Microbiomi

il blog di Marcoscan

Blade Runner 2049 - Prologo

L’attesa è stata lunga, ma finalmente arriva nelle sale il seguito del film che più di altri ha influenzato la mia concezione di fantascienza. Blade Runner 2049 riprende la narrazione dopo 30 anni dalle vicende del primo film. Per chiarire gli avvenimenti accaduti in questo intervallo di tempo sono stati realizzati tre cortometraggi, che al contrario dei trailer ufficiali –fin troppo rivelatori– forniscono solo informazioni utili alla migliore comprensione di Blade Runner 2049.

2036: Nexus Dawn

2036: Nexus Dawn 2036: Nexus Dawn

Niander Wallace (Jared Leto), CEO della Wallace Corporation, si trova di fronte ad una commissione per chiedere l’annullamento del divieto alla produzione di replicanti, introdotta dopo gli eventi descritti nel terzo cortometraggio. Egli ritiene che la nuova serie di replicanti (Nexus 9) sia l’unico strumento per consentire alla razza umana di sopravvivere al collasso dell’ecosfera.

2036: Nexus Dawn

2048: Nowhere to Run

2048: Nowhere to Run 2048: Nowhere to Run

Sapper Morton (Dave Bautista) è un replicante che cerca di nascondere la sua natura sintetica tenendo un basso profilo e sopprimendo gli istinti più violenti. Sarà tuttavia un sentimento umano come l’empatia a rappresentare la minaccia maggiore per la sua sicurezza.

2048: Nowhere to Run

Black Out 2022

Black Out 2022 Black Out 2022

Il terzo cortometraggio è un gioiello di animazione diretto da Shinichiro Watanabe (Cowboy Bebop). Ambientato tre anni dopo gli eventi di Blade Runner, rivela il destino della Tyrell Corporation e la causa del divieto alla produzione di replicanti.

Black Out 2022

Da WordPress a Hugo

La prima versione del mio sito personale era formata da pagine statiche, qualche immagine, nessun sistema di commenti. Oggi, dopo più di quindici anni, due software di gestione ed un numero imprecisato di plugin, ho rimosso parte della complessità accumulata nel tempo e sono tornato alla vecchia struttura minimale. Per farlo ho sostituito WordPress — diventato ormai un ibrido tra un kaijū ed una teenager da proteggere dalle minacce del web — con un generatore di siti statici chiamato Hugo .

Alcuni dei vantaggi di questo nuovo approccio sono:

  • non è necessaria alcuna manutenzione o backup dei file remoti
  • i rischi legati alla sicurezza sono notevolmente ridotti
  • scrittura dei post in Markdown
  • le shortcode , comandi che una volta inseriti in un post verranno trasformati da Hugo in un contenuto basato su uno specifico modello; in questo modo è possibile superare le limitazioni di Markdown senza alterare la semplicità della sua sintassi
  • il server incluso in Hugo, che consente di osservare in tempo reale nel browser le modifiche apportate ai contenuti del sito quando vengono salvate nell’editor di testi

Il cambiamento maggiore rispetto al passato è nel flusso di lavoro, che avviene interamente in Vim e prevede il lancio di due script in bash . Il primo chiama il comando di Hugo per la creazione di un nuovo post e genera dei file in vimscript per la selezione di categorie e tag mediante liste a cascata.

Liste a cascata per categorie e tag in Vim Liste a cascata per categorie e tag in Vim
Liste a cascata per categorie e tag in Vim

Il secondo script provvede alla compressione delle nuove immagini, dei fogli di stile ed al caricamento dei file sul server mediante scp.

Infine, per rendere il processo di scrittura ancora più fluido uso i plugin Vim Markdown , SnipMate (per inserire immagini singole e gallerie), Goyo e Limelight .

Dopo aver passato gli ultimi anni a scrivere altrove, ho voglia di tornare a farlo anche qui.

Fillotassi di Pi greco

3001 cifre di π 3001 cifre di π
3001 cifre di π

Questa immagine è stata generata da un codice R1 che avevo scritto per un progetto qualche tempo fa. L’idea era di rappresentare le cifre di Pi greco in una forma che non esprimesse necessariamente qualche proprietà matematica ma che fosse gradevole alla vista; alcuni esempi ben riusciti sono quelli realizzati da Martin Krzywinski , Visual Cinnamon e Alexis Engelke .

Le cifre di Pi greco vengono organizzate sul piano, in forma di cerchi colorati, usando il modello che determina la disposizione dei fiori del disco di un girasole (fillotassi)2 . Il colore viene assegnato a ciascun cerchio in base alla corrispondenza definita nella tavolozza (“Paired” del pacchetto “RColorBrewer”).

L’assetto risultante nasconde in realtà alcuni concetti matematici abbastanza familiari. Se si osserva con attenzione un girasole si può notare infatti come i fiori del disco si sviluppino secondo uno schema a spirali. Si riconoscono due serie di curve, distinte dal senso (orario e antiorario) e dal loro numero. Se si conta il numero di spirali si ottengono quasi sempre le stesse coppie di valori: 21 e 34, 34 e 55, 55 e 89, 89 e 144. Tali numeri appartengono alla successione nota come Successione di Fibonacci , in cui ciascuno di essi è ottenuto dalla somma dei due che lo precedono nella sequenza (1,1,2,3,5,8,…).

Sebbene tali osservazioni avessero portato i matematici a studiare la Fillotassi di Fibonacci fin dal 1700, fu necessario un altro secolo per comprendere quale fosse il fattore di regolaritá piú importante per modellare l’accrescimento di una pianta. I matematici Auguste e Louis Bravais osservarono come un singolo elemento botanico (ramo, foglia, seme) divergesse rispetto al precedente secondo un angolo ben definito e ricorrente, il cui valore nella maggior parte dei casi3 era prossimo a quello dell’angolo aureo (137,5 gradi).

Tale valore sembra essere stato scelto dalla natura per consentire alla pianta di ottimizzare la gestione dello spazio, nel caso del girasole riducendo al minimo la presenza di vuoti nell’impaccamento dei semi. Modificando l’angolo (variabile theta nel codice) si possono ottenere diverse configurazioni non ottimizzate, anche se visivamente belle, tutte caratterizzate dalla presenza di una sola delle due famiglie di spirali.


  1. lo trovate in questo repo su GitHub^
  2. Fowler, D., Hanan, J., & Prusinkiewicz, P. (1989). Modelling spiral phyllotaxis Computers & Graphics, 13 (3), 291-296 DOI: 10.1016/0097-8493(89)90076-9^
  3. Swinton J, Ochu E, & MSI Turing’s Sunflower Consortium. (2016). Novel Fibonacci and non-Fibonacci structure in the sunflower: results of a citizen science experiment. Royal Society open science, 3 (5) PMID: 27293788^

Cookie law

Il 2 giugno 2015 scadrà il periodo transitorio che l’Autorità Garante per la Protezione dei Dati Personali ha concesso ai gestori di siti web per conformare la gestione dei cookie alle nuove normative europee. L’Autorità Garante definisce i cookie come:

“stringhe di testo di piccole dimensioni che i siti visitati dall’utente inviano al suo terminale, dove vengono memorizzati per essere poi ritrasmessi agli stessi siti alla successiva visita del medesimo utente”.

Ogni sito, anche il singolo blog, dovrà quindi informare in modo cristallino il visitatore sulle modalità di creazione e trattamento dei cookie, con modalità differenti a seconda della tipologia di servizio a cui si riferiscono:

  • cookie tecnici: necessari per la normale navigazione e fruizione del sito web, non vengono utilizzati per scopi ulteriori
  • cookie di profilazione: utilizzati per tracciare la navigazione dell’utente e creare profili sui suoi gusti e abitudini, sia da parte del sito visitato (“di prima parte”) che da parte di altri servizi (“di terza parte”)

Inutile dire che tale operazione non è semplice, soprattutto per chi non ha dimestichezza con certi argomenti o non dispone delle competenze tecniche per apportare le necessarie modifiche al codice del sito. Immagino che molti chiuderanno.

Per quanto riguarda i siti non complessi (es. blog) gestiti su un proprio spazio, la strategia più semplice da adottare è quella di rimuovere tutti i servizi che generano cookie diversi da quelli strettamente tecnici.

Nel mio caso, con blog su WordPress, ho adottato le seguenti misure:

  • ho modificato gli indirizzi dei video di YouTube incorporati nei post, sostituendo il dominio “youtube.com” con quello “youtube-nocookie.com” (quest’ultimo è un sito ufficiale di Google, quindi affidabile :-)
  • di tutti i plugin installati, solo uno generava dei cookie, disabilitati grazie all’apposita opzione
  • ho disabilitato il servizio Gravatar
  • per quanto riguarda i link di condivisione dei post su Twitter, Facebook e Google+, li ho lasciati così come sono; non essendo costituiti da iframe ma da semplici link testuali in html, non generano dei cookie quando l’utente accede alla pagina o clicca su di essi
  • sto scrivendo l’informativa estesa l’informazione estesa con la politica di gestione dei cookies sul blog Microbiomi è disponibile su questa pagina; quella breve (mediante banner da cliccare) non è richiesta perchè il mio blog non genera i cookie (di profilazione) che richiedono il consenso esplicito del visitatore
  • [aggiornato il 01/06/2015] gli unici cookie relativi alle funzionalità della piattaforma utilizzata (Wordpress) disponibili in precedenza sul sito sono stati disabilitati mediante il comando:
    remove_action( ‘set_comment_cookies’, ‘wp_set_comment_cookies’ );
    inserito nel file functions.php del tema del blog.

Nessun plugin aggiuntivo quindi, solo qualche accorgimento ed alcune verifiche con firebug e qualche servizio online. A meno di nuove interpretazioni della normativa, dovrebbe bastare così.

Desktop Settembre 2014

Tra gli ultimi arrivati nell’affollato mondo dei window manager per Linux ce n’è uno che da subito ha attirato la mia attenzione e che ormai ha definitivamente sostituito Xmonad sul mio laptop. Basato sulla partizione binaria dello spazio, Bspwm è un gestore di finestre di tipo tiling , veloce, stabile e configurabile senza eccessive difficoltà.

Per ulteriori informazioni, questa discussione sul forum ufficiale di Archlinux è un buon punto di partenza.

Ecco il mio attuale desktop con Bspwm.

bspwm screenshot clean bspwm screenshot clean
Bspwm
bspwm screenshot busy bspwm screenshot busy
Bspwm

The Challenger Disaster (il film)

William Hurt nel ruolo di Feynman William Hurt nel ruolo di Feynman

73 secondi. Questa fu la durata del volo dello Space Shuttle Challenger prima della sua esplosione nel cielo della Florida, la mattina del 28 gennaio 1986. Per investigare sulle cause del disastro fu istituita una commissione presidenziale, costituita da rappresentanti di tutti gli enti ed agenzie coinvolti nella missione dello Space Shuttle. L’unico membro indipendente era il fisico Richard Feynman , che decise di accettare l’incarico pur con qualche remora iniziale dovuta alla sua repulsione nei confronti dei burocrati che infestavano il mondo della politica. Dopo aver letto diversi libri sulla sua vita, ho il sospetto che il motivo principale della sua scelta non sia stato tanto il senso del dovere quanto la sua irresistibile curiosità scientifica. Tanto per farsi un’idea dell’entità della sfida che lo attendeva, è sufficiente ricordare che lo Space Shuttle era costituito da più di due milioni e mezzo di componenti, molti dei quali potevano essere la causa alla base dell’incidente!

Il ruolo di Feynman nella vicenda, già ben raccontato nel libro autobiografico “Che t’importa di ciò che dice la gente?”, è stato anche trasposto in forma cinematografica nel film drammatico The Challenger Disaster , con il bravo William Hurt nel ruolo di protagonista (chi ha visto i video del vero Feynman non faticherà a riconoscere alcuni tratti tipici delle sue espressioni e gestualità).

A parte qualche inevitabile licenza cinematografica (“mmmh, quello non mi sembra proprio il deck dello Shuttle!” :-) il film è davvero ben fatto, soprattutto considerando che è stato realizzato per la tv dal canale Science Channel. Consigliato!

Un cuore in funzione per San Valentino

Incuriosito dal commento sulle cardioidi in un post di .mau. , ho fatto qualche ricerca per scoprire quali sono le curve che meglio approssimano la forma simbolica che associamo al cuore (studiosi di anatomia esclusi ).

A giudicare da un articolo trovato su MathWorld, le possibilità sono molteplici.

Ed ispirato dal mio romanticismo da nerd, ho scritto il codice R1 per tracciare alcune di queste curve e realizzare dei grafici d’auguri per Alessandra (che è così disperata favolosa da apprezzare anche questo genere di cose :-).

Heart in R Heart in R
Cardioide in R

  1. lo trovate in questo repo su GitHub^

Cambio hosting

Dopo l’acquisizione da parte del colosso EIG, Hostgator ha sensibilmente peggiorato la qualità dei suoi servizi, sia in termini di stabilità che di assistenza ai clienti, molti dei quali hanno deciso di migrare altrove. Io ho scelto di trasferire il blog presso un server gestito da 040 Hosting , di cui ho letto ottime recensioni un po’ dappertutto.

Dal momento della richiesta, la migrazione è durata meno di cinque ore (al netto della propagazione dei DNS); considerando che era il primo di Gennaio non posso che essere estremamente soddisfatto. Soprattutto dopo aver letto l’ultima mail inviata dal proprietario Patrick Sanders:

sorry for the slow response but officially our sales is still closed due to the holidays and new accounts are part of the sales team not our support team.

BioCoder: una newsletter per biohacker

Biocoder Biocoder

Per quanto la comunità dei biohacker sia ampia ed attiva, è tuttavia scarsamente connessa. I suoi membri ignorano chi altro ne faccia parte e quali attività vengano svolte. È sintomatico che uno dei maggiori raduni di “DIY (Do It Yourself) Biology"1 sia stato organizzato dall’FBI. Gli agenti sono stati amichevoli, ma non è questo il problema: se è necessario l’intervento dell’FBI per avvicinarci, non stiamo comunicando abbastanza tra di noi.

Questo è il problema che vogliamo affrontare con BioCoder.

BioCoder è una newsletter trimestrale rivolta a chiunque sia interessato a conoscere o ad approfondire i diversi aspetti della DIY Biology. Il fatto che sia curata da una casa editrice e non da un gruppo di biohacker indipendenti non dovrebbe costituire un problema, a giudicare dalla tipologia e contenuto degli articoli presenti nel primo numero (disponibile nei formati html, epub e mobi): evoluzione dell’ecosistema biotech, rapporti con l’FBI, legalità degli esperimenti, una stampante per materiali biologici da 150 dollari ed altro.

Per chi volesse altre informazioni, un buon punto di partenza è il sito diybio.org .


  1. Come al solito evito di tradurre con ‘Biologia Fai Da Te’ perchè è davvero terribile :-)^

CERN Open Days 2013

Sono un grande appassionato delle iniziative “Porte Aperte”, occasioni spesso uniche per vedere luoghi interessanti ed incontrare persone con molte cose da insegnare. Sotto entrambi gli aspetti, la giornata passata al CERN di Ginevra in occasione degli Open Days non ha tradito le mie attese, soprattutto durante la visita alla zona sperimentale sotterranea dell’esperimento CMS (alcune foto del sito, ufficiali e non ). Un grosso grazie va alla volontaria (italiana) che ha riorganizzato la nostra discesa nella caverna sebbene fossimo in indecente ritardo rispetto all’orario definito in fase di prenotazione.

Purtroppo gli spostamenti ci hanno fatto perdere troppo tempo prezioso e siamo stati costretti a fare una selezione delle attività da visitare (tra le quali giocare con i Lego insieme a Marco Delmastro :-). Sarà per la prossima volta, che secondo alcuni potrebbe già essere nel 2014 in occasione del sessantesimo compleanno del CERN.

Nell’attesa, ci accontentiano di fare una passeggiata virtuale grazie a quei benefattori di Google Street View .