i costi per le sottoscrizioni alle pubblicazioni scientifiche sono diventati eccessivi (3.5 milioni di dollari all’anno!). E con un memo invita i membri della sue facoltà a pubblicare su riviste open access.

L’effetto dell’evoluzione delle proteine sulla loro velocità di ripiegamento.

Qualche post: “How a quarter of the cow genome came from snakes” , “Statisticians and computer scientists – if there is no code, there is no paper ”, “I paradossi in psicologia ”, “Neanderthal? Peccato, sarà per un’altra volta ”, “Sloths simply can’t get away from scientists ”

Un solo chilogrammo di un nuovo polimero sintetico può trasformare tutta l’acqua di una piscina olimpionica in gelatina.

Se siete contrari alle vaccinazioni, forse vi interesserà scoprire perchè questi due genitori hanno cambiato idea.

Un database con le maggiori eruzioni vulcaniche verificatesi negli ultimi 1.8 milioni di anni.

Hans Bethe spiega un po’ di teoria dei quanti.

Varie

Solo gli scienziati corrotti credono nei cambiamenti climatici. Almeno secondo l’opinione dei due neuroni di questo conduttore di Fox news.

125 anni di National Geographic. In fotografie .

L’Università del Wisconsin ha deciso di introdurre un sistema per assegnare crediti universitari sulla base delle conoscenze acquisite durante corsi esterni a quelli dell’ateneo. Inclusi i MOOC (corsi gratuiti su larga scala offerti sul web).

Intervista con uno dei realizzatori degli effetti speciali di Tron: Legacy (l’utilizzo di EMACS è un tocco di classe).

Le sette conferenze TED più difficili da tradurre .

La Stazione Spaziale Internazionale e la minaccia delle unghie tagliate .

E sempre in tema di ISS, la NASA ha messo in palio 30 mila dollari per chi riuscirà a scrivere del codice per ottimizzare la posizione dei pannelli solari della stazione.

Usare R in modo collaborativo .

Alle radici importa poco della gravità

Thu, 24 Jan 2013 15:23:52 +0100

Sebbene la crescita delle radici di una pianta sia diretta principalmente dalle informazioni codificate nel DNA, essa viene influenzata in modo sensibile anche da alcuni fattori esterni. Uno di quelli considerati di maggiore importanza è la gravità, che guiderebbe le radici verso il basso (gravitropismo) e determinerebbe due comportamenti caratteristici chiamati waving e skewing. Il primo consiste in una serie di ondulazioni delle estremità delle radici, il secondo in una deviazione rispetto alla direzione verticale di crescita; il loro effetto combinato permette alle radici di “esplorare” un volume maggiore di terreno in cerca di acqua e nutrienti.

Image courtesy of NASA

I risultati di uno studio¹ condotto nel 2011 sulla Stazione Spaziale Internazionale con piante di Arabidopsis Thaliana hanno tuttavia mostrato come tali meccanismi si verifichino anche in condizioni di assenza quasi totale di gravità (microgravità), con dinamiche simili a quelle riscontrate con le piante di controllo cresciute sulla Terra. Lo sviluppo è stata monitorato fotografando le piante ogni 6 ore, per un periodo di 15 giorni [video ].

La scoperta che non è la gravità la forza motrice della crescita radicale delle piante è di grande utilità nell’ottica della loro coltivazione nello spazio, soprattutto nell’ambito di missioni umane di lunga durata sulla Luna o su Marte.

Si dovrà ora cercare di comprendere quali tra gli altri fattori in gioco “allontanamento dalla luce (fototropismo negativo), stimoli tattili (aptotropismo), distribuzione differenziale di auxina, disponibilità di acqua o nutrienti “siano davvero determinanti nello sviluppo della morfologia radicale delle piante.

Paul AL, Amalfitano CE, & Ferl RJ (2012). Plant growth strategies are remodeled by spaceflight. BMC plant biology, 12 PMID: 23217113 ^

Letture della settimana (19-01-2013)

Sat, 19 Jan 2013 18:25:40 +0100

Scienza

Le 10 domande di natura scientifica per i candidati alle prossime elezioni italiane.

AllTrials è una campagna lanciata in Inghilterra per richiedere la diffusione dei risultati dei test clinici. Molto spesso infatti ricercatori e medici non pubblicano i dati e i protocolli utilizzati, soprattutto in caso di trattamenti rivelatisi inefficaci o dannosi.

Sarà questo il motivo per cui è chiamato ragno delle banane ?

Qual è l’efficacia del vaccino per l’influenza stagionale che si sta verificando negli Stati Uniti?

Ellen Jorgensen illustra alcune delle splendide cose che si possono fare in un laboratorio biotecnologico casalingo. Altro che le semplici estrazioni di DNA dalle fragole che ogni tanto faccio in cucina (ho dei nipoti fortunati, lo so :-).

E in tema di esperimenti da garage, un post che spiega la procedura per mostrare che nei nostri respiri è presente anidride carbonica.

50 blog di ecologia.

Qualche post: “I rischi del mestiere ”, “Liquorino di liquirizia ”, “L’orologio molecolare ”, “Archaea Are More Wonderful Than You Know ”.

Varie

L’omeopatia è straordinaria .

L’efficacia degli igienizzanti per le mani (secondo xkcd ).

La risposta della Casa Bianca alla petizione per la costruzione di una “Death Star ”.

Volete dare un’occhiata dentro alla Stazione Spaziale Internazionale ?

L’ingegneria è una gran bella cosa, come insegnano questi camion della Volvo .

Fatti storici tra l’esilarante e il disgustoso. Un esempio:

"1871: Charlotte Smith sues Sylvester Ingalls for divorce, one of her many claims being that he farted in bed and held her under the covers."

10 ore e 729 chilometri di Norvegia .

Una donna di Baltimora si è finta maschio per osservare il comportamento delle altre donne su un sito di incontri. Dopo aver analizzato i dati raccolti, sarà riuscita a trovare marito ?

Il libro definitivo per imparare velocemente a realizzare grafici con R.

Interazione tra R e SQL .

Creare illusioni ottiche con R.

Fossili, dinosauri e diluvio universale

Thu, 17 Jan 2013 10:02:12 +0100

La prima volta che ho sentito parlare del Louisiana Science Education Act (LSEA) mi è venuta in mente una scena dell’episodio “The Midterms” della serie West Wing , in cui il Presidente degli Stati Uniti Bartlet demolisce a colpi di citazioni bibliche una conduttrice radiofonica ultraconservatrice.

[qui il video in italiano] President Josiah Bartlet: Good. I like your show. I like how you call homosexuality an abomination. Dr. Jenna Jacobs: I don’t say homosexuality is an abomination, Mr. President. The Bible does. President Josiah Bartlet: Yes, it does. Leviticus. Dr. Jenna Jacobs: 18:22. President Josiah Bartlet: Chapter and verse. I wanted to ask you a couple of questions while I had you here. I’m interested in selling my youngest daughter into slavery as sanctioned in Exodus 21:7. She’s a Georgetown sophomore, speaks fluent Italian, always cleared the table when it was her turn. What would a good price for her be? While thinking about that, can I ask another? My Chief of Staff Leo McGarry insists on working on the Sabbath. Exodus 35:2 clearly says he should be put to death. Am I morally obligated to kill him myself, or is it okay to call the police? Here’s one that’s really important ‘cause we’ve got a lot of sports fans in this town: Touching the skin of a dead pig makes one unclean. Leviticus 11:7. If they promise to wear gloves, can the Washington Redskins still play football? Can Notre Dame? Can West Point? Does the whole town really have to be together to stone my brother John for planting different crops side by side? Can I burn my mother in a small family gathering for wearing garments made from two different threads? Think about those questions, would you? One last thing: While you may be mistaking this for your monthly meeting of the Ignorant Tight-Ass Club, in this building, when the President stands, nobody sits.

LSEA è una legge varata nel 2008 nello stato della Louisiana che ha di fatto concesso agli insegnanti delle scuole pubbliche la libertà di utilizzare qualsiasi materiale supplementare ritenessero più opportuno nelle discussioni su temi come evoluzione, clonazione e riscaldamento globale. Alcuni docenti ne hanno approfittato, sostituendo di fatto i testi di scienze ufficiali con quelli pubblicati da case editrici di orientamento cristiano, basati su concetti come creazionismo e disegno intelligente. Riporto qui alcuni passi tratti da uno di questi testi per le scuole elementari:

La scienza si basa sull’osservazione da parte dell’uomo. Nessuno ha mai osservato come i fossili si formino; quindi ci sono più teorie su come la Terra si sia originata.

L’evoluzionismo sostiene che la Terra si sia gradualamente sviluppata nel corso di milioni di anni. Secondo il creazionismo, l’origine della Terra è spiegata nel primo capitolo della Genesi.

La maggior parte degli evoluzionisti crede che il diluvio universale non sia mai avvenuto. Quindi cercano altri modi per spiegare la formazione dei fossili. Gli evoluzionisti pensano che diversi strati di roccia contengano fossili appartenenti a diversi intervalli temporali, e che un fossile abbia la stessa età dello strato roccioso che lo contiene. Più lo strato è profondo, più esso è vecchio. L’evoluzionismo insegna che la vita sulla Terra è iniziata con semplici organismi che si sono successivamente evoluti in forme di vita più complesse. Se questo fosse vero, le forme di vita più semplici dovrebbero essere seppellite nello strato roccioso più profondo. I fossili non sempre seguono gli schemi che gli evoluzionisti si aspettano. Per esempio, fossili semplici e complessi vengono trovati nello stesso strato roccioso, e stessi fossili si rinvengono in strati differenti. Appare chiaro come la maggior parte dei fossili sia stata seppellita durante una catastrofe improvvisa come il diluvio. In questo caso lo strato roccioso che contiene il fossile non ne indicherebbe l’età.

I fossili che vediamo oggi sono una chiara evidenza del diluvio universale.

Gli evoluzionisti credono che uomo e dinosauri non abbiano mai vissuto contemporaneamente sulla Terra. Ma la Bibbia dice che Dio ha creato tutte le terre e gli animali del mare nel quinto e nel sesto giorno della Creazione. E l’uomo il sesto.

Quindi uomo e dinosauri hanno vissuto contemporaneamente.

La parola di Dio è sempre accurata. Quindi possiamo essere confidare nel fatto che sia vera anche nelle aree della scienza.

Inevitabilmente questa legge ha suscitato un acceso dibattito, iniziato subito dopo l’approvazione della legge con un articolo scritto da uno studente quattordicenne di nome Zack Kopplin , diventato oggi il punto di riferimento per chi si sta impegnando nel tentativo di riforma dell’attuale sistema educativo della Louisiana.

Sfida difficile in uno Stato dove alcuni insegnanti preferirebbero tenere, vicino alla Bibbia, una pistola invece che un libro di Darwin.

Letture della settimana (11-01-2013)

Fri, 11 Jan 2013 14:48:46 +0100

Scienza

Ci vuole una certa dose di umorismo per denominare “RePOOPulate” un trattamento di batterioterapia fecale contro le infezioni da Clostridium difficile.

Phenomena è il nuovo science salon di National Geographic, occupato da alcuni dei migliori science bloggers: Virginia Hughes , Brian Switek , Ed Yong e Carl Zimmer .

Tra i post pubblicati questa settimana segnalo “Il dilemma dell’evoluzione dei rospi ”, “When You Swallow A Grenade ”, “How a quarter of the cow genome came from snakes ”, “A Geek Manifesto for America ”, “Is Python The New Basic? (Python For Kids) ”

Uno studio pubblicato questa settimana su Science ha dimostrato come sia possibile generare un gas con temperatura al di sotto dello zero assoluto. Questo post prova a spiegare in modo semplice come questo fatto non vada in conflitto con la definizione di temperatura assoluta proposta da Lord Kelvin.

Il direttore di Le Scienze Marco Cattaneo scrive un post (a mio parere inoffensivo) su una curiosa interrogazione parlamentare relativa allo studio dei fenomeni ufologici. Le sue osservazioni suscitano però qualche malumore, e tra commenti e tweet si scatena un putiferio con minacce di querele.

In Australia fa così caldo che il servizio meteorologico locale ha dovuto aggiungere dei colori (viola e rosa) a quelli già disponibili per poter rappresentare sulle carte le temperature superiori ai 50°C!

Quanti studi scientifici sono stati ritrattati nel 2012?

I danni collaterali della finta campagna di vaccinazione che la C.I.A. ha organizzato come copertura nelle operazioni di cattura di Osama Bin Laden.

La frangia ambientalista dell’elettorato del presidente Obama si è stufata di attendere ulteriormente per la realizzazione di molte delle iniziative rimandate al secondo mandato. I problemi più immediati si chiamano Pebble Mine e Keystone XL .

Un’infografica che mostra i movimenti dei cervelli da una nazione all’altra.

Ti piace scrivere di scienza? In questo post su PLOS troverai 10 utili consigli per diventare un blogger migliore. E come bonus, qualche suggerimento di scrittura anche da parte di Stephen King.

Altre cose più o meno serie

Cosa accade in un acceleratore di particelle da diversi miliardi di euro quando si fanno collidere oggetti come orologi e lattine al posto dei protoni? Chiedetelo a questi fisici del CERN :-)

Non capite perchè il vostro amico nerd ride di fronte all’ultima vignetta pubblicata su Xkcd? Questo sito fa certamente al caso vostro.

Quali sono i film di fantascienza del 2012 con il maggior numero di errori scientifici ?

Le 11 presentazioni TED più inquietanti del 2012.

Alcune delle bufale a sfondo alimentare più diffuse nell’anno passato.

R ed analisi dei dati

Gli autori del testo “Elements of Statistical Learning” hanno messo a disposizione per il download gratuito la versione pdf della seconda edizione.

Come progettare un oggetto virtuale con R e riprodurlo fisicamente con una stampante tridimensionale.

Chi fosse interessato ad imparare il linguaggio R per l’analisi dei dati può dare un’occhiata ai corsi gratuiti “Computing for Data Analysis ” (è iniziato da pochi giorni, fate ancora in tempo ad iscrivervi) e “Data analysis ” (inizia il 22/01) presentati su Coursera.

Scienza, nuovi media e pubblico. Un nuovo mondo

Mon, 07 Jan 2013 14:08:55 +0100

Un mondo in cui una persona su sette usa attivamente Facebook, e più di 340 milioni di tweet sono pubblicati ogni giorno, non è più il futuro della comunicazione della scienza. È la realtà di oggi.

Realtà che impone, secondo un recente articolo pubblicato sulla rivista Science¹ , una nuova analisi dei rapporti tra scienziati, media e pubblico.

Dall’analisi di dati relativi alla situazione statunitense, si nota infatti come una elevata percentuale (60%) di coloro che cercano informazioni su temi scientifici indichi Internet come la prima fonte a cui rivolgersi. Alcune ricerche ipotizzano che uno dei motivi di questa scelta sarebbe l’eterogeneità dell’offerta informativa, che riuscirebbe a soddisfare anche le necessità di quella fascia di lettori che non possiede la preparazione richiesta per la comprensione del materiale proposto da media tradizionali come quotidiani e televisione (a parte le note eccezioni :-).

A questa tendenza sarebbero associati alcuni problemi, già presenti in altri settori della comunicazione ma relativamente nuovi in quella scientifica:

i media tradizionali sono forzati con sempre maggiore frequenza a ridurre gli spazi dedicati alla divulgazione, anche sui rispettivi siti web (che coprono solo il 12% della richiesta di notizie scientifiche on-line da parte del pubblico statunitense), a vantaggio di fonti non sempre attendibili come i blog.
gli algoritmi dei motori di ricerca filtrano le informazioni, favorendo i temi più cliccati, condivisi o remunerativi. Con il rischio di trascurare notizie di vero interesse, diffuse per fortuna da blog indipendenti o appartenenti ai network di riviste scientifiche (Research Blogging , Scienceblogging ).
i social network o i commenti di altri lettori sono in grado di plasmare la percezione delle informazioni. Influenzando così non solo la conoscenza, ma anche le opinioni. Conseguenza trascurabile quando si tratta delle discutibili abitudini riproduttive dei serpenti Thamnophis, tuttavia di grande importanza di fronte a temi come cellule staminali, energia nucleare, biotecnologie, ecc.

La comunicazione della scienza vive quindi in un mondo nuovo, in cui inedite forme di interazione hanno reso i flussi di informazioni più turbolenti e complessi rispetto al passato. Secondo l’autore dell’articolo si rende necessaria una nuova ecologia dell’informazione scientifica, per garantire che in futuro la diffusione della conoscenza sia ancora guidata dai contenuti e non dalle dinamiche dei sistemi di comunicazione.

PS: per restare in tema, tanti auguri a Radio3 Scienza per i 10 anni di trasmissioni!

PPS: ora il blog ha un nome ed un nuovo tema (ed è raggiungibile anche all’indirizzo microbiomi.com )

Brossard, D., & Scheufele, D. (2013). Science, New Media, and the Public Science, 339 (6115), 40-41 DOI: 10.1126/science.1232329 ^

Cosa ne pensava l'FBI di Richard Feynman

Wed, 06 Jun 2012 17:40:25 +0100

L’FBI ha reso pubblico il materiale raccolto in anni di indagini su Richard Feynman.

Merita una lettura, per osservare da una prospettiva ancora inedita la vita di uno scienziato straordinario.

Auguri ZX Spectrum

Mon, 23 Apr 2012 13:04:42 +0100

A giudicare dal numero di articoli pubblicati oggi in occasione del trentesimo anniversario del lancio sul mercato dello ZX Spectrum , sono in molti quelli che come me hanno amato il computer di casa Sinclair. Anche Google si è unito alla celebrazione con un doodle a tema (pur se in compartecipazione con San Giorgio):

Google doodle sullo ZX Spectrum

Io festeggio cambiando per qualche giorno l’header del blog (nell’attesa di trovare un po’ di tempo per riesumare il mio 48k+ e tornare a sentire suoni come questi :-).

Header dedicato allo ZX Spectrum

Ancora su vaccini, autismo e dati inventati

Thu, 19 Apr 2012 14:51:28 +0100

Le vaccinazioni sono uno strumento preventivo insostituibile per la tutela della salute, ma a quanto pare ci sono ancora troppe persone che non vogliono accettare questo fatto, preferendo basare le proprie opinioni su dati falsi o fonti inattendibili presenti in grande numero su internet.

Negli ultimi giorni sta facendo discutere una sentenza del Tribunale di Rimini che condanna il Ministero della Salute a risarcire la famiglia di un bimbo affetto da una forma di autismo, riconoscendo la causalità tra la somministrazione del vaccino obbligatorio MMR (morbillo, parotite, rosolia) e la comparsa della patologia.

Questa correlazione non è mai stata dimostrata in studi scientifici, tranne in unico caso, rivelatosi in seguito un vero e proprio “falso scientifico”. A quanto pare la sentenza di Rimini è stata basata proprio sulle conclusioni di questa ricerca.

Lo studio di Wakefield

Nel 1998 fu pubblicato sulla rivista scientifica The Lancet un articolo¹ in cui il medico/chirurgo Andrew Wakefield (insieme ad altri 12 autori) affermava di aver trovato un nesso di causalità tra la somministrazione del vaccino MMR e l’insorgenza di casi di autismo in un campione di bambini.

Sebbene fin da subito le conclusioni della ricerca fossero state messe fortemente in discussione e non confermate sperimentalmente in studi successivi² ³ ⁴ ⁵ , è stato necessario attendere fino al 2010 per la ritrattazione ufficiale dell’articolo da parte di The Lancet.

In alcuni articoli pubblicati sul British Medical Journal⁶ nel 2011, il giornalista Brian Deer ha documentato l’attività fraudolenta di Wakefield, portando alla luce una condotta disonesta sia dal punto di vista scientifico che etico, che ne ha inoltre motivato la radiazione dall’albo dei medici britannici.

Le conseguenze più evidenti della pubblicazione dei risultati di questo studio sono state una sensibile diminuzione del numero di vaccinazioni ed un aumento dei casi di infezione. Nel solo Regno Unito il tasso di vaccinazione è sceso in media dal 92 al 73 percento, mentre i casi di morbillo sono passati dai 56 nel 1998 ai 971 del 2007.

Meno evidente è stato l’effetto sull’opinione pubblica, che ha mostrato una lenta ma progressiva diffidenza verso le vaccinazioni, grazie anche alla disinformazione dei media e di siti/forum su internet. Un esempio abbastanza divertente è quello di uno studio della Wake Forest University, molto citato dai gruppi antivaccinazioni come prova certa del nesso tra vaccino MMR ed autismo. Il commento di uno degli autori è stato “Non è quello che la nostra ricerca sta mostrando ”.

Triste ma vero, un recente sondaggio dell’Università del Michigan ha mostrato come il 24% dei genitori intervistati tenga conto (anche se “solo” il 2% in modo assoluto) delle informazioni sui vaccini diffuse da celebrità come l’ex playmate Jenny McCarthy (una delle paladine del movimento antivaccinazioni americano).

Tra le argomentazioni principali di chi è contrario all’utilità dei vaccini, o addirittura ne ritiene pericoloso l’utilizzo, ci sono le cosiddette “storie vere”, sempre efficaci nel conferire un messaggio, soprattutto quando ci sono di mezzo i bambini. Ce ne sono però anche di persone per cui la vaccinazione sarebbe stata la scelta giusta, come queste otto raccolte dal CDC. Un altro esempio è l’esperienza di un anziano medico inglese, o quella di una mamma giornalista.

Perchè è importante vaccinarsi?

Per comprendere meglio l’importanza delle vaccinazioni ho raccolto alcune informazioni utili (ma ce ne sarebbero molte altre):

le vaccinazioni hanno ridotto, ed in alcuni casi eliminato, i contagi di alcune malattie infettive che in passato hanno causato numerosi morti e gravi problemi sanitari. Rinunciare alle vaccinazioni significa dare ai virus e batteri responsabili di queste malattie una nuova possibilità di diffondersi su larga scala. Nel 1974, circa l'80% dei bambini giapponesi era vaccinato contro la pertosse, e si verificarono solo 393 casi, nessuno dei quali letale. Purtroppo in quell’anno cominciarono a circolare voci (false) che sostenevano come la vaccinazione non fosse ormai più necessaria, ed anzi potesse creare problemi di salute. In soli due anni, il tasso di vaccinazione scese al 10%. Nel 1979 si è verificata una enorme epidemia di pertosse, con più di 13000 casi, di cui 41 letali.
immunizzare i bambini significa anche diminuire il rischio di contagio per soggetti a rischio, come quelli che non possono essere vaccinati per ragioni mediche o di età.
virus della polio. La vaccinazione obbligatoria a partire dal 1966 ha praticamente annullato i contagi in Italia (l’ultimo caso, isolato, risale al 1988). In assenza della vaccinazione, la malattia può portare a danni neurologici e disabilità permanenti molto gravi.
virus del morbillo. Sebbene la vaccinazione non sia obbligatoria (ma raccomandata grazie alla combinazione con quelle per rosolia e parotite), il morbillo è una malattia molto contagiosa, con complicanze come diarrea (1 caso ogni 6), otite (1 ogni 20), polmonite/bronchite (1 ogni 25), convulsioni (1 ogni 200), encefalite (1 ogni 1000), morte (3-10 ogni 10000). Se il numero di casi con complicazioni sembra troppo basso per giustificare l’immunizzazione, basta pensare che prima della disponibilità del vaccino praticamente chiunque si ammalava di morbillo.
virus dell’epatite B. Un solo dato a giustificare l’obbligo di vaccinazione: circa il 25% dei bambini che si ammalano della forma cronica della malattia muore di patologie legate al fegato in età adulta.
analoghe considerazioni possono essere fatte per il vaccino per difterite, tetano e pertosse.
i bambini nascono con un sistema immunitario già molto potente, ottenuto dalla madre, in grado di fronteggiare molte malattie. La necessità della vaccinazione non è quella di sovvenzionare le aziende farmaceutiche per farmaci che esercitano un’azione terapeutica che l’organismo è già da solo in grado di svolgere in modo eccezionale. Ma è quella di evitare le complicazioni legate alle malattie.
in altri casi (Haemophilus influenzae b, Pneumococco, Meningococco) il sistema immunitario dei bambini è ancora inadeguato, rendendo quindi la vaccinazione fortemente raccomandabile.
per quanto riguarda il numero di vaccinazioni che possono essere somministrate contemporaneamente, in linea teorica il sistema immunitario di un bambino può gestirne senza problemi intorno alle 10000!
lo sviluppo tecnologico ha ridotto il numero di antigeni (sostanze in grado di suscitare una risposta immunitaria) presente nei vaccini. Nel 1980, il solo vaccino DPTP (difterite, pertosse, tetano, polio) conteneva 3017 antigeni. Oggi, per 4 vaccini, il numero di antigeni complessivo è ridotto a 34.
i vaccini non indeboliscono il sistema immunitario dei bambini, ma al contrario lo “allenano”, favorendo la protezione anche da altre patologie. Inoltre alcune malattie, come quella pneumococcica o la varicella, possono predisporre l’organismo a successive infezioni da parte di altri agenti.
per il Thimerosal, un composto utilizzato come conservante per vaccini, è stata ipotizzata una presunta correlazione con casi di autismo, mai confermata da numerosi studi scientifici. Nell’Unione Europea e negli Stati Uniti il suo utilizzo è stato progressivamente eliminato nei vaccini ad uso pediatrico (eccetto in quello per l’influenza) per ridurre l’assunzione di mercurio nei bambini. Azione prevalentemente precauzionale, in quanto il mercurio era presente in forma (etilmercurio) e concentrazione tali da non rappresentare un potenziale pericolo per la salute.
altri componenti presenti nei vaccini (alluminio, formaldeide, gelatine), circa i quali sono state diffuse molte informazioni scorrette, sono invece del tutto sicuri, almeno alle dosi somministrate.
il mese scorso si è verificato un importante focolaio di morbillo nella contea inglese Merseyside, con più di un centinaio di casi confermati; di questi, 28 hanno richiesto un trattamento ospedaliero, tre (due adulti ed un bambino) in condizioni molto gravi.

Ovviamente anche i vaccini possono avere effetti collaterali⁷ , in alcuni (rarissimi) casi anche gravi, ma sono ben noti in letteratura, e nella maggior parte dei casi legati a patologie già presenti nel soggetto o a particolari situazioni contingenti (gravidanze, deficit immunitari, allergie).

Perchè si associano i vaccini all’autismo?

Alcune vaccinazioni vengono somministrate nella fascia d’età in cui i bambini cominciano ad interagire in modo attivo con le persone ed il mondo, che coincide spesso col il momento in cui i genitori cominciano a riconoscere i primi sintomi di un disturbo del comportamento. È probabilmente questa coincidenza a suggerire che ci possa essere una correlazione tra la vaccinazione e l’insorgenza di una patologia neurologica come l’autismo.

Per questi motivi è meglio che i genitori si rivolgano sempre al medico per qualunque informazione in merito a vaccini (e salute in generale, omeopatia inclusa), dubitando di tutto quello che si sente dire in giro o si legge in internet.

Compreso questo post, ovviamente :-)

Wakefield, A., Murch, S., Anthony, A., Linnell, J., Casson, D., Malik, M., Berelowitz, M., Dhillon, A., Thomson, M., Harvey, P., Valentine, A., Davies, S., & Walker-Smith, J. (1998). RETRACTED: Ileal-lymphoid-nodular hyperplasia, non-specific colitis, and pervasive developmental disorder in children The Lancet, 351 (9103), 637-641 DOI: 10.1016/S0140-6736(97)11096-0 ^
Madsen, K., Hviid, A., Vestergaard, M., Schendel, D., Wohlfahrt, J., Thorsen, P., Olsen, J., & Melbye, M. (2002). A Population-Based Study of Measles, Mumps, and Rubella Vaccination and Autism New England Journal of Medicine, 347 (19), 1477-1482 DOI: 10.1056/NEJMoa021134 ^
Hornig M, Briese T, Buie T, Bauman ML, Lauwers G, Siemetzki U, Hummel K, Rota PA, Bellini WJ, O’Leary JJ, Sheils O, Alden E, Pickering L, & Lipkin WI (2008). Lack of association between measles virus vaccine and autism with enteropathy: a case-control study. PloS one, 3 (9) PMID: 18769550 ^
Richler, J., Luyster, R., Risi, S., Hsu, W., Dawson, G., Bernier, R., Dunn, M., Hepburn, S., Hyman, S., McMahon, W., Goudie-Nice, J., Minshew, N., Rogers, S., Sigman, M., Spence, M., Goldberg, W., Tager-Flusberg, H., Volkmar, F., & Lord, C. (2006). Is There a ‘Regressive Phenotype’ of Autism Spectrum Disorder Associated with the Measles-Mumps-Rubella Vaccine? A CPEA Study Journal of Autism and Developmental Disorders, 36 (3), 299-316 DOI: 10.1007/s10803-005-0070-1 ^
Fombonne, E., Zakarian, R., Bennett, A., Meng, L., & McLean-Heywood, D. (2006). Pervasive Developmental Disorders in Montreal, Quebec, Canada: Prevalence and Links With Immunizations PEDIATRICS, 118 (1) DOI: 10.1542/peds.2005-2993 ^
Godlee F, Smith J, & Marcovitch H (2011). Wakefield’s article linking MMR vaccine and autism was fraudulent. BMJ (Clinical research ed.), 342 PMID: 21209060 ^
CDC ^

Dinosauri, meteoriti ed omochiralità

Fri, 13 Apr 2012 13:18:50 +0100

Bistecche di dinosauro

Solo un numero limitato di studi scientifici riesce ad ottenere una visibilità sui media e raggiungere un pubblico più ampio di quello accademico. Uno dei modi per far sì che il contenuto di un articolo scientifico sia appetibile per un lettore qualsiasi è quello di sfruttarlo come punto di partenza per il racconto di una storia o di un fatto che generi curiosità. E talvolta sono proprio gli scienziati stessi che “suggeriscono” ai giornalisti le giuste chiavi di lettura per scrivere un pezzo, in alcuni casi per tutelare il rigore del proprio lavoro, in altri per farsi solo un po’ di pubblicità. Un esempio recente è quello di uno studio pubblicato su JACS ¹ dal titolo “Prove a favore della probabile origine dell’omochiralità in amminoacidi, zuccheri e nucleosidi sul pianeta Terra prebiotico”, scritto da Ronald Breslow. Ad una prima occhiata, ben pochi al di fuori di un ristretto gruppo di specialisti troverebbero interessante un articolo sull’origine dell’omochiralità delle molecole della vita. Tuttavia alcune delle conclusioni in esso presenti sono finite sul quotidiano britannico Daily Mail.

Come è stato possibile? Grazie ai Dinosauri.

Piccola premessa. Un oggetto è detto chirale quando non è sovrapponibile alla sua immagine speculare. L’esempio più comune è quello della mano. Nel caso delle molecole di interesse biochimico, le due entità molecolari (chiamate enantiomeri) sono identificate con le lettere D (right-handed) ed L (left-handed).

Nella maggior parte dei casi gli organismi producono o metabolizzano solo uno degli enantiomeri della coppia. La quasi totalità delle proteine ad esempio è sintetizzata a partire da amminoacidi L, la maggior parte degli zuccheri sono molecole D. Questa prevalenza di un enantiomero sull’altro è definita omochiralità.

L’articolo di Breslow valuta le prove a favore dell’ipotesi che essa sia stata causata dalla tipologia di amminoacidi presenti in alcune classi di meteoriti, che avrebbero quindi costituito il requisiti per la nascita delle specie viventi sulla Terra primordiale. L’analisi chimica di alcune meteoriti ha infatti riscontrato la presenza di numerose specie amminoacidiche, alcune delle quali in proporzioni identiche di forme L e D, altre con lieve prevalenza della forma L. Queste ultime avrebbero in qualche modo influenzato la predominanza di una forma sull’altra sulla Terra.

L’autore conclude l’articolo con un’affermazione abbastanza curiosa:

Un’implicazione di questo lavoro è che da qualche parte nell’universo potrebbero esserci forme di vita basate su amminoacidi D e zuccheri L, forme determinate dal senso della luce polarizzata circolare in quel settore dell’universo o da qualunque altro processo che ha operato a favore degli amminoacidi L(-α-methyl) nelle meteoriti cadute sulla Terra. Queste forme di vita potrebbero benissimo essere delle versioni evolute dei dinosauri, ammesso che i mammiferi non abbiano avuto la gran fortuna di averli visti sterminare da una collisione con un asteroide come accaduto sulla Terra. Faremmo meglio a non incontrarli.

Se l’ipotesi di una vita a chiralità diverse da quelle che caratterizzano le nostre molecole è plausibile, ci si chiede in base a quale passaggio logico Breslow (chimico che gode di ottima reputazione) sia arrivato a citare proprio i dinosauri (anche se in versione evoluta), possibilità che tra l’altro non ha basi solide neppure dal punto di vista evoluzionistico.

Il problema è che di tutto ciò che di interessante è scritto nell’articolo, nella press release diffusa da JACS viene posta una “leggera” enfasi proprio sul riferimento ai dinosauri (vedi immagine sotto).

Da qui a raggiungere le pagine del Daily mail, in forma di un (pessimo) post corredato da una sobria immagine di un dinosauro delle dimensioni di 634×769 pixel il passo è stato breve.

A parte l’aspetto umoristico della vicenda, l’articolo non è male e merita una lettura.

P.S. lo sapevate che l’intervallo di tempo che separa la nostra presenza sulla Terra da quella del Tyrannosaurus Rex è minore di quella che lo separa dallo Stegosauro?

Breslow, R. (2012). Evidence for the Likely Origin of Homochirality in Amino Acids, Sugars, and Nucleosides on Prebiotic Earth Journal of the American Chemical Society, 134 (16), 6887-6892 DOI: 10.1021/ja3012897 ^

Una piccola dose di tossicologia

Fri, 30 Mar 2012 13:10:20 +0100

A small dose of toxicology

A Small Dose of Toxicology è un testo introduttivo di tossicologia nel quale l’autore Steven Gilbert esamina quali sono gli effetti sulla salute derivanti dalla esposizione ad agenti chimici di uso comune. Ricordo di aver letto alcuni capitoli della prima edizione (cartacea) in biblioteca qualche anno fa e di averli trovati utili ed interessanti, oltre che accessibili ad un pubblico di non specialisti.

Grazie a questo post su Download The Universe ho appena scoperto che la seconda edizione del testo è disponibile gratuitamente in diversi formati (web, pdf, epub, mobi). Se vi è piaciuto il libro potete comunque ringraziare l’autore con una donazione alla casa editrice od alla organizzazione no profit che lui stesso ha istituito con l’obiettivo di accrescere la conoscenza sui rischi legati composti chimici a cui siamo costantemente esposti, inclusi alcol, caffeina e nicotina.

Dategli un’occhiata, anche solo per imparare alcuni dei principi essenziali di tossicologia che possono aiutarvi sia a migliorare la qualità della vostra vita che ad acquisire un certo senso critico di fronte a notizie relative ad ambiente e medicina.

Le migliori strategie per manipolare la scienza (parte 1)

Mon, 12 Mar 2012 11:09:15 +0100

Heads They Win, Tails We Lose

“Erin Brokovich”, “A Civil Action”, “Thank You for Smoking”. Chiunque abbia visto almeno uno di questi film si sarà fatto un’idea di quali possano essere le tattiche (più o meno legali) utilizzate dalle grandi società o lobby per difendere i propri interessi, quando questi vengono minacciati da evidenze o motivazioni scientifiche. In un recente report pubblicato dalla Union of Concerned Scientists, intitolato “Heads They Win, Tails We Lose ” (Testa vincono loro, Croce perdiamo noi), vengono descritti (con numerosi esempi reali) i cinque approcci comunemente utilizzati dalle aziende per influenzare in modo subdolo l’opinione pubblica e le decisioni di organi politici in relazione a temi scientifici. Sebbene il report faccia riferimento al contesto statunitense, non è difficile riconoscere delle somiglianze con alcune vicende verificatesi nel resto del mondo, spesso anche in Italia.

Considerata la lunghezza del post, ho pensato di pubblicarlo in due parti. Il consiglio è quello di leggere l’intero report, nel quale viene inoltre dedicato molto spazio alla presentazione dei progressi fatti dall’amministrazione Obama ed all’identificazione di cinque settori tuttora a rischio nell’ambito di un maggior rigore scientifico e trasparenza nella condotta delle agenzie governative.

1. Corrompere la scienza

Quando i risultati di studi scientifici indipendenti vanno contro gli interessi di grandi aziende, queste ultime utilizzano diverse strategie di difesa:

1.1 Pagando dei ghost writer non riconducibili alla compagnia per scrivere articoli scientifici che ne mettano in discussione o in dubbio i risultati, spesso attraverso manipolazione o falsificazione dei dati

Il Tobacco Institute ha fondato nel 1960 la rivista fittizia “Reports on Tobacco and Health Research” per diffondere nel pubblico un senso di incertezza circa il legame tra fumo e cancro ai polmoni. La pubblicazione, distribuita a medici, scienziati, e media, includeva articoli come “Cancer Personality Pattern Is Reported to Begin in Childhood”, “Lung Specialist Cites 28 Reasons for Doubting Cigarette-Cancer Link”, “Inhalation Tests Fail to Cause Lung Cancer; Virus Suggested”. Nel 2003, la Merck ha replicato questa strategia, creando il periodico “Australian Journal of Bone and Joint Medicine”, i cui articoli erano a favore dei prodotti Merck, e distribuendolo a 20.000 medici.

1.2 Bloccando gli studi da esse sponsorizzati o evitando di divulgarne i risultati

La compagnia farmaceutica Boots ha commissionato alla Dr.ssa Betty Dong, una scienziata dell’Università della California (San Francisco), uno studio per testare gli effetti del suo farmaco Synthroid, un sostituto dell’ormone tiroideo. Boots sperava di dimostrare che nonostante il suo prezzo elevato, il Synthroid si era rivelato più efficace degli analoghi farmaci della concorrenza. La società ha attentamente monitorato la ricerca, e quando Dong ha scoperto che il farmaco non era migliore dei farmaci concorrenti, le ha vietato di pubblicare i risultati. Di fronte al rifiuto della scienziata, la Boots ha minacciato una querela. La società ha ceduto solo dopo diversi anni, durante i quali i consumatori hanno continuato a pagare per il prodotto costoso.

1.3 Selezionando i risultati da pubblicare, dando maggior rilievo a quelli favorevoli

Una review ha riscontrato una distorsione sistematica nella pubblicazione di articoli relativi a 50 farmaci o dispositivi medici utilizzati per il trattamento di 40 condizioni mediche. Ad esempio, di 74 test su antidepressivi, tutti i 38 che presentavano risultati positivi sono stati pubblicati, mentre 22 dei 36 test con risultati dubbi o negativi non sono stati pubblicati.

1.4 Minacciando gli scienziati con declassamenti, licenziamenti o cause legali

Nel luglio 2010, un comitato consultivo della FDA ha raccomandato un richiamo del farmaco Avandia, usato per trattare il diabete di tipo 2, ed imposto severe restrizioni sulla sua disponibilità. Sebbene questo fosse l’ultimo episodio di una serie di valutazioni della sicurezza del farmaco da parte della FDA, la GlaxoSmithKline, il produttore, era da molto tempo prima già a conoscenza dei suoi potenziali effetti collaterali. Nel 2000, il Dr. John Buse (University of North Carolina) riscontrò un alto rischio di malattie cardiache nei pazienti trattati con Avandia, e pubblicò le sue scoperte. In risposta, come sostenuto dal dottor Buse, un rappresentante della società contattatò il suo capo, accusandolo di mentire e minacciandolo di fargli causa per una perdita di 4 miliardi di dollari della valutazione azionaria della società.

1.5 Manipolando disegni e protocolli sperimentali

Un analista ha rilevato che gli studi finanziati da aziende private hanno una probabilità 88 volte maggiore di non riscontrare effetti sulla salute legati al fumo passivo rispetto a quelli indipendenti.

Per contrastare una ricerca in cui si dimostrava come la formaldeide causasse il cancro nei topi, un’azienda produttice della sostanza commissionò uno studio proprio. In tale studio, che non ha rilevato alcuna associazione tra formaldeide e cancro, il numero di topi utilizzati è stato un terzo di quello dello studio originale, ed il tempo di esposizione ridotto della metà. Un’associazione di produttori di formaldeide si affrettò a pubblicizzare i risultati, in base ai quali fu in grado di sostenere, di fronte ad una commissione (Consumer Product Safety Commission), che non si verificano effetti cronici sulla salute per esposizione cronica ai livelli di sostanza usualmente riscontrati nelle abitazioni.

Un team di marketing della società farmaceutica Merck ha svolto un ruolo diretto negli studi clinici di rofecoxib, un farmaco contro l’artrite commercialmente noto come Vioxx. Documenti interni hanno rivelato come il team avesse sviluppato una strategia chiamata ADVANTAGE (Assessment of Differences between Vioxx and Naproxen to Ascertain Gastrointestinal Tolerability and Effectiveness) per accentuare gli effetti positivi del farmaco, in modo da aumentare la probabilità di approvazione da parte della FDA. Nell’ambito della strategia ADVANTAGE, gli scienziati hanno manipolato il disegno sperimentale confrontando il farmaco con il Naprossene, un antidolorifico commercializzato come Aleve, invece che con un placebo. Gli scienziati hanno quindi concluso, erroneamente, che il naprossene diminuisse il rischio di infarto dell'80%, ignorando gli studi che non avevano in precedenza riscontrato significativi benefici cardiovascolari. Al contrario si è scoperto in seguito come il Vioxx aumentasse significativamente il rischio cardiovascolare, costringendo la Merck a ritirare il prodotto dal mercato nel 2004. I pazienti che avevano assunto il Vioxx hanno riscontrato complicazioni anche sette anni dopo la sospensione dell’uso del farmaco.

Sia l’ingestione che l’inalazione di cromo esavalente sono stati correlati a gravi problemi di salute, e la sostanza a diverse tipologie di cancro. Nonsotante ciò, dal 1993 ad oggi, i funzionari dell’industria del cromo si sono opposti ad una regolamentazione del composto da parte dell’EPA e della sicurezza e la Occupational Safety and Health Administration (OSHA). Nel 2003, uno studio finanziato dall’industria del cromo, condotto utilizzando un numero di campioni limitato ed adottando manipolazioni statistiche, ha sminuito la correlazione tra cromo esavalente e cancro, ed è stato usato per influenzare le regolamentazioni.

2. Plasmare la percezione pubblica

Grazie al supporto di team di pubbliche relazioni, le grandi società sono in grado di influenzare pesantemente l’opinione pubblica:

2.1 Minimizzando le evidenze sperimentali, suscitando dubbi sull’esistenza del consenso scientifico su un determinato tema, spesso pubblicizzando le idee di fantomatici “esperti” o di scienziati di fama ma non del settore in questione

In risposta alle prove che il fumo di sigaretta aumenta il rischio di cancro ai polmoni, R.J. Reynolds ha affermato che “gli studi statistici non possono dimostrare una relazione di causa-effetto tra due fattori”, “i topi non sono uomini” e “non esiste alcuna evidenza sperimentale che mostri come le sostanze presenti nel fumo siano cancerogene per il tessuto polmonare umano ai livelli caratteristici di una sigaretta”.

Altre importanti compagnie petrolifere si sono unite ad ExxonMobil e l’American Petroleum Institute, un’associazione di categoria, per formare la Global Climate Coalition e il Global Climate Science Team. Questi gruppi hanno gonfiato le incertezze che circondavano il dibattito sulle scienze del clima che ha preceduto le negoziazioni sul Protocollo di Kyoto nel 1998. Il Global Climate Science Team ha sviluppato un piano di comunicazione a supporto degli sforzi per impedire agli Stati Uniti di aderire ad un accordo a Kyoto. Il piano dice che “facendo capire (riconoscere) al cittadino medio le incertezze della scienza del clima”, le aziende potrebbero “minare la ‘predominante saggezza scientifica’” sui cambiamenti climatici.

In un ormai tristemente famoso memorandum, un dirigente del tabacco ha scritto nel 1969 che “Il dubbio è il nostro prodotto, dal momento che è il modo migliore per competere con il ‘corpo di fatto’ che esiste nella mente del pubblico”.

L’industria del piombo ha sistematicamente minimizzato i rapporti scientifici che dimostrano come l’esposizione al piombo abbia effetti gravi per la salute, in special modo nei bambini. e negato che le emissioni di piombo pongano rischi per la salute pubblica. In risposta agli studi che dimostrano come i bambini esposti al piombo abbiano problemi di sviluppo, una società di pubbliche relazioni ha sostenuto che i bambini avvelenati sono stati “sub-normal to begin with”.

Aziende produttrici di tabacco hanno sfruttato per lungo tempo dei comitati scientifici consultivi creati dalla stessa industria per confondere i risultati delle ricerche. Questi comitati dovevano apparire imparziali quando, in realtà, erano monitorati e controllati dalle stesse aziende.

La ExxonMobil ha selezionato cinque scienziati per fornire informazioni ai media, e “20 rispettabili scienziati del clima per far parte del comitato scientifico”, per conferire credibilità al Global Climate Science Team, che ha sostenuto e dato peso alle incertezze della scienza del clima nel corso dei negoziati sul Protocollo di Kyoto. Il George C. Marshall Institute, un think-tank finanziato quasi esclusivamente da compagnie petrolifere e del gas e da altre società, ha commissionato a due scienziati del Global Climate Science Team, Willie Soon e Sallie Baliunas, di scrivere un articolo sugli effetti delle macchie solari sul riscaldamento globale, una teoria che è stata più volte smentita. I due hanno anche pubblicato un articolo in una rivista peer-reviewed sostenendo che il ventesimo non è stato il secolo più caldo degli ultimi mille anni, e che nessun riscaldamento si è verificato in quel periodo. ExxonMobil, gruppi di facciata, e persino i funzionari eletti hanno fatto riferimento a questi articoli quando si sono opposti al Protocollo di Kyoto e ad altre politiche sui cambiamenti climatici.

2.2 Attaccando pubblicamente gli scienziati con false accuse sulla loro condotta e sulla loro integrità personale

Gli scienziati del clima sono diventati i più recenti obiettivi pubblici di alto profilo. Dopo aver partecipato all’Intergovernmental Panel on Climate Change (IPCC), il Dr. Benjamin Santer, un esperto di modelli climatici, è stato oggetto di critiche feroci da parte di gruppi finanziati dall’industria del petrolio, in quanto accusato di aver sovrastimato gli effetti dei cambiamenti climatici. Sander è stato molto colpito dagli attacchi: “Non ero pronto a difendere la mia integrità personale. Non avrei mai immaginato che avrei dovuto farlo”. Più di 14 anni più tardi, Santer riceve ancora lettere di odio da negazionisti del riscaldamento globale.

Il Dr. Ingacio Chapela della University of California-Berkeley e lo studente David Quist hanno pubblicato un articolo su Nature che dimostra come il DNA di mais geneticamente modificato abbia contaminato il mais nativo messicano. La ricerca ha suscitato una reazione immediata. Nature ha ricevuto un gran numero di lettere al direttore, tra cui alcuni commenti su Internet firmati da “Mary Murphy” e “Andura Smetacek” che accusano gli scienziati di avere un’opinione non obiettiva. Questa reazione ha costretto Nature a pubblicare un editoriale in cui si concorda sul fatto che lo studio non avrebbe dovuto essere pubblicato. Tuttavia, i ricercatori hanno in seguito scoperto che i commenti di Murphy e Smetacek provenivano dal The Bivings Group, una società di pubbliche relazioni specializzata in comunicazione online che aveva lavorato per la Monsanto. Mary Murphy e Smetacek Andura sono risultati essere nomi di fantasia.

2.3 Sfruttando l’attività di gruppi od organizzazioni solo in apparenza di carattere “indipendente”

Il Center for Consumer Freedom è un’associazione senza scopo di lucro che ha come bersaglio le linee guida dietetiche raccomandate dalla FDA e da altre agenzie governative, associazioni mediche, organizzazioni per la difesa dei diritti dei dei consumatori. Il centro ha pubblicato degli annunci e gestisce un sito web in cui le agenzie governative vengono accusate di un’eccessiva regolamentazione, e ha pubblicato articoli in cui affermano di confutare le prove che l’elevata assunzione alimentare di sale ed altre linee guida dietetiche siano sostenute da solide basi scientifiche. Il centro è stato fondato con un finanziamento di 600000 dollari dalla Philip Morris, ma ne ha ricevuti altri da Cargill, National Steak and Poultry, Monsanto, Coca-Cola e Sutter Home Winery.

Nel 2003, l’American Academy of Pediatric Dentistry ha accettato una donazione di un milione di dollari dalla Coca-Cola. Quell’anno, il gruppo ha affermato che “non esistono chiare prove scientifiche circa il ruolo esatto che le bevande analcoliche svolgono nelle malattie del cavo orale dei bambini.” La dichiarazione sosteneva una posizione esattamente contraria a quella precedente, secondo cui “il consumo di zuccheri in qualsiasi bevanda può essere un significativo fattore. che contribuisce all’insorgenza ed alla progressione della carie dentale”.

2.4 Influenzando i media con informazioni tendenziose o false

Nel 1990, la Philip Morris richiese alla società di pubbliche relazioni Burson-Marsteller di scrivere degli articoli, da presentare ai principali media, in cui si dovevano criticare le stime dell’EPA sulla cancerogenicità del fumo passivo. Forbes ha pubblicato un articolo molto critico nei confronti dell’EPA, accusando l’ente di sprecare il denaro dei contribuenti. Come compenso, la Philip Morris ha pagato la Burson-Marsteller con 7,731,000 milioni di dollari.

Il resto nella seconda parte del post.

Biografie essenziali di scienziati

Sat, 18 Feb 2012 14:11:51 +0100

Traendo ispirazione da quelle (ottime) di Peppe , Tommaso e Popinga , ho pensato ad un paio di biografie essenziali di scienziati:

Benoît (Benoît (Benoît B. Mandelbrot è diventato celebre per i suoi studi sulla geometria frattale) Mandelbrot è diventato celebre per i suoi studi sulla geometria frattale) Mandelbrot è diventato celebre per i suoi studi sulla geometria frattale.

Paracelso è stato un grande medico ed alchimista del Rinascimento, seppur anche un uomo di un’arroganza letale. Ma non se preso a piccole dosi.

Il problema del bombo viaggiatore

Mon, 13 Feb 2012 12:23:31 +0100

Insetti davvero interessanti i bombi. La loro attività di impollinatori li rende un elemento indispensabile per ecosistemi naturali ed agricoltura, e per lungo tempo la loro capacità di volare è stata considerata un mistero dell’aerodinamica , a causa delle (apparentemente) insufficienti ampiezza e frequenza di battito delle ali¹ . Più recentemente, uno studio² realizzato da ricercatori del Queen Mary College di Londra ha evidenziato come i bombi siano in grado di identificare il percorso più breve che unisce i fiori disposti secondo un certo schema, anche quando li raggiungono partendo da un diverso punto iniziale. In altre parole riescono a risolvere quello che viene definito il Problema del commesso viaggiatore (Travelman Sales Problem, TSP), in cui si ricerca il tragitto più breve possibile che consente di visitare tutte le città di una rete, passando una sola volta per ciascuna di esse. Gli algoritmi matematici risolvono il problema calcolando e confrontando tutti i possibili cammini, operazione lunga ed onerosa dal punto di vista computazionale; nel 2001 la risoluzione del TSP applicato a 15112 città tedesche ha richiesto l’equivalente di 22.6 anni di computer time (500 MHz).

Per il cervello dei bombi, delle dimensioni di una capocchia di spillo, sembrerebbe quindi un problema impossibile da affrontare. Nella ricerca di risorse distribuite in modo casuale, la maggior parte degli animali utilizza l’approccio più semplice, seguendo percorsi (sub-)ottimali muovendosi verso i punti più vicini non ancora visitati. I bombi viceversa adottano, nei loro voli di impollinazione, una strategia più elaborata.

Per studiarla, i ricercatori hanno costruito un’apparato sperimentale contenente sei fiori artificiali, disposti in modo che i movimenti verso il successivo più vicino conducessero i bombi a seguire un percorso non ottimale.

Percorsi a confronto

Nel corso degli 80 tentativi, migliorando la conoscenza della disposizione dei fiori, gli insetti hanno ridotto progressivamente la distanza volata. E, aspetto ancora più sorprendente, non hanno quasi mai adottato la strategia di seguire il fiore più vicino a quello appena visitato, privilegiando cammini alla lunga più vantaggiosi dal punto di vista del consumo energetico.

Confronto dei tentativi

La conclusione dello studio è che i bombi sono in grado di risolvere complessi problemi di routing basandosi sull’esperienza precedente e non su una sofisticata rappresentazione cognitiva dello spazio.

Questo è il codice R per ottenere i percorsi mediante l’algoritmo 2-opt ed i grafici corrispondenti (con ggplot2):

library(TSP)
library(ggplot2)
bumblebee <- data.frame(c(310,130,30,310,620,680,440),c(220,220,850,600,620,70,200))
names(bumblebee) <- c("x","y")
attach(bumblebee)
bumblebeeDistancematrix <- dist(bumblebee)
bumblebeeDistancematrix.tsp <- TSP(bumblebeeDistancematrix)
# calculate shortest path with 2-opt method
bumblebeeDistancematrix.path <- solve_TSP(bumblebeeDistancematrix.tsp, method="2-opt", control=list(tour=c(1,2,3,4,5,6,7)))
bumblebeeDistancematrix.tour <- as.vector(bumblebeeDistancematrix.path)
# lenght of the tour
as.integer(bumblebeeDistancematrix.tour)
bumblebeeN <- data.frame(bumblebee[as.integer(bumblebeeDistancematrix.tour),], ID=c(1:6,"N"))
base_size <- 9
# shortest path graph
p <- ggplot(bumblebee[as.integer(bumblebeeDistancematrix.tour),], aes(x,y))
p + geom_path() + geom_segment(aes(xend=310, x=440,yend=220, y=200), arrow=arrow(length = unit(0.25, "cm"))) + geom_point(aes(x+25,y+35, shape=bumblebeeN$ID), size=3) + scale_shape_manual(values = as.character(bumblebeeN$ID)) + opts(legend.position = "none", axis.ticks = theme_blank(), axis.text.x = theme_blank(), axis.text.y = theme_blank(), plot.title = theme_blank()) + xlab("") + ylab("")
# longest path
bumblebeeDistancematrix.long.tour <- c(1,2,4,5,6,3,7)
bumblebeeL <- data.frame(bumblebee[as.integer(bumblebeeDistancematrix.long.tour),], ID=c(1,2,4,5,6,3,"N"))
# longest path graph
g <- ggplot(bumblebee[as.integer(bumblebeeDistancematrix.long.tour),], aes(x,y))
g + geom_path() + geom_segment(aes(xend=310, x=440,yend=220, y=200), arrow=arrow(length = unit(0.25, "cm"))) + geom_point(aes(x+25,y+35, shape=as.character(c(1,2,3,4,5,6,"N"))), size=3) + scale_shape_manual(values = as.character(c(1,2,4,5,6,3,"N"))) + opts(legend.position = "none", axis.ticks = theme_blank(), axis.text.x = theme_blank(), axis.text.y = theme_blank(), plot.title = theme_blank()) + xlab("") + ylab("")

Il pacchetto TSP mette a disposizione diversi algoritmi per l’identificazione dei percorsi ottimali, utilizzabili specificandone il nome nella funzione solve_TSP. È disponibile inoltre un’interfaccia per l’integrazione con Concorde (da installare separatamente), il software più veloce per la soluzione di TSP.

Jane Wang, Z. (2000). Two Dimensional Mechanism for Insect Hovering Physical Review Letters, 85 (10), 2216-2219 DOI: 10.1103/PhysRevLett.85.2216 ^
Lihoreau M, Chittka L, Le Comber SC, & Raine NE (2012). Bees do not use nearest-neighbour rules for optimization of multi-location routes. Biology letters, 8 (1), 13-6 PMID: 21849311 ^

Chiedi al climatologo

Wed, 01 Feb 2012 14:47:34 +0100

Consulti il dentista per avere un parere sulle condizioni del tuo cuore?

Così inizia una lettera inviata al Wall Street Journal da alcuni climatologi in risposta ad un articolo pubblicato a fine gennaio intitolato “No Need to Panic About Global Warming”, nel quale l’autore afferma come non esistano incontrovertibili prove scientifiche che giustifichino delle azioni drastiche per diminuire le emissioni di anidride carbonica.

L’articolo prende spunto dalle recenti dimissioni del premio Nobel per la fisica Ivar Giaever dalla American Physical Society, motivate dal dissenso nei confronti della seguente dichiarazione rilasciata dalla società:

Le prove sono incontrovertibili. Il riscaldamento globale sta avvenendo. Se non saranno intraprese azioni mitigatrici, è verosimile i sistemi fisici ed ecologici della Terra, il sistema sociale, la sicurezza e la salute umana subiranno danni significativi.

Secondo il giornalista, un crescente numero di scienziati, alcuni di altissimo livello, condivide la posizione di Giaever, tanto da ([nota mia] avere il “coraggio” di) co-firmare l’articolo. L’ovvia obiezione addotta dai climatologi è che sebbene questi scienziati abbiano raggiunto traguardi notevoli nei loro settori (ingegneria, biochimica, fisica (anche Zichichi), addirittura un astronauta!), non sono certamente degli esperti nelle scienze climatiche. E quelli che dovrebbero esserlo in quanto studiosi del campo, purtroppo sono famosi per le loro idee estreme e contrarie alle conoscenze condivise dalla maggioranza dei climatologi, quindi di attendibilità quantomeno discutibile.

L’articolo continua con la considerazione che negli ultimi dieci anni non ci sia stato nessun riscaldamento, “fatto” supportato da alcune frasi presenti nelle e-mail del (presunto) Climategate , e che l’aumento citato dai climatologi sia inferiore a quello previsto dai modelli.

Purtroppo i dati dicono il contrario. Il trend di riscaldamento globale a lungo termine è di continua crescita, tanto che l’ultimo decennio è stato il più caldo da quando le temperature atmosferiche vengono registrate. Nella classifica degli anni più caldi, ben dieci si sono verificati dopo il 2000.

Inoltre durante i periodi in cui sembra che ci sia un aumento minore delle temperature superficiali, il riscaldamento avviene da qualche altra parte del sistema climatico, tipicamente l’oceano profondo.

Un esempio visuale abbastanza eloquente è fornito da questo video del Goddard Institute for Space Studies della NASA, in cui vengono rappresentate le temperature globali medie superficiali dal 1880 al 2011:

Per quanto riguarda le affermazioni presenti nelle e-mail del CRU, è stato ampiamente dimostrato come il loro contenuto sia stato estrapolato dal contesto in modo da far apparire fraudolento il comportamento di alcuni scienziati. Che una testata autorevole come il WSJ (seppur palesemente di parte) non abbia argomentazioni più solide di un finto scandalo su cui basare un articolo di certo non fa onore al suo nome.

Davvero niente male anche il passo successivo (un altro grande classico degli scettici sul global warming), in cui il giornalista fornisce qualche informazione sull’anidride carbonica.

Il fatto è che la CO2 non è un inquinante. È un gas incolore ed inodore, esalato in alte concentrazioni da ognuno di noi, un componente chiave del ciclo della vita.

Il concetto di inquinante è relativo, non assoluto. Anche l’anidiride carbonica può esserlo, sia in ambito climatico in quanto “gas serra” (anche se il termine non è propriamente corretto), sia come causa di intossicazione in ambienti chiusi per l’uso scorretto di impianti termici o durante immersioni subacquee. Però è incolore ed inodore, che fastidio può dare?

Le piante sono più attive con alti livelli di CO2 che spesso gli operatori delle serre aumentano le concentrazioni di fattori tre o quattro per aumentare la crescita.

Vero, ma lo fanno in serra (e non tutte le specie, alcune sono inibite da concentrazioni troppo elevate), dove altri fattori come temperatura ed umidità sono controllati. Inoltre il riscaldamento atmosferico, conseguenza dei maggiori livelli di CO2, aumenta la richiesta d’acqua delle piante, oltre ad ampliare la superficie delle zone desertiche e quindi non coltivabili. Il discorso è in realtà molto più complesso, i fattori influenzati dalla concentrazione di CO2 sono numerosi e gli effetti a lungo termine difficilmente prevedibili, anche se quelli negativi sembrano essere molto più ampi di quelli positivi, anche dal punto di vista economico.

Purtroppo articoli di questo tipo se ne leggono fin troppi, sia quando sono scritti con obiettivo dichiaratamente politico (come questo), sia per scarse conoscenze del giornalista sul tema, come un recente articolo pubblicato su Il Corriere della Sera. L’aspetto positivo è che in entrambi i casi gli esperti sul clima sono intervenuti direttamente per controbattere falsità, accuse ed inesattezze.

Ricordando così ai lettori che non sempre quello che leggono corrisponde alla verità dei fatti, e che bisogna sempre ascoltare la voce degli esperti di quello specifico settore. L’integrità delle nostre conoscenze ed opinioni non è meno preziosa di quella del nostro cuore (l’organo). Così come non ci rivolgiamo al dentista per un elettrocardiogramma, così non dobbiamo farci convincere che il riscaldamento globale non esista (o che l’uomo non contribuisca in modo determinante ad esso) solo perchè uno scienziato non esperto in climatologia ci dice il contrario.

Se non sapete dove trovare delle fonti affidabili, questi siti sono un ottimo inizio:

Il prezzo della conoscenza per Elsevier

Fri, 27 Jan 2012 17:48:10 +0100

A quanto pare molti accademici hanno dichiarato guerra ad Elsevier , il maggior editore mondiale in ambito scientifico. Le motivazioni principali, ben espresse in questo post scritto dal matematico Tim Gowers (vincitore della Medaglia Fields ), sono riassumibili in tre punti:

l’elevato prezzo delle pubblicazioni, molto superiore alla media
la politica del “bundling”, in base alla quale una biblioteca o un’istituzione non può scegliere le riviste singolarmente me è obbligata ad acquistarle all’interno di “pacchetti” che includono molte altre pubblicazioni di scarso o nullo interesse (in senso relativo, a parte qualche eccezione ), ad un costo spesso non sostenibile
il supporto alle proposte di legge SOPA , PIPA e Research Works Act

Per invitare Elsevier a rivalutare le sue politiche editoriali è stato istituito un sito, The Cost of Knowledge , sul quale gli accademici possono dichiarare la loro intenzione di non pubblicare, di non fare da referee e/o non eseguire del lavoro editoriale per le riviste gestite dall’azienda. Finora i firmatari sono ~~713~~ ~~1118~~ ~~1397~~ ~~3077~~ 6716.

Come osservato da John Baez in questo post , Elsevier non è l’unico editore che adotta delle strategie per mantenere elevato il costo della conoscenza e combattere l’open access. Per fortuna quest’ultimo gode di ottima salute, testimoniata dal successo di siti come PLOS , PubMed Central e arXiv .

Moratoria di 60 giorni sulle ricerche sui ceppi mutati del virus H5N1

Sat, 21 Jan 2012 10:39:44 +0100

Come era prevedibile, gli autori dei due studi sui ceppi mutati del virus dell’influenza aviaria H5N1 hanno aderito alla proposta di una moratoria temporanea degli esperimenti. Come illustrato in un comunicato¹ co-firmato da altri 36 ricercatori del settore, si ritiene che un forum internazionale sia la circostanza più adatta per una discussione sui benefici di questo tipo di ricerche e sulle misure necessarie per garantire che vengano condotte in assoluta sicurezza.

We recognize that we and the rest of the scientific community need to clearly explain the benefits of this important research and the measures taken to minimize its possible risks. We propose to do so in an international forum in which the scientific community comes together to discuss and debate these issues.

We realize that organizations and governments around the world need time to find the best solutions for opportunities and challenges that stem from the work. To provide time for these discussions, we have agreed on a voluntary pause of 60 days on any research involving highly pathogenic avian influenza H5N1 viruses leading to the generation of viruses that are more transmissible in mammals.

In addition, no experiments with live H5N1 or H5 HA reassortant viruses already shown to be transmissible in ferrets will be conducted during this time. We will continue to assess the transmissibility of H5N1 influenza viruses that emerge in nature and pose a continuing threat to human health.

Resta ora da vedere se saranno sufficienti 60 giorni per l’ideazione ed applicazione di una nuova regolamentazione del settore.

Fouchier, R., García-Sastre, A., & Kawaoka, Y. (2012). Pause on avian flu transmission studies Nature, 481 (7382), 443-443 DOI: 10.1038/481443a ^

Giornalisti vs scienziati

Wed, 18 Jan 2012 13:07:12 +0100

In un articolo pubblicato sul sito del Guardian, il chief online editor della rivista Nature Ananyo Bhattacharya ha elencato quelli che, secondo la sua opinione, sono i nove motivi che dimostrano come gli scienziati non capiscano i principi e le dinamiche del giornalismo. La risposta di una parte della comunità scientifica non si è fatta attendere, attraverso alcuni post dai titoli eloquenti (es. “i nove modi in cui i giornalisti dimostrano che non conoscono la scienza ”).

I nove punti elencati da Bhattacharya sono le principali critiche e richieste che i giornalisti ricevono dai ricercatori scientifici.

La struttura standard con cui le notizie di cronaca vengono riportate non funziona per la scienza

Lo schema tipico delle news è quello della piramide invertita , in cui prima vengono presentate le informazioni più importanti, poi i dettagli più significativi ed infine una descrizione generale del contesto. Secondo Bhattacharya questo schema funziona bene anche per le notizie scientifiche, e sfida chi ne adotta uno diverso a verificare quanti lettori arrivino alla fine dei loro post.

Per quanto mi riguarda è lo schema che si deve adattare alla notizia. Posso capire che se l’articolo su un quotidiano non appassiona da subito il lettore e viene percepito come “noioso” il giornalista non ha fatto bene il suo lavoro. Ma se io scrivo un post sul mio blog su una ricerca i cui risultati richiedono alcune conoscenze di base indispensabili (e che presumo non tutti possiedano), come può un lettore essere invogliato al leggerlo interamente se non riesce nemmeno a comprendere la terminologia o l’argomento? In questo caso lo schema a piramide invertita non è probabilmente quello più adatto.

Non c’è un limite al numero di parole utilizzabile in internet. Perchè si leggono notizie di cronaca scritte in 300-700 parole ma le affermazioni degli scienziati vengono spesso ridotte a poche frasi o parole scelte ad hoc?

Anche qui Bhattacharya fa riferimento alla fruibilità dell’informazione. Una notizia più breve ha meno possibilità di essere noiosa, occupa meno spazio (lasciandone ad altre) ed è più veloce da scrivere e revisionare.

In questo caso ha ragione Southern Fried Scientist quando spiega che anche molti scienziati sanno scrivere bene e possiedono una capacità di sintesi efficace. Gli abstract degli articoli scientifici sono un ottimo esempio. Si leggono invece molti articoli in cui i risultati delle ricerche vengono usati solo come aggancio per scrivere storie che hanno più attinenza con il costume che con la cultura. Ovviamente nessuno impedisce ad un giornalista di adottare questo stile, se lo ritiene adeguato per il proprio pubblico, ma che almeno ciò non accada all’interno di pubblicazioni di un certo livello o con un target di lettori dotati di un minimo di intelligenza o curiosità.

Il titolo dell’articolo è un’iperbole

Secondo l’autore il titolo non deve raccontare una storia ma catturare l’interesse del lettore senza dare informazioni sbagliate.

Purtroppo è più facile a parole che nei fatti, a giudicare dai titoli ad effetto che si leggono in giro, il cui risultato principale è di ingannare il lettore sui contenuti a cui si riferiscono. I miei preferiti sono quelli sulle scoperte del “gene del”, utili solo come pretesto per parlare di temi evergreen come alopecia, cellulite, shopping, .

Modifica subito la mia affermazione colorita

Bhattacharya sostiene che per dare più umanità al racconto è necessario riportare le esatte parole degli scienziati, anche se utilizzano termini coloriti o potenzialmente sconvenienti.

Condivisibile, ma se la persona intervistata ritiene che certe frasi non vadano pubblicate è il giornalista che dovrebbe mostrare un po’ di cortesia e tagliarle dall’articolo.

Perchè ha enfatizzato le implicazioni da tabloid del mio lavoro?

A quanto pare il lavoro del giornalista scientifico non è quello di comunicare i risultati di ricerche al grande pubblico, ma di sfruttarne senza distorcerli alcuni aspetti (non necessariamente quelli importanti o innovativi) solo per scrivere una storia.

Dal mio punto di vista, opinione estremamente discutibile.

La storia non contiene una raccomandazione essenziale o contiene errori

Bhattacharya ritiene che un articolo scientifico contenga tutte le informazioni essenziali per la sua comprensione, e che nella maggior parte dei casi alcune raccomandazioni o ammonimenti da parte dei ricercatori non siano necessari al fine della comprensione della storia. Ed è sempre possibile commettere errori, segnalabili in seguito con una errata corrige.

Gli scienziati sono per natura perfezionisti, ed ogni aspetto di una ricerca assume un’importanza che un giornalista od il semplice lettore non riconosce. L’importante è che l’omissione non modifichi il senso della ricerca rendendo l’articolo impreciso o del tutto scorretto.

Non puoi scrivere un articolo sul mio lavoro, te lo proibisco

Richiesta un po’ pretestuosa, ma giustificabile se il giornalista scrive ad esempio per una rivista di gossip.

Come ha potuto citare quella persona che ha un’opinione opposta alla mia, e quindi sbagliata?

Un giornalista deve essere in grado di riconoscere un esperto del settore di cui vuole scrivere, avere senso critico e l’esperienza per riconoscere se una ricerca merita di essere trattata in un articolo. Deve inoltre scegliere con saggezza i soggetti da interpellare nel caso voglia presentare delle opinioni o idee contrastanti con quelle della ricerca. Il rischio è di illudere il lettore che esista un dibattito in un certo settore quando in realtà così non è, come nel caso del riscaldamento globale.

Rispetto a qualche anno fa la scienza ha guadagnato molto spazio nei media, paradossalmente anche grazie ad esempi di pessima divulgazione (meglio non fare nomi), che almeno hanno il merito di far arrivare al grande pubblico l’idea che la scienza può non essere noiosa se presentata nel modo giusto. Esempi negativi che si spera diventeranno sempre più rari, magari con un maggior dialogo tra giornalisti e scienziati, il cui rapporto è stato ben esemplificato nell’immagine all’inizio del post.

Update (19-01-2012): sempre sul tema, un post di Eleonora Viganò con intervista a Luca Mercalli.

Image courtesy of Not Exactly Rocket Science

L'insolita presentazione del dottor Brindley

Thu, 12 Jan 2012 20:55:55 +0100

Per quanto in molti ritengano che le conferenze scientifiche siano un modo particolarmente noioso di trascorrere il proprio tempo, se gli argomenti sono di un certo interesse e/o gli oratori delle persone brillanti ci si può in realtà divertire anche prima della fine dei lavori (che in genere è il momento in cui iniziano le attività che stanno davvero a cuore ai partecipanti più viveur, e per le quali i congressi sono solo un pretesto: turismo in belle città o località esotiche, sport, esplorazioni enogastronomiche, studi antropologici sulle popolazioni indigene).

Un esempio, probabilmente il più estremo di sempre, è quello accaduto durante una conferenza della Urodynamics Society a Las Vegas nel 1983, durante la quale il professore britannico G.S. Brindley presentò i risultati dei suoi studi pioneristici sull’autoiniezione di papaverina per indurre un’erezione del pene. La presentazione¹ si tenne in un piccolo auditorium davanti ad un numero abbastanza limitato di partecipanti, la maggior parte dei quali in compagnia dei propri partner in vista della cena di gala che si sarebbe tenuta subito dopo.

Abbigliato con una inconsueta tuta sportiva blu, il Professor Brindle cominciò ad esporre dal palco le sue ricerche relative all’effetto di alcuni agenti vasodilatatori sull’erezione. Per escludere l’ipotesi che l’effetto lievitante fosse dovuto ad una stimolazione di tipo erotico e non all’effetto dei farmaci, il Professore aveva deciso di effettuare un test in una situazione decisamente poco “stimolante” dal punto di vista sessuale. Rivelò agli astanti come questa fase dello studio sarebbe stata condotta in loro presenza, grazie alla papaverina che si era iniettato poco prima nella sua stanza d’albergo ed ai morbidi pantaloni della tuta sportiva che avrebbero consentito di poter “esibire” chiaramente i risultati. Ritenendo però che l’indumento non consentisse di “apprezzare” al meglio le proprie “argomentazioni”, il professore decise quindi di mostrarle esplicitamente abbassandosi pantaloni e shorts. Dopo qualche istante di pausa, davanti al pubblico ormai in apnea, annunciò infine che avrebbe permesso ad una parte del pubblico di testare e confermare il grado di turgore. Bastarono pochi passi dondolanti a pantaloni abbassati per causare il panico tra le signore delle prime file, che si narra si misero ad urlare talmente forte da costringere Brindley a rivestirsi in fretta ed a terminare nella mestizia il suo ormai memorabile discorso.

Dubito che qualcuno riuscirà ad alzare l’asticella oltre il limite segnato da Brindley nella gara per la presentazione più incredibile, soprattutto perchè tenuta in una circostanza ufficiale e basata su dati reali che in seguito vennero pubblicati.

Di certo ce ne sono altre, ma un paio abbastanza “creative” sono la famosa chicken chicken chicken e quella immaginaria di questo episodio di The Big Bang Theory).

Klotz L (2005). How (not) to communicate new scientific information: a memoir of the famous Brindley lecture. BJU international, 96 (7), 956-7 PMID: 16225508 ^

La tubercolosi resistente ai farmaci in India

Tue, 10 Jan 2012 17:20:13 +0100

La tubercolosi (TBC) è una malattia infettiva causata da micobatteri (in particolare il Mycobacterium tuberculosis), che si trasmette per via aerea e che può attaccare diverse parti dell’organismo umano. Un terzo della popolazione mondiale è infettato dalla TBC, anche se solo in un caso su dieci la malattia evolve in forma attiva e richiede un trattamento sanitario, in assenza del quale il tasso di mortalità risulta superiore al 50%. L’unica situazione in cui un individuo può diventare contagioso è quella dell’infezione polmonare, purtroppo la più comune.

Il trattamento medico prevede l’uso di antibiotici su un lungo periodo di tempo (almeno sei mesi), necessario per annientare completamente i batteri ed impedendo loro di acquisire un’immunità che renderebbe più difficili od addirittura inefficaci le cure. Questa resistenza ai farmaci può essere acquisita dai batteri in seguito ad un trattamento farmacologico errato od interrotto da parte del paziente che non lo ritiene più necessario perchè ha riscontrato un miglioramento nelle proprie condizioni fisiche.

In base alla resistenza verso alcuni antibiotici specifici la tubercolosi viene classificata come:

multiresistente (MDR-TB), quando non è bloccata da due farmaci di prima linea, la rifampicina e l’isoniazide
estensivamente resistente ai farmaci (XDR-TB), quando non viene curata somministrando tre o più dei farmaci di seconda linea (utilizzati quando il trattamento iniziale mediante farmaci di prima linea risulta inefficace)
totalmente resistente ai farmaci (TDR-TB), e quindi (al momento) incurabile

Emergenza in India

Oltre ad essere la nazione con il numero di casi di TBC più elevato al mondo (con circa 1000 morti al giorno!), nelle ultime settimane l’India sta fronteggiando in un ospedale di Mumbai un focolaio del tipo TDR-TB, isolato nei fluidi corporei di dodici pazienti. Come spiegato da alcuni dei medici di questo ospedale in una lettera inviata all’editore della rivista Clinical Infectious Diseases¹ , il problema non è legato solo all’incapacità di curare i pazienti infettati da TDR-TB, ma anche allo stato del sistema sanitario nazionale. Quattro dei dodici malati hanno consultato fino a quattro diversi dottori, in alcuni casi ottenendo prescrizioni per trattamenti antibiotici errati (ed in seguito interrotti prima della conclusione del ciclo).

Sebbene un programma nazionale di controllo della tubercolosi sia stato un successo, solo l'1% dei pazienti con MDR-TB ha accesso diretto ad un trattamento pubblico. La grande maggioranza di questi sfortunati pazienti si rivolge a medici del settore privato per ottenere una cura. Questo ramo del settore privato in India è uno dei più grandi del mondo ed è privo di una regolamentazione riguardo alle qualifiche professionali dei medici ed alla loro idoneità nella prescrizione di farmaci.

Uno studio precedente condotto a Mumbai ha mostrato come solo 5 medici provati, su un campione di 106, sono stati in grado di prescrivere la terapia corretta ad un ipotetico paziente affetto da MDR-TB. La maggioranza delle prescrizioni era inappropriata e sarebbe stata utile solo ad amplificare ulteriormente la resistenza dei batteri, convertendo la tubercolosi MDR in forme più resistenti (XDR-TB e TDR-TB)

Image courtesy of Wikipedia

Udwadia, Z., Amale, R., Ajbani, K., & Rodrigues, C. (2011). Totally Drug-Resistant Tuberculosis in India Clinical Infectious Diseases, 54 (4), 579-581 DOI: 10.1093/cid/cir889 ^

Naturale o artificiale? L'impatto ambientale degli alberi di Natale

Thu, 29 Dec 2011 14:48:33 +0100

Per rispondere alla domanda su quale sia la scelta più “verde” tra un albero di Natale naturale o artificiale, una società canadese ha condotto nel 2009 uno studio [pdf ] che ne confronta l’impatto ambientale. Utilizzando una metodologia Life Cycle Assessment sono stati valutati gli aspetti potenzialmente dannosi sulla salute e sull’ambiente connessi all’intero ciclo di vita del prodotto, dalla preproduzione alla dismissione finale. Dal momento che un albero artificiale può venire riutilizzato (in media per sei anni, almeno in nordamerica), i risultati ad esso relativi sono stati normalizzati su base annuale e quindi confrontati con quelli corrispondenti all’impatto annuo dell’albero naturale. I risultati mostrano come l’albero artificiale abbia un impatto comparabile a quello naturale per quanto riguarda la salute umana, circa quattro volte migliore relativamente agli ecosistemi, ma più di tre volte peggiore in relazione a consumo delle risorse e mutamenti climatici. In quest’ultimo caso un albero naturale contribuisce ad emissioni di CO2 più basse (39%).

Considerando tuttavia che le emissioni connesse all’albero artificiale avvengono durante la fase produttiva, sul lungo periodo (dopo almeno 20 anni!) esso risulta una soluzione meno impattante dal punto di vista climatico.

A giudicare da questi risultati sembra che sia l’albero naturale la scelta più ecosostenibile, pur con degli aspetti negativi. Dando un’occhiata ai numeri assoluti ci si accorge però di come l’impatto ambientale sia in entrambi i casi del tutto trascurabile se confrontato con altre attività, ad esempio guidare un’automobile.

Influenza aviaria open source

Tue, 27 Dec 2011 16:38:21 +0100

Anno 2002

Eckard Wimmer, un virologo della Stony Brook University, dimostra come sia possibile sintetizzare da zero in laboratorio un virus vivo, nello specifico quello responsabile della polio ¹ . Viene così smentito uno degli assiomi della biologia che sosteneva come la proliferazione di cellule (o virus) dipenda dalla indispensabile presenza fisica di un genoma funzionale per guidare il processo di replicazione.

Anno 2003

Una nuova metodologia² consente una riduzione drastica dei tempi necessari alla sintesi di virus.

Anno 2004

Viene istituito il National Science Advisory Board for Biosecurity (NSABB), comitato costituito da alcuni dei maggiori esperti statunitensi in microbiologia e armi biologiche con l’obiettivo di definire linee guida su come prevenire la pubblicazione di ricerche in ambito biotecnologico che possano favorire il terrorismo, ma senza rallentare il progresso scientifico.

Anno 2005

Scienziati del CDC ricostruiscono sinteticamente in laboratorio il virus dell’influenza A (H1N1 “spagnola”) che nel 1918 ha ucciso più di 50 milioni di persone³ . Il comitato NSABB non pone nessuna obiezione e lo studio viene pubblicato senza l’omissione di alcun dettaglio.

Anno 2011

Due gruppi di ricerca alterano il genoma del virus H5N1 responsabile dell’influenza aviaria, rendendolo trasmissibile per via aerea tra i furetti, gli animali che mostrano una risposta alla malattia analoga a quella umana. A causa di questa somiglianza, alcuni scienziati ritengono possibile che tale variante del virus possa presentare (o acquisire a causa di mutazioni) le medesime modalità di trasmissione anche nell’uomo, rappresentando così una possibile causa di pandemia a livello globale. E soprattutto una potenziale arma batteriologica a disposizione di terroristi o nazioni “canaglia”.

Per questi motivi il comitato NSABB ha per la prima volta espresso un parere (non vincolante, ma è come se lo fosse) che suggerisce alle due riviste (Nature e Science) che stanno sottoponendo l’articolo a review, di pubblicare i risultati della ricerca omettendo però i dettagli che possano consentire la ripetizione esatta degli esperimenti, andando contro uno dei principi fondamentali delle pubblicazioni scientifiche. Gli autori, pur con riluttanza, hanno accettato di rivedere gli articoli per renderli “inoffensivi”, rimuovendo i metodi e gli elementi “incriminati”, che potranno essere però messi a disposizione di laboratori di ricerca orientati allo sviluppo di vaccini e farmaci.

Il comitato inoltre sta valutando l’introduzione di una moratoria volontaria da parte degli scienziati alla divulgazione di studi simili, per consentire lo svolgimento di un dibattito internazionale sul rapporto rischi/benefici relativo a pubblicazioni dai contenuti potenzialmente pericolosi. Un precedente esiste. Nel 1975, in occasione di un meeting presso Asilomar (California), dopo un periodo volontario di interruzione delle ricerche da parte dei gruppi interessati, vennero definite le linee guida relative all’utilizzo dell’allora nuova tecnologia del DNA ricombinante. La nuova moratoria sarebbe, a differenza di quella che ha preceduto Asilomar, relativa esclusivamente alla pubblicazione dei risultati e non allo svolgimento degli esperimenti.

Ma quanto sarebbe difficile ricreare il virus H5N1?

In risposta alla domanda, un autore di uno degli studi ha risposto:

Non è molto facile, sarebbe necessario un team di specialisti e di strutture molto avanzate. Ed è nostra opinione che la natura sia il più grande bioterrorista. Ci sono molti patogeni in natura che causerebbero molti danni se entrassero in contatto con la popolazione umana. Quindi se il problema è il terrore delle armi biologiche, ci sono molti metodi per ottenerle, decisamente più semplici di quelli che richiederebbe il virus H5N1.

Un’organizzazione terroristica non potrebbe effettuare queste operazioni in un garage. Ma potrebbe recuperare virus già presenti in natura e farli replicare in un garage.

Laboratori in grado di ricreare il nostro virus, come quelli del CDC o del NIH, sarebbero in grado di farlo in poche settimane. Gruppi terroristici o paesi “canaglia” ci impiegherebbero anni.

Secondo Muller, il virologo che ha sintetizzato il virus della polio, la pubblicazione dei dettagli della ricerca non è tuttavia essenziale per un bioterrorista, dal momento che qualsiasi criminale con abbastanza denaro potrebbe condurre un esperimento simile conoscendo addirittura solo le informazioni parziali già trapelate. Sarebbe invece molto utile per condurre esperimenti in grado di fornire farmaci contro virus di origina sia naturale che sintetica, analogamente a ciò che è accaduto con i suoi risultati sulla sintesi ex novo del virus della polio, che hanno aperto la strada a nuove strategie nello sviluppo di vaccini.

Chi ha ragione?

Il dibattito tra chi vuole una scienza libera e chi ritiene necessari dei limiti non finirà tanto presto. Farsi un’opinione sul problema non è semplice. Basta leggere libri come Biohazard, scritto da uno degli scienziati responsabili dei progetti di guerra batteriologica sovietici, per comprendere come già negli anni 80 e 90, ben prima della diffusione delle attuali tecnologie di ingegneria genetica, fossero stati “creati” in laboratorio dei microrganismi spaventosi e letali. Se si considera tuttavia che negli ultimi decenni sono stati rari gli episodi in cui microrganismi (o tossine di origine biologica) sono stati usati come armi per causare danni alle persone, i timori di una parte della comunità scientifica sembrano immotivati, almeno dal punto di vista del bioterrorismo. È probabile che in futuro sia la natura stessa a metterci di fronte ad un virus in grado di effettuare il passaggio interspecie con l’uomo e talmente contagioso da provocare una pandemia. Ma in tal caso, saranno sufficienti le ricerche condotte da un numero ristretto di laboratori (quelli autorizzati ad accedere alle informazioni sensibili) per trovare una cura alla malattia?

Data la delicatezza del tema e le possibili implicazioni, probabilmente la proposta di una moratoria temporanea è la più saggia, dal momento che non comporterà un’interruzione degli esperimenti durante il periodo di discussione pur consentendo un’analisi dello stato attuale e futuro della ricerca biologica.

Image courtesy of Cynthia Goldsmith; Jacqueline Katz; Sherif R. Zaki; CDC

Cello J, Paul AV, & Wimmer E (2002). Chemical synthesis of poliovirus cDNA: generation of infectious virus in the absence of natural template. Science (New York, N.Y.), 297 (5583), 1016-8 PMID: 12114528 ^
Smith HO, Hutchison CA 3rd, Pfannkoch C, & Venter JC (2003). Generating a synthetic genome by whole genome assembly: phiX174 bacteriophage from synthetic oligonucleotides. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 100 (26), 15440-5 PMID: 14657399 ^
Tumpey, T. (2005). Characterization of the Reconstructed 1918 Spanish Influenza Pandemic Virus Science, 310 (5745), 77-80 DOI: 10.1126/science.1119392 ^

L'ippocampo del tassista londinese

Wed, 14 Dec 2011 15:10:30 +0100

Numerosi studi hanno evidenziato come la morfologia del cervello di individui sottoposti ad apprendimento intensivo presenti alcuni aspetti anatomici caratteristici. Discipline come la musica, la danza, lo studio di una lingua o di una materia complessa sembrano essere in grado di influenzare nel tempo la massa (e quindi le capacità) di alcune specifiche regioni cerebrali. L’ippocampo per esempio, che svolge un ruolo importante nella memoria a lungo termine e nella navigazione spaziale, presenta un volume maggiore in animali che sono soliti nascondere il cibo per recuperarlo in seguito. Prendendo spunto da queste osservazioni, la neuroscienziata Elanor Maguire ha ipotizzato che un buon soggetto di studio in merito potessero essere i tassisti londinesi. Per ottenere la licenza infatti, i tassisti di Londra devono imparare a memoria la complessa struttura delle circa 25000 strade comprese entro un raggio di 6 miglia dalla stazione ferroviaria di Charing Cross, e superare un test chiamato “The Knowledge”, la “Conoscenza”, la cui preparazione richiede dai tre ai quattro anni!

I primi studi hanno rilevato, mediante Imaging a risonanza magnetica (MRI), che i tassisti londinesi esaminati possedevano un maggior volume di materia grigia nella regione posteriore dell’ippocampo e minore in quella anteriore rispetto agli individui presi come controllo (non guidatori di taxi). Questa nuova conformazione diventava più marcata nel caso di tassisti con più anni di lavoro, suggerendo che l’adattamento del cervello alla guida tra le strade di Londra potesse essere continuato nel tempo. Per escludere la possibilità che le differenze strutturali potessero essere precedenti alla selezione, rendendo alcuni soggetti maggiormente predisposti a diventare dei guidatori di taxi, la Maguire ha condotto un ulteriore ricerca¹ su un campione di 79 aspiranti tassisti, confrontando le scansioni dei loro cervelli prima e dopo il periodo di preparazione e sottopondendoli ad alcuni test per la memoria.

All’inizio dello studio tutti i candidati presentavano ippocampi di dimensioni confrontabili ed avevano ottenuto nei test mnemonici dei risultati simili a quelli dei soggetti di controllo (non guidatori di taxi). Quattro anni dopo, la MRI ha rivelato che gli ippocampi dei candidati che avevano superato la selezione presentavano maggiori volumi di materia grigia nella regione posteriore (porzioni colorate nell’immagine a lato), mentre nessun cambiamento anatomico significativo si era verificato nei cervelli dei respinti. I test sulla memoria sono stati condotti con risultati migliori da parte dei neo-tassisti, pur ottenendo valutazioni peggiori rispetto al gruppo di controllo in un test di riconoscimento e ricordo di figure complesse (Rey-Osterrieth Complex Figure Test).

Secondo l’autrice dello studio questi risultati sarebbero un’ulteriore conferma di come certi esercizi cognitivi e l’apprendimento intensivo possano modificare la morfologia del cervello, anche in età adulta, portando allo sviluppo di alcune capacità, seppur ad apparente svantaggio di altre.

Image courtesy of UrbanMovements and Current Biology

Woollett, K., & Maguire, E. (2011). Acquiring “the Knowledge” of London’s Layout Drives Structural Brain Changes Current Biology, 21 (24), 2109-2114 DOI: 10.1016/j.cub.2011.11.018 ^

Maratoneti, sigarette e raccolta di ciliegie

Mon, 05 Dec 2011 10:47:05 +0100

Gli atleti che gareggiano su lunghe distanze, come maratoneti o ciclisti, devono essere in grado di resistere a sforzi prolungati nel tempo. In termini biologici, il sangue deve garantire un sufficiente apporto di ossigeno ai tessuti muscolari per tutta la durata della competizione. Quando ciò non accade, l’acido lattico che viene prodotto dai muscoli in condizioni anaerobiche non viene smaltito interamente, si accumula nel sangue e riduce la capacità dell’atleta di resistere alla fatica. Il trasporto dell’ossigeno dai polmoni ai muscoli è effettuato dall’emoglobina presente nei globuli rossi (eritrociti), cellule del sangue prodotte dal midollo osseo. Tanto maggiore è il loro numero, tanto maggiori saranno la quantità di ossigeno veicolabile ai muscoli e la conseguente resistenza all’attività fisica.

I fattori che possono innalzare il contenuto di globuli rossi nel sangue sono molteplici, dall’allenamento in altura (a causa della diminuzione della pressione parziale dell’ossigeno nell’aria con l’aumentare della quota) all’utilizzo di farmaci (vietati in ambito sportivo come l’eritropoietina) che ne stimolano la produzione all’interno del midollo osseo.

Una possibile alternativa, legale e finora ignorata dagli atleti, è stata presentata in un articolo¹ del 2010 in cui si valutano gli effetti benefici delle sigarette sulle capacità di resistere a sforzi prolungati.

Fumare sigarette avrebbe un impatto positivo su tre fattori legati alla resistenza in quanto:

aumenta in modo permanente il livello di emoglobina nel sangue (e non solo per un paio di settimane come accade nel caso dell’allenamento in quota una volta tornati sul livello del mare). Analogo effetto si verificherebbe anche in seguito ad assunzione di etanolo
aumenta la capacità polmonare totale, ma solo nei casi in cui si instauri una sindrome nota come chronic obstructive pulmonary disease (COPD)
favorisce la diminuzione di massa corporea, riducendo l’appetito (che in genere aumenta dopo l’attività fisica) ed aumentando la domanda metabolica, soprattutto nei soggetti con sindrome COPD, i cui respiri richedono più energia rispetto a quelli dei soggetti sani

La protezione per la tua gola

Di fronte a queste evidenze raccolte da altri articoli scientifici, l’autore dello studio si interroga sul motivo per cui la percentuale di fumatori tra gli atleti d’élite sia di molto inferiore rispetto alla media del resto della popolazione, e sul perchè le sigarette non siano ancora state incorporate nei programmi di allenamento di alto livello. Dato inoltre che i benefici legati al fumo sono di tipo dose-dipendente e che iniziano a svilupparsi solamente dopo molti anni dalla prima sigaretta, sarebbe auspicabile che gli atleti cominciassero a fumare fin dalla giovane età, stimolati magari da iniziative da parte di organi sportivi ufficiali.

Arrivati fino a questo punto, probabilmente vi sarà venuto qualche dubbio sulla attendibilità delle conclusioni dell’articolo, e vi sarete chiesti cosa abbiano a che fare con le ciliegie del titolo del post.

La risposta è nell’abstract dell’articolo:

The review paper is a staple of medical literature and, when well executed by an expert in the field, can provide a summary of literature that generates useful recommendations and new conceptualizations of a topic. However, if research results are selectively chosen, a review has the potential to create a convincing argument for a faulty hypothesis. Improper correlation or extrapolation of data can result in dangerously flawed conclusions. The following paper seeks to illustrate this point, using existing research to argue the hypothesis that cigarette smoking enhances endurance performance and should be incorporated into high-level training programs.

In altre parole, l’autore ha scritto e pubblicato su una rivista peer-reviewed un articolo (holiday reading) che dimostra come sia sufficiente scegliere delle pubblicazioni ad hoc per rendere plausibile, convincente ed in apparenza “motivata scientificamente” un’ipotesi altrimenti assurda.

Questo è un tipico esempio di cherry-picking (“raccolta delle ciliegie migliori”, tra l’altro una delle attività preferite degli “scettici” sul riscaldamento globale :-):

Scegliere di effettuare scelte selettive tra evidenze in competizione, così da enfatizzare solo i risultati a supporto di una specifica posizione, ignorando o scartando qualsiasi prova che non la supporti, è una pratica nota come “cherry-picking”, ed è una caratteristica della cattiva o pseudo scienza (Richard Somerville ).

Purtroppo non è sempre così facile accorgersi di un uso subdolo di fatti dimostrati scientificamente, tanto più quando gli argomenti diventano specifici e complicati, e quindi di difficile comprensione da parte di un pubblico non specializzato. Considerando poi che ci sono individui la cui creatività nel falsificare dati e fatti è seconda solo alla loro disonestà, è meglio armarsi di senso critico e di (sano) scetticismo ogni volta che sentiamo le paroline magiche “alcuni studi hanno dimostrato che…”.

Obesity Panacea

Myers KA (2010). Holiday reading: Cigarette smoking: an underused tool in high-performance endurance training. CMAJ : Canadian Medical Association journal = journal de l’Association medicale canadienne, 182 (18) PMID: 21149532 ^

Idee regalo per amanti della scienza

Fri, 02 Dec 2011 14:46:18 +0100

1 - Magliette a tema scientifico

$11.95 Neatoshop

Bellissime magliette per appassionati di scienza (ma non solo). Non perdete la serie “Scientists Do It”, con frasi adatte per qualsiasi tipo di scienziato. Un esempio: “Cosmologists Do It In The First 3 Minutes”.

2 - Altre magliette a tema scientifico

$16.99 - $18.99 ThinkGeek

3 - Le magliette di Sheldon e Leonard

circa $25.00 Sheldon Shirts

Per tutti i fan di The Big Bang Theory, alcune delle magliette più geeky indossate da Sheldon e Leonard, oltre ad oggetti imperdibili come le fibbie per cintura di Howard.

4 - Giant Microbes

da €7.95 Giant Microbes

I famosi animali di peluche che riproducono fedelmente batteri, virus ed altri organismi.

5 - The Particle Zoo

da $10.49 The Particle Zoo

Questi invece sono i peluche per i fisici: fotoni, tachioni, neutrini, .

6 - Gömböc

da €149 Gömböc

Il Gömböc è un oggetto tridimensionale, omogeneo e convesso, che posto su una superficie piana possiede solo due punti di equilibrio, uno stabile ed uno instabile.

7 - Kit per gastrononia molecolare

da $58.95 Molecule-R

Il kit include gli strumenti e gli ingredienti di base per realizzare alcune ricette di cucina molecolare e sperimentare con tecniche come gelificazione e sferificazione.

8 - Kit per esperimenti di chimica per bambini

£46.99 Amazon.co.uk

125 diversi esperimenti a disposizione dei più piccoli per entrare divertendosi nel mondo della chimica. Tra i regali che ho ricevuto è stato uno dei favoriti (soprattutto quando usavo composti chimici non inclusi nella confezione, perchè “vagamente” pericolosi, e facevo dei gran disastri :-).

9 - Imparare la scienza con i manga

€13.27 Amazon.it

Fisica, biologia molecolare, biochimica, calcolo, relatività, statistica. Spiegate in modo semplice attraverso la grafica accattivante dei manga giapponesi.

10 - Test genetico 23andMe

$99 + $9/mese per il Personal Genome Service 23andMe

Pacchetto di test genetici per scoprire alcune delle informazioni conservate nel proprio patrimonio genetico, sia legate alla salute che alla genealogia. Per chi fosse interessato all’idea, il consiglio è di informarsi prima su quali risultati si possano ottenere con un test genetico e come vadano interpretati (soprattutto per quanto riguarda l’eventuale predisposizione a malattie). Un buon inizio è la lettura di questo post di Moreno.

11 - Abbonamenti a National Geographic ed a Le Scienze

Le Scienze - National Geographic Per il mese di Dicembre è possibile sottoscrivere l’abbonamento annuale congiunto ad entrambe le riviste per soli 69 euro (singolarmente a 39 euro).

12 - Pacchetto software

Gratis! Una distribuzione di Linux (Ubuntu o Mint ), un editor di testi (Vim od Emacs ), un software statistico (ma non solo) come R , un sistema di formattazione di testi come LaTeX . Installateli sul PC di parenti o amici appassionati di computer ma ancora troppo legati al mondo Windows. Potenzialmente uno dei “regali” più utili che mai riceveranno. O uno dei peggiori. Un paio di volte mi è anche andata bene :-)

13 - Lego Mindstorms NXT 2.0

€237 Amazon.it

Set di 619 pezzi (inclusi motori e sensori, tra cui uno per il riconoscimento dei colori!) che consente di costruire robot programmabili (anche in MATLAB, Ruby e Lua) e controllabili via computer.

14 - Regali solidali Telethon

da €5 Telethon

Cosa c’è di meglio che fare un regalo aiutando la ricerca scientifica?

15 - Sapone in capsule di Petri

$6.5 CleanerScience

Adatto per gli appassionati di biologia. Capsule di Petri riempite di sapone e somiglianti a colture di microorganismi come Staphilococcus aureus ed Escherichia coli.

16 - Mosaic Puzzle

$39 The Land of Nod

Puzzle per bambini costituito da 185 pezzi tra triangoli e trapezoidi, utile per imparare il riconoscimento di forme e colori e sviluppare indirettamente una certa ammirazione per Roger Penrose .

17 - Natural History Painting: With the Eden Project

€19,47 Amazon.it

Un libro per imparare a trasformare in arte le bellezze della natura.

18 - A Field Guide for Science Writers

€16 Amazon.it

È il testo ufficiale della National Association of Science Writers, che raccoglie saggi scritti da alcuni dei migliori giornalisti e scrittori di scienza. Scelta perfetta se volete fare un regalo a qualcuno che scrive su un blog scientifico.

19 - «Sta scherzando Mr. Feynman!» Vita e avventure di uno scienziato curioso

€17.68 Amazon.it

Il premio Nobel per la fisica Richard Feynman racconta alcuni degli aneddoti della sua sua vita, tra scienziati, scassinatori di casseforti, giocatori d’azzardo e spogliarelliste.

20 - Presentationzen. Idee semplici su come progettare e tenere una presentazione

€22.95 Amazon.it

Utile per imparare ad adottare un approccio più creativo e personale alle presentazioni in pubblico. In realtà basterebbe un unico consiglio per migliorarle nettamente: non usare Powerpoint!

I medici britannici contro le bionde in auto

Mon, 21 Nov 2011 14:59:20 +0100

In linea con uno degli obiettivi a lungo termine discussi dai governi del Regno Unito, che prevede di arrivare entro il 2035 ad una società tobacco-free, la British Medical Association ha recentemente pubblicato un articolo in cui si valuta la possibilità di proibire del tutto il fumo negli autoveicoli privati, indipendentemente dalla presenza a bordo di minori ¹ ² . Attualmente tale divieto si applica in Inghilterra solo ai mezzi pubblici come taxi ed autobus.

Quali sarebbero i motivi del divieto?

Il fumo di sigaretta contiene circa 4000 sostanze chimiche, 69 delle quali considerate cancerogene (sicure o probabili); quando vengono prodotte in un ambiente chiuso come un veicolo, i soggetti (fumatori e non) vengono esposti agli effetti negativi derivanti dal “fumo di seconda mano” (second hand smoke , o fumo passivo) in modo più significativo rispetto ad ambienti più ampi come case od esterni. I danni alla salute derivanti dall’inalazione sia diretta che passiva del fumo di sigaretta sono ben noti e documentati, sia negli adulti che nei bambini. Questi ultimi sono ovviamente più vulnerabili alle patologie respiratorie connesse al fumo passivo, a causa dei più elevati ritmi respiratori (legati alle minori dimensioni delle vie respiratorie e della maggiore richiesta metabolica di ossigeno) e del sistema immunitario ancora in fase di sviluppo.

Quanto è cattiva l’aria nell’auto di un fumatore?

Diverse ricerche hanno quantificato le concentrazioni di specifici inquinanti derivanti dal fumo di sigaretta all’interno degli abitacoli di automobili. Per quanto riguarda il particolato fine (PM2,5), cioè l’insieme delle sostanze sospese in aria che grazie al diametro uguale od inferiore ai 2,5 micrometri (µm) sono in grado di penetrare profondamente nei polmoni, è stato riscontrato come le concentrazioni raggiungano valori pericolosi anche nel caso in cui vi sia parziale ricambio d’aria effettuato tenendo un finestrino semiaperto. Per farsi un’idea degli ordini di grandezza del problema, ho confrontato in un grafico i valori medi di concentrazione rilevati in due differenti studi effettuati all’interno di automobili con quello medio ottenuto dalle analisi dell’aria presente in 48 irish pub in cui non era vietato fumare. Nel primo studio (valori A e B) le condizioni sperimentali sono state solo due, con finestrino aperto o chiuso, entrambe con auto in movimento. Nel secondo studio sono state valutate cinque condizioni sperimentali (D, E, F, G, H), caratterizzate da variabili come il moto dell’auto, l’apertura dei finestrini e l’utilizzo del condizionatore d’aria.

Osservando in particolare i dati relativi al secondo studio, si nota come vengano superati facilmente i valori di concentrazione medi riscontrati nei pub, nel caso peggiore addirittura di 11 volte. Analizzando invece i picchi di concentrazione (non riportati nel grafico) e non i valori medi, sono stati raggiunti valori anche superiori ai 7000 µm/m3! Considerando che le già elevate concentrazioni di PM2.5 misurate nei locali sono state utilizzate dai legislatori per adottare politiche anti-fumo, sembra plausibile che lo stesso possa accadere con quelle presenti nell’abitacolo di un auto con passeggeri che fumano.

Altri fattori importanti da considerare nella valutazione dell’esposizione alle tossine derivanti dalla combustione del tabacco sono il sempre crescente numero di ore trascorse in auto (nel Regno Unito in media 519 ore all’anno) ed il fatto che esse si depositano per lungo tempo negli interni dell’auto, esponendo i passeggeri ai rischi del fumo passivo anche in assenza di sigarette accese.

Il fumo e la sicurezza stradale

Un secondo aspetto su cui la BMA pone l’accento è quello del gesto fisico del fumare, considerato in tutte le sue fasi (dal momento in cui si estrae la sigaretta dal pacchetto a quello in cui viene spenta nel portacenere) una pericolosa fonte di distrazione. Molte ricerche indicano infatti come i fumatori siano soggetti ad un rischio maggiore di incidenti stradali rispetto ai non fumatori, in special modo durante i primi anni dal conseguimento della patente.

Ma qual è l’opinione pubblica sull’argomento?

Per quanto riguarda le normative che vietano il fumo nei locali pubblici, la maggior parte degli intervistati in diversi sondaggi effettuati nel Regno Unito è concorde nell’esprimere su di esse un giudizio positivo. Di contro, le percentuali di chi si oppone ad un divieto di fumo all’interno di autoveicoli sono molto elevate, soprattutto tra i fumatori e/o tra coloro che lo percepiscono come una limitazione della propria libertà personale. Secondo questi ultimi infatti, dal momento che il fumo non è un’attività illegale, ognuno dovrebbe essere libero di scegliere, assumendosi le responsabilità di eventuali danni alla salute.

Tenendo conto però che sono i contribuenti che ne pagheranno in parte le eventuali cure, e che i provvedimenti legislativi si sono rivelati in altre situazioni analoghe (cinture di sicurezza e telefoni cellulari) molto più efficaci di misure volontarie (seppur stimolate anche mediante campagne di sensibilizzazione), la mia opinione è che un divieto di fumo in auto non può fare che bene un po’ a tutti. Con buona pace di chi è schiavo della nicotina e si ostina a pensare di avere dei diritti in quanto fumatore.

Rees, V., & Connolly, G. (2006). Measuring Air Quality to Protect Children from Secondhand Smoke in Cars American Journal of Preventive Medicine, 31 (5), 363-368 DOI: 10.1016/j.amepre.2006.07.021 ^
Sendzik, T., Fong, G., Travers, M., & Hyland, A. (2009). An experimental investigation of tobacco smoke pollution in cars Nicotine & Tobacco Research, 11 (6), 627-634 DOI: 10.1093/ntr/ntp019 ^

Obesità, pop e paradossi

Mon, 07 Nov 2011 10:32:07 +0100

Sono molte le sostanze a cui siamo esposti nella vita di tutti i giorni, siano esse di origine naturale o antropica. Per fortuna il nostro organismo possiede numerosi ed efficaci sistemi di difesa per evitare che esse possano costituire delle minacce per la salute. Una classe di inquinanti particolarmente nocivi, sia per l’uomo che per la fauna, sono quelli organici persistenti (POP). In base ai risultati di alcune ricerche, sembra che uno dei meccanismi di difesa nei confronti di questa tipologia di sostanze sia rappresentato, almeno nelle persone anziane, da percentuali elevate di massa grassa corporea (a livello di obesità). Prima però di dare alla nonna sovrappeso un buon motivo per interrompere la dieta, è forse meglio indagare un po’ più a fondo sulle cause alla base di questo processo.

Cosa sono i POPs?

Gli inquinanti organici persistenti (POP, persistent organic pollutant) sono dei composti chimici molto resistenti alla degradazione, sia che essa avvenga attraverso processi chimici, biologici o fotolitici. Sono inoltre caratterizzati da una elevata tendenza ad accumularsi nei lipidi (lipofilicità) e di conseguenza ad essere poco solubili in acqua. Ciò comporta che essi possano attraversare facilmente le membrane cellulari ed accumularsi nelle cellule adipose degli organismi, raggiungendo livelli elevati soprattutto nelle specie in cima alla catena alimentare, a causa di un processo chiamato biomagnificazione. Una volta rilasciati nell’ambiente, grazie anche alla loro semi-volatilità, sono in grado di essere trasportati a lunghe distanze, raggiungendo luoghi non interessati da emissioni e depositandosi per condensazione in zone fredde come quelle polari. Questo spiega la presenza di elevati livelli di POPs e di patologie ad essi correlate negli orsi polari, predatori artici caratterizzati da una notevole precentuale di tessuti adisposi. Tra i POPs più diffusi ci sono i PCB, le diossine, insetticidi come il DDT e l’Aldrin, fungicidi come l’esaclorobenzene.

Perchè sono pericolosi per l’uomo?

L’esposizione a questa tipologia di inquinanti è legata ad un ampio spettro di patologie, tra cui tumori, disturbi neurologici, interferenze al sistema immunitario, deficit riproduttivi e disturbi cardiovascolari. A causa della loro elevata lipofilicità, i POPs tendono ad accumularsi in quantità maggiori negli individui obesi rispetto a quelli caratterizzati da minor massa grassa. Ma cosa accade in seguito ad una perdita di peso, quando si ha una diminuzione delle masse lipidiche in cui i POPs erano accumulati e quindi potenzialmente meno dannosi?

In uno studio del 2001¹ è stata riconosciuta una correlazione inversa tra variazione di peso corporeo e concentrazioni di POPs nel siero sanguigno in individui monitorati per un periodo di 10 anni. Questi risultati sono stati confermati in uno studio del 2001² nel quale è stato valutato il contenuto totale di POPs e la loro distribuzione corporea in un campione di soggetti obesi, prima e dopo una drastica diminuzione di peso. Sono stati analizzati inoltre i livelli di alcuni biomarker rappresentativi di disfunzioni metaboliche legate all’obesità; anche in questo caso è stata riscontrata una correlazione con le concentrazioni di POPs nel sangue e nei tessuti adiposi.

Il paradosso dell’obesità

Numerosi studi hanno documentato un fenomeno, definito il paradosso dell’obesità (PBO), in base al quale individui anziani obesi o sovrappeso presentano spesso, in relazione a diversi tipi di patologie, delle prognosi migliori rispetto a quelli con massa corporea ideale. In una recente ricerca³ , gli autori hanno indagato su una possibile correlazione tra PBO e livelli corporei di POPs, basandosi sugli indici di mortalità.

Mentre negli anziani con bassi livelli di POPs la mortalità aumentava parallelamente alla percentuale relativa di massa grassa corporea, per livelli più elevati sono stati invece riscontrati dei risultati compatibili con il paradosso dell’obesità, con tassi di sopravvivenza maggiori nei soggetti più sovrappeso.

Come possibile spiegazione delle osservazioni, gli autori dello studio ipotizzano che la maggior massa grassa possa rappresentare un deposito di sicurezza per i POPs, nel quale essi vengono “trattenuti” impedendogli di raggiungere organi o tessuti critici dove potrebbero innescare dei meccanismi tossici. Da questo punto di vista l’obesità potrebbe quindi rappresentare una forma di difesa nei confronti dei POPs, fornendo una possibile spiegazione al fenomeno del paradosso dell’obesità.

Considerando tuttavia i numerosi aspetti negativi legati ad un peso corporeo eccessivo, basti pensare a diabete e malattie cardiovascolari, il consiglio è di mantenersi in forma e curare l’alimentazione, tenendo costantemente i livelli di massa grassa entro limiti tollerabili. Escludendo così allo stesso tempo sia la necessità di dimagrimenti rapidi e massicci, sia i rischi derivanti dal rilascio di eventuali accumuli di POPs.

Lim JS, Son HK, Park SK, Jacobs DR Jr, & Lee DH (2011). Inverse associations between long-term weight change and serum concentrations of persistent organic pollutants. International journal of obesity (2005), 35 (5), 744-7 PMID: 20820170 ^
Kim MJ, Marchand P, Henegar C, Antignac JP, Alili R, Poitou C, Bouillot JL, Basdevant A, Le Bizec B, Barouki R, & Clément K (2011). Fate and complex pathogenic effects of dioxins and polychlorinated biphenyls in obese subjects before and after drastic weight loss. Environmental health perspectives, 119 (3), 377-83 PMID: 21156398 ^
Hong NS, Kim KS, Lee IK, Lind PM, Lind L, Jacobs DR, & Lee DH (2012). The association between obesity and mortality in the elderly differs by serum concentrations of persistent organic pollutants: a possible explanation for the obesity paradox. International journal of obesity (2005), 36 (9), 1170-5 PMID: 21946706 ^

L'ultima Bourguignonne

Mon, 24 Oct 2011 13:12:16 +0100

Un grazie all’amico Foe per averci fatto partecipare (come spettatori) all’ultima iniziativa organizzata dall’associazione Il Popolo delle Ortiche .

Ci sono immagini che fanno ormai parte del bagaglio culturale di ognuno di noi. Una di queste è l’Ultima Cena di Leonardo, dipinto iconico e riconoscibile. L’ultima bourguignonne è il tentativo di rendere viva l’opera di Da Vinci, portandola in scena con scenografia e costumi accurati. Ma non solo. L’ultima bourguignonne è anche l’opportunità di entrare a far parte del dipinto. Gli spettatori infatti possono essere fotografati all’interno della rappresentazione, e ricevere la foto del loro ingresso nel dipinto.

E qui c’è il set fotografico su Flickr.

P.S. @discepoloPietro: per il gesto blasfemo ho già detto un paio di preghierine :-)

Come spiegare il riscaldamento globale ed i cambiamenti climatici

Wed, 19 Oct 2011 07:11:52 +0100

Informare il pubblico su temi scientifici non è un compito semplice, soprattutto quando gli argomenti richiedono un certo livello di conoscenza da parte degli ascoltatori e sono legati a decisioni politiche ed interessi economici. Un esempio molto attuale, illustrato in un recente articolo¹ su Physics Today, è quello della comunicazione della scienza alla base del riscaldamento globale e dei cambiamenti climatici.

Gli scienziati hanno ormai dimostrato come l’atmosfera si stia progressivamente riscaldando a causa dell’immissione di gas serra (come la CO2) derivanti da diverse tipologie di attività umane. La percezione del problema da parte del pubblico non riflette tuttavia il consenso quasi totale presente nel mondo accademico, ma piuttosto una notevole confusione che impedisce la formazione di un’opinione personale chiara ed indipendente.

I motivi sono diversi:

l’accettazione della scienza alla base dei cambiamenti climatici sembra essere correlata alla solidità dell’economia; in tempi di crisi si tendono a percepire come svantaggiose le iniziative volte ad affrontare i problemi legati al clima
le efficaci campagne di disinformazione di lobby ricche e ben organizzate hanno come scopo principale quello di generare dubbi senza fondamento e di sminuire l’importanza delle conoscenze già acquisite.
la diffusa ignoranza scientifica del pubblico, strettamente legata al fatto che molte persone sono più disposte a credere alle affermazioni (anche sbagliate) di soggetti con cui condividono idee o valori culturali
l’approccio adottato dai media nell’affrontare l’argomento, spesso orientato a dare l’impressione che esista una controversia tra gli scienziati, presentando le ragioni dei cosidetti scettici come ugualmente credibili
le scelte comunicative adottate dalla comunità scientifica sono di frequente poco efficaci nel conferire un messaggio corretto o facile da comprendere da parte di un pubblico di non specialisti. Molto spesso infatti viene posta l’enfasi sui meccanismi chimici e fisici alla base del riscaldamento climatico e non sulle sue conseguenze su uomo e natura, recepite invece come più importanti dall’ascoltatore medio. Inoltre il problema viene spesso presentato come di tipo esclusivamente “ambientale”, termine che viene associato da molti ad una visione distorta del concetto di “ambientalismo” e delle sue idee antiprogressiste. Molto più efficace sarebbe focalizzare il discorso sulle conseguenze economiche e sociali
una falsa informazione iniziale ha maggiore diffusione ed impatto rispetto alle correzioni successive, come nel caso del presunto scandalo delle e-mail del CRU

Di fronte a tutte queste potenziali fonti di confusione, i climatologi dovrebbero invertire l’approccio comunicativo che adottano abitualmente in ambito accademico. Invece di fornire le informazioni generali (background) sull’argomento, approfondire i dettagli (supporting details) e concludere infine con risultati ed osservazioni (results/conclusions), la comunicazione con il pubblico dovrebbe iniziare con le conclusioni (bottom line) e spiegare quindi i motivi per cui esse sono interessanti o utili (in risposta alla domanda “so what?”, “e allora?”). I dettagli possono essere forniti in caso di un interesse particolare da parte dei soggetti più incuriositi o stimolati dalla materia.

Alcune linee guida utili nella comunicazione di temi climatici sono:

molta attenzione deve essere posta sulla terminologia utilizzata, sostituendo i termini tecnici con altri più comprensibili, anche se meno specifici e “corretti” dal punto di vista scientifico (vedi tabella 1)
è consigliabile l’utilizzo di metafore ed analogie per consentire una comprensione maggiore di concetti matematici e risultati numerici, in modo che essi possano essere in qualche modo “visualizzati”
sarebbe consigliabile usare con cura termini che suggeriscono all’ascoltatore (o al lettore) l’idea che l’attività umana dia un contributo solo parziale al riscaldamento globale, o che riguardo ad essa esista un dibattito (in realtà inesistente) all’interno della comunità scientifica
il fatto che il riscaldamento dell’atmosfera sia un fenomeno inevitabile non deve essere considerato un motivo per rinunciare a combatterne i possibili effetti negativi
l’utilizzo di termini come “probabile”, “molto probabile” ed altre numerose sfumature in relazione al verificarsi di certi fenomeni può dare l’impressione di una comprensione meno approfondita di quella effettiva

L’articolo si conclude con altri utili suggerimenti:

Consider what your audience cares about. Talk more about the local impacts of climate change that are happening now. Connect the dots between climate change and what people are experiencing, such as increases in extreme weather. Try to craft messages that are not only simple but memorable, and repeat them often. Make more effective use of imagery, metaphor, and narrative. In short, be a better storyteller, lead with what you know, and let your passion show. Such communication skills can be taught, developed, and practiced. Make use of more effective outreach strategies such as partnering with other messengers and connecting with audiences on values you share with them.

Tabella 1- Terms that have different meanings for scientists and the public

Scientific term	Public meaning	Better choice
enhance	improve	intensify, increase
aerosol	spray can	tiny atmospheric particle
positive trend	good trend	upward trend
positive feedback	good response, praise	vicious cycle, self-reinforcing cycle
theory	hunch, speculation	scientific understanding
uncertainty	ignorance	range
error	mistake, wrong, incorrect	difference from exact true number
bias	distortion, political motive	offset from an observation
sign	indication, astrological sign	plus or minus sign
values	ethics, monetary value	numbers, quantity
manipulation	illicit tampering	scientific data processing
scheme	devious plot	systematic plan
anomaly	abnormal occurrence	change from long-term average

Somerville, R., & Hassol, S. (2011). Communicating the science of climate change Physics Today, 64 (10), 48-53 DOI: 10.1063/PT.3.1296 ^

Migliorare la salute con una standing desk

Fri, 07 Oct 2011 19:02:27 +0100

Diversi studi scientifici hanno dimostrato la correlazione tra uno stile di vita sedentario e l’aumento del rischio di obesità, diabete, malattie cardiovascolari e mortalità. In particolare è stato riscontrato come questi effetti siano dipendenti, più di altri fattori, dal numero di ore che i soggetti valutati trascorrevano seduti, sia per lavoro che nel tempo libero. Un recente studio¹ della American Cancer Society riporta che individui che stanno seduti per più di sei ore al giorno hanno un tasso di mortalità maggiore (40% nelle donne, 20% negli uomini) rispetto a quelli che lo sono per meno di tre ore.

A suscitare particolare preoccupazione è il fatto che lo stare abitualmente seduti per un numero eccessivo di ore è in grado di annullare i benefici di un’attività fisica regolare e di un’alimentazione corretta. In altre parole, se siete tra quelli che pensano che sia sufficiente una corsetta serale od una sessione di step per compensare le otto ore passate seduti ad una scrivania o in auto, probabilmente dovrete cambiare qualcosa nelle vostre abitudini.

Perchè stare troppo seduti non fa bene al vostro organismo?

rallenta drasticamente il metabolismo, tanto che si consumano più calorie anche solo masticando del chewing gum
stare in piedi porta invece il metabolismo ad essere decisamente più attivo; i muscoli responsabili per il mantenimento della postura (gambe, regione dorsale ed addominale) sono infatti continuamente sollecitati, portando a bruciare più calorie, a diminuire il rischio di atrofia rispetto alla posizione seduta ed ad una maggior produzione di leptina, ormone che segnala al cervello di inibire la sintesi di tessuto adiposo
anche il sistema cardiovascolare è più stimolato quando il corpo si trova in posizione eretta
tempi prolungati in posizione seduta possono influenzare i livelli di biomarker specifici di rischio come trigliceridi, colesterolo, glucosio nel sangue (insulina), pressione sanguigna, lipasi e leptina
tra gli individui che abitualmente fanno dell’attività fisica, quelli che stanno seduti per buona parte della giornata hanno dei girovita maggiori e dei valori peggiori di pressione sanguigna e di glicemia rispetto agli altri² , analogamente a ciò che accade a persone abitualmente attive che riducono il numero di passi giornalieri da ~10000 a ~1500³ ed ad individui che trascorrono molte ore seduti ma che si alzano spesso per fare due passi o dello stretching⁴ .

Una possibile soluzione alla sedentarietà (forzata o meno dalle esigenze lavorative), oltre al banale consiglio di alzarsi dalla sedia (o dal divano!) appena ne capiti l’occasione, è quello di utilizzare una standing desk per lavorare in piedi (o al più appoggiati ad uno sgabello alto). Questo tipo di scrivanie, utilizzato fino a poco tempo fa solo da persone con problemi di schiena (o da semplici appassionati come me), sta diventando sempre più diffusa in molti uffici, ad esempio quelli di Google e di Facebook.

Alcuni tentativi per un loro utilizzo a fini sanitari sono in corso anche in alcune scuole statunitensi, come possibile soluzione al grave problema dell’obesità infantile. In uno studio⁵ condotto in scuola del Texas su quattro classi (first-grade), a due di esse sono state messe a disposizione delle scrivanie utilizzabili sia da seduti che in piedi (“non tradizionali”), ad altre due delle scrivanie “tradizionali”.

Nelle classi con le scrivanie “non tradizionali”, il 91% dei bambini ha trascorso la maggior parte del tempo in piedi, ed addirittura il 75% non si è mai seduto (pur avendo la possibilità di farlo, in quanto la scelta era a loro discrezione). Questi studenti hanno consumato 0.18 kilocalorie per minuto in più rispetto a quelli delle altre due classi, valore salito ad una media di 0.38 nel caso di bambini sovrappeso. Sebbene le differenze tra i due gruppi non sia così marcata (ed il campione analizzato di dimensioni limitate), l’utilizzo di standing desks è senza dubbio un passo in avanti nella tutela della salute dei bambini. Osservazioni più approfondite potranno essere fatte quando saranno resi noti i risultati di ricerche analoghe in cui gli endpoint sono i livelli di biomarker metabolici come trigliceridi, colesterolo ed insulina.

Lo studio ha valutato inoltre l’impatto delle standing desk sulla didattica, indicando come sia i genitori che gli insegnanti abbiano notato una maggiore attenzione e concentrazione da parte degli alunni.

La mia standing desk

Per quanto mi riguarda non posso che consigliare a tutti una standing desk, magari associata ad uno sgabello alto per fare dei piccoli break riposanti per gambe e schiena. La mia l’ho assemblata a costo irrisorio utilizzando il basamento di un vecchio tecnigrafo ed un pannello di legno. E mi ci trovo talmente bene da preferirla ormai quasi sempre alla mia comodissima Stokke Variable.

Patel, A., Bernstein, L., Deka, A., Feigelson, H., Campbell, P., Gapstur, S., Colditz, G., & Thun, M. (2010). Leisure Time Spent Sitting in Relation to Total Mortality in a Prospective Cohort of US Adults American Journal of Epidemiology, 172 (4), 419-429 DOI: 10.1093/aje/kwq155 ^
HEALY, G., DUNSTAN, D., SALMON, J., SHAW, J., ZIMMET, P., & OWEN, N. (2008). Television Time and Continuous Metabolic Risk in Physically Active Adults Medicine & Science in Sports & Exercise, 40 (4), 639-645 DOI: 10.1249/MSS.0b013e3181607421 ^
Olsen, R., Krogh-Madsen, R., Thomsen, C., Booth, F., & Pedersen, B. (2008). Metabolic Responses to Reduced Daily Steps in Healthy Nonexercising Men JAMA, 299 (11) DOI: 10.1001/jama.299.11.1259 ^
Healy, G., Dunstan, D., Salmon, J., Cerin, E., Shaw, J., Zimmet, P., & Owen, N. (2008). Breaks in Sedentary Time: Beneficial associations with metabolic risk Diabetes Care, 31 (4), 661-666 DOI: 10.2337/dc07-2046 ^
Benden ME, Blake JJ, Wendel ML, & Huber JC Jr (2011). The impact of stand-biased desks in classrooms on calorie expenditure in children. American journal of public health, 101 (8), 1433-6 PMID: 21421945 ^

Ig Nobel 2011

Fri, 30 Sep 2011 10:02:23 +0100

Ecco come ogni anno i vincitori degli Ig Nobel , premi conferiti agli autori di ricerche scientifiche od iniziative inusuali e (talvolta) apparentemente inutili, ma di certo divertenti (anche se a mio parere un po’ meno rispetto alle passate edizioni).

Psicologia: Anna Wilkinson, Natalie Sebanz, Isabella Mandl e Ludwig Huber per uno studio sulla contagiosità degli sbadigli, condotto osservando i comportamenti di sette tartarughe a zampe rosse, animali notoriamente poco empatici.

Chimica: Makoto Imai, Naoki Urushihata, Hideki Tanemura, Yukinobu Tajima, Hideaki Goto, Koichiro Mizoguchi e Junichi Murakami, per aver determinato l’esatto valore di densità nell’aria del wasabi (ravanello giapponese piccante) in grado di svegliare delle persone in caso di incendio od altre emergenze, e per aver applicato questa scoperta all’invenzione dell’allarme a wasabi.

Medicina: Mirjam Tuk, Debra Trampe, Luk Warlop, Matthew Lewis, Peter Snyder, Robert Feldman, Robert Pietrzak, David Darby e Paul Maruff per aver dimostrato che le persone prendono decisioni migliori in alcuni casi, e peggiori in altri, quando hanno un desiderio impellente di urinare¹ ² .

Psicologia: Karl Halvor Teigen per aver cercato di comprendere perchè, nella vita di tutti i giorni, le persone sospirano³ .

Letteratura: John Perry per la sua teoria della “Procrastinazione strutturata”, secondo la quale per raggiungere obiettivi elevati, bisogna lavorare sempre su un compito importante, concentrandosi su di esso in modo da evitare di fare qualcosa che sia persino più importante.

Biologia: Darryl Gwynne e David Rentz per aver scoperto che gli individui maschi di un certo tipo di coleotteri cercano di accoppiarsi con le bottiglie di birra di una specifica marca australiana⁴ .

Fisica: Philippe Perrin, Cyril Perrot, Dominique Deviterne, Bruno Ragaru e Herman Kingma per aver determinato perchè, dopo il lancio, i lanciatori del disco avvertono dei capogiri, mentre questo non accade ai lanciatori del martello⁵ .

Matematica: Dorothy Martin (che ha predetto che la fine del mondo sarebbe avvenuta nel 1954), Pat Robertson (che ha predetto che la fine del mondo sarebbe avvenuta nel 1982), Elizabeth Clare Prophet (che ha predetto che la fine del mondo sarebbe avvenuta nel 1990), Lee Jang Rim (che ha predetto che la fine del mondo sarebbe avvenuta nel 1992), Credonia Mwerinde (che ha predetto che la fine del mondo sarebbe avvenuta nel 1999) e Harold Camping (che ha predetto che la fine del mondo sarebbe avvenuta il 6 Settembre 1994, e successivamente il 21 Ottobre 2011), per aver insegnato al mondo di essere molto cauti quando in matematica si fanno certe assunzioni e calcoli.

Pace: Arturas Zuokas (sindaco di Vilnius, Lituania), per aver dimostrato che il problema del parcheggio abusivo delle macchine di lusso può essere risolto schiacciandole passandoci sopra con un carro armato.

Pubblica sicurezza: John Senders per aver condotto una serie di esperimenti sulla sicurezza in cui una persona guida un’automobile su un’autostrada mentre un’aletta parasole gli sbatte ripetutamente sul viso, accecandolo.

Tuk MA, Trampe D, & Warlop L (2011). Inhibitory spillover: increased urination urgency facilitates impulse control in unrelated domains. Psychological science, 22 (5), 627-33 PMID: 21467548 ^
Lewis MS, Snyder PJ, Pietrzak RH, Darby D, Feldman RA, & Maruff P (2011). The effect of acute increase in urge to void on cognitive function in healthy adults. Neurourology and urodynamics, 30 (1), 183-7 PMID: 21058363 ^
Teigen KH (2008). Is a sigh^
Gwynne, D., & Rentz, D. (1983). BEETLES ON THE BOTTLE: MALE BUPRESTIDS MISTAKE STUBBIES FOR FEMALES (COLEOPTERA) Australian Journal of Entomology, 22 (1), 79-80 DOI: 10.1111/j.1440-6055.1983.tb01846.x ^
Philippe Perrin, Cyril Perrot, Domi, . (2009). Dizziness in Discus Throwers is Related to Motion Sickness Generated While Spinning Acta Oto-Laryngologica, 120 (3), 390-395 DOI: 10.1080/000164800750000621 ^

Una nuova tecnica di sequenziamento per batteri non coltivabili

Thu, 29 Sep 2011 13:49:06 +0100

Il numero di organismi di cui è stato sequenziato il genoma è in continua crescita, grazie allo sviluppo di tecnologie sempre più potenti ed alla diminuzione dei costi. Per effettuare la determinazione del patrimonio genetico di un organismo è necessario avere a disposizione una certa quantità del DNA contenuto nelle sue cellule, che nel caso di organismi unicellulari come i batteri equivale a quello presente in circa un miliardo di essi. Tale numero, per quanto sembri elevato, si può ottenere facilmente isolando e facendo crescere i batteri in una capsula di Petri contenente l’adeguato terreno di coltura. Purtroppo la quasi totalità dei batteri non è in grado di adattarsi ad un terreno di coltura artificiale, perchè troppo diverso dagli ambienti da cui sono strettamente dipendenti, siano essi ad esempio il suolo, l’acqua, la vostra pelle. Questi batteri vengono perciò definiti “non coltivabili”.

In questi casi il sequenziamento può essere effettuato a partire da cellule singole, mediante una procedura (MDA ) che genera delle copie del genoma, esatte ma suddivise in frammenti di lunghezze variabili, fino ad ottenere un volume di DNA equivalente a quello contenuto in circa un miliardo di cellule. Ciascun frammento viene poi analizzato mediante un sequenziatore per definire l’esatto ordine delle basi da cui è costituito.

La ricostruzione del DNA di partenza si basa sull’utilizzo di particolari algoritmi che cercano di unire tra loro i frammenti in base alla sovrapponibilità delle loro sequenze comuni (dette contig), come in una sorta di gioco del domino dove invece dei pallini con il punteggio ci sono le lettere delle basi azotate corrispondenti (adenina, timina, citosina, guanina). Questa procedura non è tuttavia esente da errori, in quanto gli algoritmi identificano troppo spesso delle sequenze non corrette (chimeriche). Una delle cause è legata al fatto che i diversi frammenti vengono replicati in un numero di copie molto variabile, portando ad una copertura non uniforme della effettiva sequenza originale del DNA di partenza, violando uno dei requisiti necessari per l’applicazione degli algoritmi stessi. In altre parole, alcuni frammenti sono rappresentati da un numero elevato di copie, altri da un numero talmente troppo basso da essere considerati una sorta di inutile rumore di fondo.

In un articolo¹ pubblicato su Nature Biotechnology, un gruppo di ricercatori statunitensi presenta un nuovo algoritmo di aggregazione delle sequenze ottenute da MDA su singola cellula, chiamato EULER+Velvet-SC.

La strategia di calcolo presenta due approcci differenti. Il primo basato sull’entità della sovrapposizione tra sequenze, il secondo sull’utilizzo di grafi di de Brujin. L’aspetto innovativo riguarda l’utilizzo di un valore variabile di cut-off (crescente a partire dal valore iniziale di 1) per la rimozione delle sequenze che mediamente sono poco rappresentate. Ad ogni passaggio queste ultime vengono rimosse dal grafo, ed alcune di quelle rimanenti di lunghezza non elevata possono essere unite a formarne altre, invece di essere scartate come avverebbe con altri algoritmi (Velvet). Questo processo viene poi ripetuto con valori di cut-off sempre maggiori fino al completamento della procedura.

L’applicazione di questo algoritmo ai genomi di Escherichia Coli e di Staphylococcus Aureus ha consentito di identificare più del 91% dei geni localizzati all’interno dei contig, valore che si avvicina al 95% che si ottiene mediante le procedure che utilizzano cellule batteriche in coltura.

L’importanza dello studio sta nella possibilità di addottare questo metodo per l’acquisizione dei genomi di batteri non coltivabili, ottenendo nel contempo informazioni genetiche specifiche per una singola cellula. Nell’articolo viene illustrata l’applicazione del metodo al caso di un batterio marino (classe Deltaproteobacteria ) di genoma ancora indeterminato. Dall’analisi del patrimonio genetico determinato mediante l’algoritmo EULER+Velvet-SC, gli autori hanno ottenuto informazioni che suggeriscono che il batterio sia aerobico, chemotassico e dotato di motilità.

Questa ricerca permetterà quindi di accelerare gli studi sul microbioma umano (insieme di microrganismi di origine esterna presenti nel corpo umano, inclusi quelli patogeni) e sui batteri presenti nei suoli e nei mari, alcuni dei quali potenzialmente utili per la produzione di antibiotici e biocarburanti.

Chitsaz H, Yee-Greenbaum JL, Tesler G, Lombardo MJ, Dupont CL, Badger JH, Novotny M, Rusch DB, Fraser LJ, Gormley NA, Schulz-Trieglaff O, Smith GP, Evers DJ, Pevzner PA, & Lasken RS (2011). Efficient de novo assembly of single-cell bacterial genomes from short-read data sets. Nature biotechnology, 29 (10), 915-21 PMID: 21926975 ^

Incipit a freddo

Mon, 01 Nov 2010 13:30:18 +0100

Parlando di libri con amici, ci siamo chiesti qual’era il primo incipit che ci veniva in mente di getto, senza pensarci troppo. Il mio è questo:

Faceva caldo, la notte che bruciammo Chrome.

Abbastanza curioso, perchè sono passati parecchi anni dall’ultima ultima volta che ho letto questo racconto di William Gibson, per quanto sia uno dei miei preferiti in ambito cyberpunk.

Ringrazio i miei neuroni per il buongusto nella scelta.

Spiegare le scienze con i manga

Tue, 12 Jan 2010 22:37:57 +0100

Non sono mai stato un gran lettore di manga giapponesi (ho sempre preferito i fumetti di casa nostra), ma questa serie ha catturato da subito la mia attenzione grazie temi quali biologia molecolare , fisica , statistica , l’universo , elettricità , calcolo e database . Ho dato un’occhiata all’albo dedicato alla biologia molecolare, di livello introduttivo ma che riesce a spiegare alcuni concetti (altrimenti potenzialmente noiosi) in modo semplice e conciso, rendendoli divertenti (o quantomeno digeribili) in quanto parte di una storia. Una piccola critica che mi sento di fare agli autori è sulla scelta di tal “Enzyme Man ” per spiegare il funzionamento dell’alcol deidrogenasi; se volevano il maggior esperto sul metabolismo degli alcoli avrebbero dovuto offrire una comparsata a quel ciucatone di Superciuk .

Frattali con R

Wed, 02 Dec 2009 18:54:24 +0100

Tra le tante cose che si possono fare con R non potevano mancare i frattali . Limitandosi all’insieme di Mandelbrot , gli esempi che si trovano in rete sono tanto semplici quanto efficaci.

Il primo , che permette di ottenere sia immagini statiche che gif animate, l’ho trovato grazie alla mailing list R-help.

# written by Jarek Tuszynski, PhD.
# http://tolstoy.newcastle.edu.au/R/help/05/10/13198.html

library(fields)  # for tim.colors
library(caTools) # for write.gif
m = 400          # grid size
C = complex( real=rep(seq(-1.8,0.6, length.out=m), each=m ), imag=rep(seq(-1.2,1.2, length.out=m), m))
C = matrix(C,m,m)

Z = 0
X = array(0, c(m,m,20))
for (k in 1:20) {
  Z = Z^2+C
  X[,,k] = exp(-abs(Z))
} 

image(X[,,k], col=tim.colors(256)) # show final image in R
write.gif(X, "Mandelbrot.gif", col=tim.colors(256), delay=100) # drop "Mandelbrot.gif" file from current directory on any web browser to see the animation

Frattale

Il secondo esempio, ben più spettacolare (soprattutto se la dimensione delle immagini è grande), è quello di una funzione creata da Mario dos Reis . Tutti i file necessari sono raccolti nell’archivio “mandelbrot.zip”, scaricabile dalla sua pagina dedicata ai frattali.

Una volta scompattato il file zip, al suo interno troverete il file “mandelc.R”, contenente il codice della funzione mandelbrot(). In essa viene richiamata una routine in C (contenuta nel file “mandelbrot.c”) per rendere più veloce la computazione.

In un terminale, compilare il file “mandelbrot.c” con il comando:

R CMD SHLIB mandelbrot.c

che creerà il file “mandelbrot.so”. Aprire una sessione di R e dare:

source("mandelc.R")

Caricare l’oggetto “mandelbrot.so”:

dyn.load("mandelbrot.so")

Per una prima prova:

# graph A
image(mandelbrot())

Nel file “examples.R” ci sono due funzioni, “surf.colors” e “zoom”.

Dopo averle copiate ed incollate nel terminale dove avete aperto R (o nella console di R), le istruzioni per ottenere esempi di grafici più complessi sono:

frac <- mandelbrot(iter = 50)
# graph B
image(frac, col = c(heat.colors(49), "black"))

Frattale

Il grafico successivo è in 3D:

# graph C
fcol <- surf.colors(frac, col = c(gray(seq(.5, 1, len = 49)), "black"))
frac$z <- -1/frac$z # nicer for plotting and coloring
persp(frac, col = fcol, border = NA, theta = 225, phi = 45, shade = .5)

Frattale

Modificando la funzione “frac$z” (con logaritmi o potenze, ad esempio), è possibile ottenere forme sempre diverse:

# graph D
frac <- mandelbrot(x = c(-0.8438146, -0.8226294),
                   y = c(0.1963144, 0.2174996), iter = 500)

image(frac, col = fcol.gr)
image(-1/frac$z, col = fcol.gr)

Frattale

Per provare la funzione zoom, usate il codice seguente ed all’interno dell’immagine cliccare agli estremi opposti dell’area da ingrandire:

par(mfrow = c(2, 2))
gr <- gray(seq(1, 0, len = 255))
fcol.gr <- c(rep(c(gr, rev(gr)), 2), "black")

image(frac, col = fcol.gr)
zoom(col = fcol.gr) # Now click with your mouse two opposite corners of the area you wish to enlarge
zoom(col = fcol.gr) # do it again!
zoom(col = fcol.gr) # and again .

Per chi volesse cimentarsi anche con un’insieme di Julia o un attrattore di Rössler , in questo blog (purtroppo non più aggiornato) si può trovare molto altro codice con cui divertirsi.

Nota: tutto questo funziona in Linux, in Windows e Mac non so. Oltre ad R e ai packages aggiuntivi richiesti, è necessario un compilatore C.